苗景龙败死，府城大震；文武各吏尽室登舟，人无固志。
总兵欧阳凯、游击刘得紫、副将许云，率师千有五百出御之。中夜自惊扰，黎明稍集，而贼至。许云跃马陷阵，官兵继之，贼大败，退屯竿津林。时水师游击游崇功出哨笨港，闻报，亦以兵还入鹿耳门赴援。
五月朔，朱一贵、杜君英合队数万来犯，刘得紫以兵截中路口，欧阳凯、许云、游崇功迎战春牛埔。而把总杨泰通贼为内应，刺欧阳凯坠马死，官兵大溃。刘得紫率兵还救，马踣被执，许云、游崇功血战至日中，矢炮俱尽，各手刃数十贼以死。于是水师游击张贤、王鼎等率兵千余、战舰四十扬帆出澎湖，台厦道梁文煊、知府王珍等尽驱港内商、渔艇出鹿耳门渡海；而周应龙遁回内地。
是日，贼陷台湾，掠仓库；复开红毛楼，大获郑氏旧贮炮械、硝磺、铅铁。北路奸民赖池、张岳等亦同日陷诸罗，戕参将罗万仓。凡七日，而全台陷。
朱一贵伪称中兴王，号永和，大封群贼。公、侯、太师、将军、总兵以千计，优伶冠服肩摩塞道；民为之谣曰：『头冠明朝冠，身衣清朝衣；五月称永和，六月还康熙』；盖人心皆不附贼也。
游击刘得紫陷贼中，贼素重其名不杀，听收■〈疒〈癶上土下〉〉各帅之尸；禁诸学宫，七日不食。诸生林皋、刘化鲤密陈诸贼可灭状，始受食，谋恢复。
时逃官、难民皆至澎湖，澎湖协副将仓皇不知所措，亦尽室登舟，将渡厦门。百姓妇女争舟杂沓，声震海岸。守备林亮厉声曰：『朝廷以海外封疆付诸臣，正备缓急倚赖；今未见一贼，相率委去，若国事何？与其死国法，曷若死贼。请整兵船守要害，俟贼至决战；不胜我死，公等走未晚也』。驰赴海滨，拔刀驱官民家属登岸，众心始固。
时水师提督施世骠在厦闻警，即调兵渡海；总督觉罗满保疾驰至厦门，施世骠已先二日率师出港矣。满保复调南澳镇总兵蓝廷珍至厦，使总统渡台水陆兵八千余、船四百艘。六月朔，出厦门港；七日，会提督施世骠于澎湖，共兵万二千有奇、大小舟六百余艘。
方是时，台中贼党互相雄长攻击；杜君英为朱一贵败走，剽掠村庄。而淡水营守备陈策团练义勇，固守要害；又率淡水庄义民侯观德、李直三等以乡兵破朱一贵贼数万，斩贼万计。而诸罗义民陈徽等亦起兵攻复县治；旋为贼陷。
陈策遣人赴澎、厦请兵，满保、施世骠先后发兵千七百赴援。适世骠获贼谍吴良等二人于澎湖，搜获伪扎百道。吴良，澎湖把总降贼者也；穷讯之，尽知贼党内乱，百姓不附，我军士气倍奋。满保议三路进攻。廷珍与世骠言『南风已盛，南路不可泊舟；北路去府百余里，饷运艰难，度贼必屯聚中路，宜直捣鹿耳门』。
十日发澎湖，以守备林亮、千总董方为前锋，并率善水者十余驾小舟于鹿耳门表识沙路，并载旗帜伏南北港。时贼以大炮扼险迎拒；十三日，林亮、董方以六舟冒死直进，遥望炮台火药累积，专以炮注攻中之，轰发如雷，贼死无算。众军齐集两港，悉树我军旗帜；遂扬帆直渡鲲身。鲲身者，海沙也，胶浅不能行大舟；是日海潮骤涨八尺，四百余船倏齐薄岸。贼遁保安平镇，列队迎拒；林亮、董方复先登陷阵，蓝廷珍督大队继之，贼败走。官兵入安平镇，日犹未晡。
是夕，施世骠亦乘潮至鹿耳门，次日至镇。贼以八千来犯安平，我兵迎贼于四鲲身；别遣小舟沿岸夹击，逐北至七鲲身濑口，复以火舟烧贼战舰。十六日，贼数万复犯安平，驾牛车列盾为阵，冒炮火死突。蓝廷珍亲督战于二鲲身，而林亮等别以小舟载炮附岸夹攻，斩溺无算。贼始退保府治，不敢出；惟沿岸列炮，昼夜固守。施世骠等下令戒各军无妄杀，来降者悉纵还，各树「大清良民」帜于门；惟抗拒者诛。远近胁从，望风解散。
有西港仔义首载家属为质，愿引大兵从西港登岸，径收贼巢；施世骠即密遣林亮、董方等，以兵千有二百往。十八日，蓝廷珍闻之，急曰世骠曰：『此险道也，地多篁木，易设伏。且迫贼肘腋，丑党必众，而我军甚孤；若伏贼数千环攻乘我，将奈何』？世骠曰：『可奈何』？廷珍曰：『请急以大队进，而别遣将分攻各港牵制，使不得兼顾』。于是廷珍率舟师五千五百，夜指西港仔，黎明登岸；则贼与林亮等方鏖战，我军严阵设伏而进，前锋遇贼力战，伏兵突出竹林，横截贼军，左右奇兵绕后夹攻，贼大溃北。廷珍料贼必夜来劫营，初更卷帐偃旗伏蔗林间；贼果至，不见一人，大惊，伏起冲击，大败之。
十九日，逐北至府城，贼数万皆遁。而施世骠亦分败西、南两路之贼，同日抵城。自鹿耳门至是，凡七日。廷珍报满保于厦门，而施世骠先于军中奏捷矣。
复分遣官兵廓清南、北二路。而游击刘得紫亦于贼中拔归大营，请为乡导；淡水营守备陈策率援淡之兵南下诸罗，与大军合，北路贼党溃散殆尽。
朱一贵走湾里溪，为村民禽献；惟逆党杜君英、杜会三、陈福寿、江国论等尚未获。廷珍购得一二，皆善