月，水陆军围九江，内湖军往来吉、袁、临、瑞、建昌、南康、饶、广间，日有战事，以陆军屡败不得志，然所在扼寇，寇亦不能长驱。江西亦自立水军，以刘于淳领之，常屯樟树，为省城西防。
七年二月，国藩遭父丧，奏言：“臣军事以水师为大，杨载福所统十营、彭玉麟所统八营，合大小战船五百，炮二千，请以署湖北提督杨载福为总统，惠潮嘉道彭玉麟为协理。”诏从所请。五月，湖口寇舟上犯，外江军出击之，乘风追过百里。及还，寇尾之，别从扁担夹出小舟要之，军败，哨官易景照等死者二十一人，勇丁死者百四十八人，丧船十八。盖水战，风水俱顺，则行急炮无准；俱逆，则胶滞不得进，数以此败，非善战者莫能操其机，则顺水取逆风，逆水取顺风，将勇者胜焉。闰五月，寇从陆道上窥蕲、黄，分船守兰溪、巴河、樊口、阳逻、沙口，而大营屯官牌夹，以攻小池。八月，小池拔。
九月，始复攻湖口。先是，玉麟军在江西岁余，无所得饷，借领火药亦靳之。时内湖军屡攻石钟、梅洲寇屯，不下，闻外江军至，克期遣谍告九江围军合攻。丁亥平旦，玉麟率全军分三队出湖，载福临江口发炮应之。寇并力拒湖内军，城洲两岸炮丸如雨。玉麟令三版先出，大船继之。寇度船所经，直石钟山下，有石崖高下与三版相当，即辇巨炮崖口，一发中前船，都司罗胜发毙，玉麟令回船。后者进有死者，复回船。后者迭进，伤死相继，莫敢退。或谏曰：“今驱士卒与飞火争命，非兵法也。”玉麟曰：“自水陆用兵，于此五年，精锐忠勇之士毙命于此千数矣，湖北、江西以此被屠戮者数十万，每一念之煎心。且久困，若不破此险，无生理。今日固死日也，义不令士卒独死，亦不令怯者独生矣。”鼓而进之。寇崖下炮发火多，铜焦，炮者震死。船衔尾直下，出江与外江合军，欢声动江水，于是沿江寇舟失势，所在掷火烧之，舟尽燔。而官军船为铁网牵絓，篙楫不利，岸上寇复聚火枪击水军，适会李续宾伏陆军，潜上湖口城背山，扬旗鸣角下，岸寇惊愕，大溃。三军合屯，其夜城寇破走，洲上寇亦遁，获军火子药数十万，炮船八十余，悉解江西。
辛卯，乘胜夺据小孤山。乙未，载福攻彭泽，庚子，克之。前军至望江，望江寇遁。壬寅，复东流。癸卯，过安庆，舍城不攻，攻枞阳垒，破之。甲辰，破大通垒。丙午，复铜陵。下至峡口，见官船旌旗。侦者言，此红单船，定海总兵李德麟所将也。丁未，载福往见李德麟，红单船人皆聚观，以为此军将从贼中来，疑不可信。李德麟因言方攻泥汊，县赏万六千金，攻七月，坚不下。明 日，载福令李成谋攻之。棹而进，逼屯掷火，屯中寇久懈，殊不意有军至，皆长跪乞命，获炮百、舟五、米六屋，及所俘寇尽以与红单船，回船而还。是月初，和春方奏言泥汊战胜状，至是湘军攻克，而江南大营不复言泥汊，盖讳之云。十月戊寅朔，载福还师。丙戌，至湖口。内湖军先增二营为十营，分八营屯章、赣，留二营湖口。丙申，江西寇自鄱阳窥湖口，援九江，为陆军所败，还走池州。前所复望江、东流、铜陵三城复陷。
八年四月壬子，水陆军攻克九江。外江内湖军要逃寇，尽歼之。诏杨载福专征。外江军移屯华阳镇，分防三营屯黄州，彭玉麟驻湖口。五月乙末，起国藩督陆师援浙。载福复克东流，进屯黄石 矶。六月，抚定建德寇，复其城。八月戊辰，国藩、载福奏祀阵亡将士三千余人于石钟山。内湖军合陆师克吉安，江西始平。九月辛巳，合陆军攻安庆。十月辛亥，三河军溃，寇大上。我军分屯，自九江至武昌十二，黄石屯军如故。
九年，寇别部犯湖南，围宝庆，湖南、北大震。分遣萧翰庆、王明山等四营入资水，曾绍霖等二营防沅水，左光培一营防澧水。五月，师行。七月，还江防。九月，寇将韦志俊以池州反正。玉麟躬率内湖军移驻黄石，与杨载福合屯。十月，李成谋往抚池州寇，众叛，攻韦志俊，力战击走之，收其众万人。十一月，徽、宁寇来攻，由际登城，池州陷，拔余众还张溪。
十年三月，浙江请援。遣萧翰庆改将陆师三千，合领归诚人三千援杭州，道宁国。副都御史张芾奏止韦志俊军。杭州已陷，新任巡抚王有龄以寇退，复奏止翰庆等，仍随张芾收旌德、石埭、太平、广德。已而浙事亟，飞檄召翰庆，而韦志俊遂率所部依水军。四月，外江营官陈金鏊，合江南水军攻枭矶寇屯，破之。五月，萧翰庆遇寇湖州，道战，死之，余众入城助守。江南大营溃，苏州陷。以国藩署两江总督。国藩自宿松移驻祁门，议立三路水师：一淮扬，一宁国，一太湖。林翼则议立衢、杭水军，而无宁国。然皆不果行。其后，乃立淮阳、太湖军，遂复江苏列县云。韦志俊从水军复攻池州，不克，还攻枞阳，收之。六月，载福奏遣江南水军将李德麟、吴全美还守镇江，分军屯大通。于时徽、宁继陷，陆军自顾不暇，安庆虽合围，而寇窥蕲、黄。国藩受命节制皖南军，而总兵周天受死宁国，宁国余民保南陵。总兵陈大富血书求援，不能救，乃令水军赴其急，谋拔出城中军民，弃城不守。载福念孤军深入，必具危。九月，秋雨江涨，