邑、兵马反正来归者，各照原职加陞委用；其有前系故将、中道离去者，悉赦不究，一本收录。师之所过，秋毫无犯；非得罪社稷及抗我戎行者，一无所问。嘉与士民，同建匡复之勳，永快升平之乐』。既至厦门，叙海澄功：以赵得胜为左提督，封兴明伯；叙同安功：以张学尧为左先锋荡鲁将军、化尚兰为仁武镇。邓麟彩仍知县事，以郑省英知思明州。寻遣人至耿王处，议拨船及地方安插兵众；耿不答。于是，郑、耿交恶。六月，招讨大将军世子入泉州。
初，提督王进功降于耿，封为平北将军；征之福州，留之。遣都尉王进率兵镇泉州；进至，与城守赖玉深相结，勒进功家眷入省，精忠复遣兵接应；进功之子藩锡惧，议先发以制之，乃诱执赖玉杀之，率兵逐王进，遣官迎世子入城。慰劳藩锡，以为指挥使，命暂理提督事务；道、府、厅县，各仍其旧。清海澄公黄芳度以漳州降世子，封为德化公。
初，精忠反，海澄公黄梧降精忠，封为平和公；寻病疽死，子芳度袭封。精忠征其兵，使刘豹守漳州。及世子入泉，芳度惧不免；世子遣人慰谕之，乃袭杀刘豹，具启请降。其略曰：『某荷恩早世，依荫今兹；宜负弩以前驱，敢乘尘而后至。缘罪在诛殛，非丧面所得自宽；即量加优容，然扪心安能无愧！既为天壤间无所容之罪，窃比鱼鸟之飞潜；自计百十口凡有生之年，总望雷霆之生育！拜遣涓弁，奉奏微虔，祈伏宏开覆载，广布包荒！退补过而进尽忠，岂仅将于事大之小；生捐躯而死结草，期少图于赎罪之勳』！启进，世子封芳度为德化公，授前提督，漳属钱粮听其征给。芳度终不自安，遣人间道賫密疏入京，请援。秋、七月，潮州总兵刘进忠以城来降。
进忠先以潮州降耿，封为宁粤将军。至是，为安达公尚之信所围；精忠以泉、漳之变不能援，进忠乃以潮来降。世子遣援剿后镇金汉臣率舟师援之，以进忠为右提督，封定鲁伯。九月，上将军耿精忠遣都尉王进攻泉州，世子命右武卫刘国轩督诸军御之。
王进自泉州奔回，精忠令镇兴化，发兵从上游入漳浦会刘炎协攻泉州。进鼓行至惠安，肆行焚掠；世子乃命刘国轩督军御之。冬、十月，右武卫刘国轩破耿都尉王进于涂岭，追至兴化而还。
王进，号老虎，素轻南兵；泉州之役，以众寡不敌为辞。至是，请攻泉州自效；精忠益以步骑二万，直抵惠安，兵势甚盛。刘国轩严阵待之，对垒逾旬，进不能前；退屯枫亭，列营二十余里。国轩率轻骑觇之，猝遇于涂岭，进引兵出战；自辰至巳，两军殊死穽。进溃走，国轩追至兴化郭外，宿三日而还。十一月，周遣礼曹员外周文骥来聘。
平西王吴三桂既举兵，国号周；遣使賫帛书入东宁会师，世子遣推官陈克岐、副将陈文焕报之。三桂复遣礼曹钱点通问；值郑、耿构兵，点回报。三桂乃遣文骥来和解，大意以「同室操戈，贻笑敌国」为言。招讨大将军世子遣兴明伯赵得胜、侍卫冯锡范督诸军复漳浦。
漳州既约降，诸邑皆下，独刘炎附耿据守漳浦。精忠遣兵援之，至平和，黄芳度守将击却之；精忠复遣其亲军都尉徐鸿弼从间道入漳浦。世子令锡范、得胜由海澄攻之，鸿弼、炎会云霄镇刘成龙迎战于罗山岭。左虎卫何佑挥军邀击，鸿弼等大败，退入城；锡范、得胜督兵环攻，以红夷冲天炮击之。刘炎惧，与鸿弼、成龙俱出降。招讨大将军世子设六官。
以洪磊为吏宜、杨英户官、郑斌礼官、柯平刑官、杨贤工官，各名曰协理；不设兵官，以陈绳武为赞画兵部；仍置六科都事、都吏及察言、承宣二司、中书舍人本科等官。初，赐姓虽承制设六官，文书仅称卑职；至世子中年，文武官具启始称臣。军国事宜，皆主决于赞画陈绳武、侍卫冯锡范。以郑省英为宣慰使。
初，世子率师西来，兵饷皆取给于东宁。及得泉、漳，兵将日多，转运不给；乃议征饷：百姓年十六岁以上、六十岁以下每人月纳银五分，名曰「毛丁」；船计丈尺纳饷，名曰「梁头」。以省英为宣慰使，总理各郡钱粮；各县令以齐六科都事为之。又设盐运司，分管盐场；以陈廷章为泉州盐政、冯锡珪为漳州盐政、李景为潮州盐政。每石盐价二钱，征饷四钱。又设饷司科杂税，以给兵食。以郑得潇为中书科。
得潇，明诸生；博洽群书，方正澹雅，与陈永华交厚。世子至思明时，永华以书聘得潇与其侄兵部绳武同计事，以老辞；已而，世子征为从事，则又辞；乃以为中书科，供笔札、掌笺奏，一时推为文辞巨手。
乙卯、明朔永历二十九年春、正月，上将军耿精忠遣少卿张文韬来聘；世子遣礼官郑斌报之。
精忠以董一奇、王世瑜议和未成，再遣张文韬来贺元旦，且送船五只以践前约；世子许之，命郑斌报聘，以枫亭为界，各不侵犯。自是，郑、耿交好。二月，左虎卫何佑大破粤兵于饶平，清续顺公沈瑞降。
沈瑞驻饶平，刘进忠攻之不克。广兵来援，何佑遇之于百子桥，破走之；瑞出降，世子封为怀安侯。三月，流清经略洪承畴眷属及前进士杨明琅于狼峤。
清祀洪承畴于学宫。世子毁祀破主，改祀故相黄道周、忠毅蔡道宪；流其胞侄洪士昌、士伦及家