陕，或屯或流。其流者又合石寇中旗，驰突褒、沔陇、秦界中；其屯者则踞洋县，招湖北来寇陷汉中，已而猜斗，常以千余众拒汉中。寇数万因略盩厔，各 自为战守。故寇得汉中，不能自安，又会江南寇急来征援。
同治三年正月，留坝、褒城、沔县寇俱入汉中府城。城寇先循汉水东下，又分党陆趣镇安、山阳、商南，步骑骆驿连十许日。汉中、兴安诸属县寇皆退去。洋县寇亦悉北保盩厔，增栅壕坚守，其余党或从佛坪东窥宁、陕。刘蓉至汉中则入府城，见尸骨纵横，辄恸哭，命悉棺敛，官瘗之，奏免丁粮，恤忠烈，借给牛、种，以收人心。留何胜必等分屯汉中、兴安，罢归刘岳昭所部四千五百人仍还防綦江，且言遣军助攻盩厔。多隆阿大愠，以盩厔功在指顾，檄还其军。盩厔城小寇少，无所用武，论者皆言不足烦大将，且宜彻围，待其走而歼之。廷议不知多隆阿之战状，依常法督责。多隆阿愤懑，作望楼躬视城中，中枪子伤目，督攻益急，寇作地道出走。二月丙申，遂克盩厔。而多隆阿目创甚，不能兴，养创西安。三月，刘蓉至省城往问疾。多隆阿方卧向外，闻巡抚至，强扶起回面向内，目不视，亦不言。月余伤发，薨。闻者莫不伤痛，陕西处处祠之，虽所未至，皆叹息讴思焉。盩厔败寇走兴安，余十许人为民团击杀之，犹自称蓝大顺。自三顺至九顺，皆传首汉中、西安。宁、陕寇捕斩略尽，惟泰州寇复东趋留坝、佛平，留防军不能御。商南残寇西与合党。贵州寇侵南川。增募湘军二千人，以曾志友、成耀星等领之，埤秀山、綦江防。刘岳昭授云南按察使，唐友耕授云南提督，均留四川屯守。四月，廷议多言刘蓉无实，不可用。诏询秉章，秉章言随器授任，无可弃之士。五月，佛平寇卒至杜曲，陕西省城大震。是时，叛回悉遁甘肃，多隆阿部军分散，金顺、彭基品将马、步军击之于沣，寇还攻盩厔。己未，蓉出城督军，大征诸军将钟玉胜，曹克忠、孟宗福、何胜必、萧庆高、黄鼎等，新旧杂置。七月甲辰，蓉会西安将军穆图善，攻寇于郿。壬子，寇逾秦领，西走略阳，入甘肃，陷阶州。陕军罢，四川军将周达武等九千人出屯防。萧庆高等防汉中。诏以洪寇平，论功，加骆秉章世爵一等轻车都尉。十月，周达武进攻阶州。十一月，征萧庆高等会师。何胜必疾病，留广元。胡中和以四川提督自叙南屯所出广元，领何军攻阶州。
四年正月，刘蓉言宜令中和总统诸将，专奏报，以一事权。秉章言达武、庆高皆中和等夷，虽主簿以下，但为营官，即与司道、提镇颉颃，势不相统。中和亦固辞，事乃不行。自胡林翼骤拔多隆阿，节制李续宜、鲍超等，大捷潜山，诸帅无能效之者。湘军制，以意气相救，耻言爵位，多不肯属人。故李续宜统援宝庆军几奔溃，而刘蓉后以萧德扬名统陕军，覆师霸桥，置将不慎故也。萧、何等部久转战，丧亡更代，士气益弱。而崇庆人黄鼎新出寇中，号敢战，有名，虽亦将湘军，然杂用滇、蜀，别为一队，亦奉蓉檄，会攻阶州。刘岳昭擢云南布政使。四月，出境攻贵州正安，以援遵义。五月丁酉，收正安。丁未，胡中和等克阶州，李寇余党尽平，萧庆高还镇汉中。周达武进军松潘讨叛番，番据险钞掠，所部八千人惊，几溃。九月，略地置台站如承平时。授达武贵州提督，始议援黔。刘蓉罢，以四川按察使赵长龄巡抚陕西。
蓉之骤进也，中外指目，前年顺天府尹蒋琦龄陈时事，反复议蓉。蓉请罢，而秉章请留蓉。是年三月，编修蔡寿祺言事，复訾蓉夤缘。诏蓉自陈，蓉言荐举本末，且论奏曰：“凡夤缘者，必其平日萦情于宠利，不胜其歆羡恋慕，思一得之以快其意，然后丧其本心，捐弃廉耻，为乞怜昏夜、骄人白昼之行。故凡小廉曲谨之士，粗知自爱，即有所不屑为，不必过人之识量而后能之也。臣虽愚陋，其于希荣慕禄、降志辱身之事，往往不待禁戒而自绝于心。盖其自治尚有精于此者，而此特其粗节。乃蔡寿祺以其不肖之心，肆情造谤，惟所欲言，直欲厚诬天下，谓无复有稍知廉耻之人之事，则何其情之悖也。”又讦奏寿祺挟嫌构陷。疏上，朝论益讙。御史陈廷经复疏攻之，事下秉章，案蓉及寿祺所陈他事，皆不雠。部议夺蓉一级。而赵长龄亦为秉章先所荐，故令代蓉。庚辰，长龄至西安。十月辛丑，蓉被诏复任。十一月壬戌朔，受印治军。蓉为政，察吏爱民，然恒诉饷匮，欲取资四川，时云南、贵州巡抚亦交章取朝旨索饷，秉章一切奏罢之，因请疾。崇实兼总督，惟军事仍倚办秉章。
五年二月，刘岳昭克绥阳，擢云南巡抚，将所部转战以往。四川、陕西内寇略定，犹养军如故。凡四川出境军二万六千人，留防万七千五百人，屯省城二千五百人，胡中和犹将五千人，唐友耕三千五百人，陕西湘军七千人，于是蜀财竭矣。十一月壬申，秉章薨。省城士民如丧私亲，为巷哭罢市。其丧归，号泣瞻慕者所在千万数，自胡林翼、曾国藩莫能及也。其年，刘蓉罢免。以捻寇奔驰陕境，复诏蓉领军，助巡抚乔松年御之。十一月甲戌，蓉军方屯霸桥，捻寇卒至。湘军无统将，又闻其帅与新抚龃龉，固无战心。寇分两队钞之，其日大雪，军士冻僵，莫肯拒斗，于是尽溃，