为中、左、右、前、后五军都督府，使知院，从一品，为左右都督，升正一品；副使同知院，正二品，为都督同知，从一品；签院从二品，判官从三品，今为佥事，正二品。上初下太平，自称太平兴国翼大元帅。下建康，立天兴建康翼大元帅府，廖永安为大元帅，常遇春寻为行中书省马步水军都督大元帅。寻设江南行枢密院，汤和同佥院事徐达、廖永安为同知院事。改院为大都督府，朱文正为大都督，品如知院。李善长兼府司马，宋思颜兼参军。后以李文忠、汤和为左都督，冯胜、邓愈为右都督。永乐以后，五府职名如故，而权悉归兵部矣。有副使在佥事之上，寻革，复置大都督。参议一员正三品，户部尚书樊思民为之。又置掌判官，品同参议，吏部尚书陈铭为之。五断事司下，各设稽仁、稽义、稽礼、稽智、稽信，今俱革，而其职为经历都事。御史台，左右御史大夫从一品，中丞正二品，侍御史从二品，治书侍御史正三品，殿中侍御史正五品。上为吴王，始创台，以汤和、邓愈为左右大夫，刘基、章溢为中丞，文原吉为治书，安然为中丞，基实干台事。复省治书、殿中不置，而汪广洋自左大夫入中书，陈宁代之，安然为右大夫。中丞涂节告变，而台以中丞为长官，安然任之。后改为都察院，都御史仅七品，御史九品。寻复升正三品，俄以左右都御史代大夫，为正二品。副都代中丞，为正三品。佥都代侍御，为正四品。与六部颉顽矣。翰林院，初设学士正三品，讲读学士正四品，直学士正五品，待制从五品，应奉正七品。寻设学士承旨正三品，学士从三品。承旨则詹同、宋濂为之，学士则陶安、朱升为之，直学士陈、范常为之，待制秦裕伯、王为之，应奉赵震、殷哲为之。后罢承旨、直学士、待制、应奉不设，而降学士为正五品，讲读学士为从五品。建文初，改讲读学士为文学博士，方孝孺任之，参预机务如内相。复置检阅一员从九品。
洪武末，设华盖殿、谨身、文华、武英、文渊、东阁诸大学士，俱正五品。华盖以刘仲质，邵质，文华以全思诚、鲍恂、余铨、张长年，武英以吴伯宗，文渊以朱善、宋讷，东阁以吴沈为之，而无所领，惟从容备顾问而已。其后罢不设。建文中，革大学士，止设学士，而以谨身为正心，然亦竟无授官。永乐始以胡广、杨荣、金幼孜为文渊阁大学士，领阁务。洪熙进杨士奇华盖，杨荣兼谨身，黄淮、金幼孜兼武英，独以光禄署丞权谨为文华殿大学士，无兼官，亦不预阁务。谨去后，文华至今不设大学士。得非以皇太子讲读之所故耶？此殊不可晓。嘉靖末，以华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，首以徐阶、袁炜充建极殿大学士，而中极自隆庆初始补李春芳。
洪武初，设弘文馆学士，不言品秩，刘基、危素、雎稼、胡铉、王大中、罗复仁为之，寻革。至洪熙元年，章皇帝复建弘文阁于思善门右，以储经史，备顾问，翰林学士杨溥掌阁印，帝手授之。侍读王、五经博士陈继、吏科给事中王荣参其事。不久，亻并阁务入文渊阁，溥亦办文渊阁事。
左右春坊大学士，与正学士同品，洪武中无任之者，当亦以为衍耳。建文，以任董伦。永乐，立东宫，李至刚为左，解缙、胡广、杨士奇因之；解缙为右，黄淮因之。洪熙，曾为左，王英为右。景泰，商辂为左，彭时，吕原、倪谦因之；刘俨为右，刘定之因之。逾五十年，而弘治癸亥，《会典》成，以左坊学兼读学迁中允杨廷和，上疑而问之，内阁具实对，乃已。廷和竟迁，不设。赞善大夫正五品，宋濂尝为之，后止为赞善，从六品，司直以下亦不常设。置将作卿，正三品，单安仁为之，后并入其事工部，而名尚存，后改为营缮正。置司农卿，正三品，杨思义为之，后入户部。置京畿都漕运使，正四品，专治京师军储，单安仁、薛祥为之。置宣徽院，使正三品，阮崇礼为之，后为光禄司卿徐光祖为之，最后为光禄寺从三品。置太史院，使正三品，刘基为之。改院为监，使为令、通判、佥事各一员，后为司天监，定为钦天监正五品，有正、副等官。置回回监，正副以下同钦天监，后革。置医药提举司，改太医监，正三品，少监正四品，孙守贞为之，后改为太医院，使正五品，院判正六品。置滁阳牧监，从三品，后为太仆寺。置仪礼司正、副，后为鸿胪寺卿、少卿。置信宝提举司，从五品，后为尚宝司，正五品。置营田使，专董垦近畿田，大都督府副使康茂才为之；至嘉靖中，设三都御史清屯，寻革。置帐前总制亲军都指挥使，冯国用、国胜为都指挥使，朱文忠、康茂才为左右副都指挥。又置金吾侍卫军都护。又置都镇抚司，孙养浩为镇抚。又置□□都尉府，正三品，盖即今锦衣旗手卫也。又置兵马司都指挥使、副都指挥等官，后改文职，降至六品，而犹冒故衔。
初置江南行中书省，以后平浙江、湖广、江西、河南、山东等处，俱设行省，其品秩一如内省，惟不设丞相，有袁国公欧普祥者，因伪汉故官而已。后改行省为布政使司，布政使视平章，为从二品；左右参政，从三品；参议，从四品。行枢密院为都司，都指挥使正二品，同知从二品，佥事正三品。初下太平，太平兴国翼大元帅李善长为都事，潘庭坚为教授，汪广洋为令史。