虏兵前驱至灵川，上欲出奔，瞿式耜力持不可，言：「督师警报未至，无大恐。若播迁不已，国势愈弱，兵气愈难振。民心皇皇，复何所依」！不听。式耜又言：「俟督师还，背城借一，胜败未可知。若以走为策，则何地不危」？反复数百言，泣下沾衣。严起垣曰：「明日当议之」。甫夜半，上已行矣！时郝永忠自兴安奔回，滇营自灵川至，纵兵大掠，四面放火，公私涂炭，式耜亦被劫入船，行二日始脱。
三月，虏侦知桂林兵变，乘虚来袭，直抵北门。瞿武耜守城，何腾蛟遣焦琏及楚镇周金汤、熊北佐、滇镇赵印选、胡一清分道出战，虏兵大败，遂渡甘棠港遁去。
是月初十日，上至南宁，式耜报捷行在，赐「精忠贯日」金图书一方。
夏四月朔，上在南宁，世子生。
五月，督师何腾蛟复全州。
六月，李成栋、金声桓各上表投诚。成栋复具疏迎驾。式耜请还桂林。疏言：「驾若东幸，军中将帅谓朝廷乐新复之土，成栋亦有邀驾之嫌。号令既远，人心涣散，臣不能制也」！再疏，令检讨蔡之俊往迎。又疏，令给事中蒙正发往迎。上竟由梧州入肇庆，诸疏俱不报。金声桓本宁南侯左良玉大帅，降虏，用为江西提督。副将王体中兵最强，声桓忌之，与其部将王得仁用计杀体中，命得仁领其军，驻建昌。得仁以私愤杀巡抚童御史，遂发兵反正。声桓称豫国公，得仁称建武侯。广东提督李成栋，自负取粤大功，一旦佟养甲为总督，受其节制，不平，亦怀异志。是年三月十七日黎明，成栋令其兵齐集教场，声言索饷，欲为变。成栋请总督出城抚辑。养甲至，众兵呼噪，同时割辫。养甲自割辫，出榜安民，用永历年号，传檄各属。广西巡抚耿献忠于梧州闻信，亦率所属割辫投诚。
封李成栋惠国公，佟养甲襄平伯，其余升赏有差。
秋八月，上至肇庆，成栋释甲冑，肃冠裳，跪拜如礼。加缮府城，为驻跸之所。回疏，请召式耜还朝。使者三四至，式耜固辞；乞骸骨，不允。
金声桓、王得仁以宁庶人起兵不攻赣州，卒贻后患，遂并力攻赣，久不下。虏袭南昌，始还师。有僧言：「择时日出战」！因闭城自守。虏筑长围困之，求战不可得。
九月，李成栋率三万人度岭攻赣州，以援南昌。赣州守将高进库伪约降，以缀成栋之师，使南昌坐困。成栋信之，还军岭上。
永历三年己丑春正月，上命李成栋再出岭，攻赣州。成栋屯信丰。
虏破湘潭，执何腾蛟，不屈，死之！腾蛟出广西，攻长沙，命马进忠由益阳出长沙，下截永道。李赤心大队亦至，虏兵四集。腾蛟死，百姓为之举哀。
二月，南昌破，王得仁不屈死，金声桓赴水死。虏泝流援赣，直趋信丰。诸将欲拔营归，李成栋不可。天久雨，召诸将议事，去者已大半。成栋慷慨命酒，痛饮。既大醉，左右挽之上马，渡水，水涨，人马俱沉。三日后，见成栋植立水中，始知其死。
夏四月，云南孙可望遣官杨畏知、龚鼎求封亲王。给事中金堡以为非祖制。朝议封可望景国公，遣册使往。褚胤锡矫旨改封平辽王，换给敕印。浔州镇陈邦傅又改封秦王，命中军胡执恭间道先至。可望大喜，受贺三日。畏知等以平辽王敕印至，可望不受，曰：「吾已封秦王矣」！畏知曰：「彼伪封也」。召执恭面质。执恭曰：「彼亦伪封也！原封景国公，敕印具在」。可望大怒，下畏知、执恭于狱。
六月，留守瞿式耜请以戎政张同敞总督各路军马。同敞，张居正曾孙。有文武才。每出战，辄跃马为诸将先。年四十无子，妻卒，萧然一榻而已。
秋七月，留守瞿式耜疏报虏来大帅，定南王孔有德也。实抵衡州；水陆并进。一面发兵往宝庆，一面大队来永州。滇帅普明等全军覆没。报至，总督张同敞驰赴全州。全为广西门户，虏不即深入，以曹志建兵屯龙虎关，为衡永之左路，马进忠兵屯瓜里，为武宝之右路，两相犄角也！
福建诏安等处皆失陷，刘中藻在福宁，以势穷，自缢死。惟延平所属，处万山中。虏兵既回，土人立德化王慈熠，据大将军寨，出攻顺昌、将乐。
冬十一月，虏至延平，获慈熠，余众出降。
永历四年庚寅春正月初六日塘报：南雄、诏州并陷，守将弃城走。初八日，上西奔。十三日过德庆州，镇将安定伯马宝领兵扈驾。式耜驰疏请留，不听。
二月朔，上至梧州。始闻虏来者，伪平南王尚可喜、靖南王耿仲明，久顿江西吉安府。惠潮道李士琏、镇将郝尚〔久〕密往投诚，导之入关矣。
时褚胤锡已死，户部尚书吴贞毓等疏劾袁彭年、刘湘客、丁时魁、金堡、蒙正发把持朝政，罔上行私。皆下锦衣卫狱。大学士严起恒为请不允。瞿式耜闻之，疏七上，申救备至；犹未许。先是李成栋首疏言：「文武各还事权，言官正气宜奖，内侍不得干预机务」；上从之。言官又请正纪纲，慎名器。人多失意，造谤荧惑。有吕尔玙方为马吉