龙取其侯印为验，谦赍印至，上即召入关。御史钱邦芑劾其久住三衢，徘徊闽、浙之界；自以举足左右为重轻，因欲要取侯封。以闽要浙、以浙要闽，只恃构阃□□散行挟制之术。又历数其在衢奸淫不法诸恶状。遂下之狱。芝龙疏救，不允。谦，武进人，出身甚微。乙酉春，赍宏光诏封芝龙南安伯。芝龙德之，故力为申救；行贿五千金于邦芑，请免谦死。邦芑以闻于上，遂决意杀之；即命邦芑监刑。芝龙闻之，过市，命且停刑；急入朝见上，请以官赎谦死。上密敕促行刑，故与芝龙语久，慰劳之；过期，芝龙出，而谦已斩矣。芝龙伏尸哭极哀，厚殓之。从此，益怀异志。密致书于清总督洪承畴，承畴不答书，但答以笔一管；疑毫端当有密札，索之一无所有。盖示隐语以「必来耳」（或曰：芝龙与承畴相通已久，承畴业以王爵啖之。此举特以愚朝廷也）。
六月乡试，以布政使吴炳为提调官，编修刘以备、闵肃主试。取中叶瓒等一百一十七名。凡四方流寓诸生，俱得入试，特旨广额七十名。上又亲试流寓贡生，取万子荆、倪天弼等三十余人；改为萃士，照庶吉士例，送翰林院教习。榜首李日炜，径授礼科给事中。
是时，赣州已围两月。自江抚刘广允被执，援兵皆不敢前。六月十五日，旧赣督李永茂所遣副将吴之蕃、游击张国祚率粤兵五千人，与北兵遇于李家山、九牛山之间，数战皆捷。北兵疑援师大至，遂撤城下围，屯于水西；之蕃、国祚亦退守南康。时赣城守已久，奉诏奖劳，赐名「忠诚府」。加杨文荐右都御处，命太宰郭维经出闽募兵援赣，加六省督师衔。维经亦入城，同廷麟、文荐为协守计。
浙东报至，北兵以初一日渡江，陷绍兴，鲁王航海江上，诸师俱溃；行在大震。郑鸿逵久驻关外，未尝前进一步；有传北兵至者，徒跣疾行三日而抵浦城，后至者言兵哗也。事闻，削鸿逵爵。芝龙既怏怏不得志，又为洪承畴所绐，许封闽粤王；凡各关隘守兵，自二月间俱已撤回。及闻浙东之信，遂疏称海寇狎至，臣宜遄回防御，且措兵饷为守关之计；拜表即行。芝龙既回安海，守关将施福声言缺饷，亦撤回安海。仙霞岭二百里间，空无一兵；惟所遣守关主事及内臣数员，侦探敌信以上闻耳。
七月，上诞元子，大赦覃恩；从龙诸巨，悉皆封爵。御史钱邦芑疏言：『元子诞生之辰，正浙东新破之日；同盟且应见恤，剥肤益复可忧。臣以为是举朝同仇共愤之秋，非覃恩受封之时也。且覃恩不宜太优、爵赏不宜太滥。若铁券金章，徒以赐从龙之旧；即将来恢疆复土，何以酬汗马之勋？非所以重名器、劝有功也』。不报。
七月二十五日，上御门。群臣朝罢将退，上命内臣捧出一盘，覆以黄帕，置御前。上谕群巨曰：『朕本无利天下之心，为勋辅诸臣拥戴在位。朕布袍蔬食，晓夜焦劳，有何人君之乐？祗是上为祖宗、下为百姓，汲汲皇皇，惟恐负诸臣拥戴之初心。今观诸臣，大非初意。昨关上主事搜得闽中出关迎降书二百余封，今具在此。朕不欲知其姓名，命锦衣卫官检明封数，捧至午门前对众焚之。班内诸臣，宜亦有之，朕俱不问；有之者，当从此改心易虑』！上大身丰颐，无须，声音宏如钟，着赭黄袍；词气慷慨，言之举朝感动。
上择日出赣。楚督何腾蛟遣郝永忠领铁骑五千迎驾，将至韶州，而北兵已陷衢州、抵闽关，遂入无人之境；守浦城御史郑为虹、科臣黄大鹏死之。报至，上即于八月二十一日启行。上与中宫皆骑马，犹载书十余扛以从；随行者，辅臣何吾驺、朱继祚等数人而已。二十七日，至汀州。停跸一日，忽有十数骑叩城曰：『吾扈跸兵也』。门者纳之，直入行宫；给事中熊纬方趋朝遇之，始知是北兵，大骂而死。从官一时奔散，遂不知上所在。有云敌人入宫，见一衣黄衣者射杀之；盖有卫臣貌类上，为代死也（或云：卫臣张致远）。或云与后俱被执，后至九泷投水死，上崩于福州。永历元年，遥上尊号为文皇帝（某以八月初一日辞朝，行属邑查催积榖饷银。于二十四日回至永安贡川镇，闻延平破，知府王士和死之。闻上已幸汀，因即散遣从役，微服奔汀。比至归化，则汀州已陷，圣驾蒙尘矣。遂留住归化村中（地名胡枋），转至沙县。北兵至福州，礼部尚书曹学佺、通政使马思理俱自缢死。其余不降者，多从郑氏入海。芝龙退屯安海，楼船尚五、六百艘。因前通洪承畴讯未得要领，故不敢迎降；乃使人言其撤关不守以待清兵之至有功，当得大用。贝勒令郭必昌贻书招之；芝龙以拥立藩王为惧。贝勒即遣其内院至安海，与语曰：『吾所以重将军者，正以将军能拥立也。人臣事君，苟有可为，必竭其力；力尽而事不可为，天命已去，则当幡然乘时以建不世之功。所谓识时务者，在俊杰也。若将军无拥立之举，我何以重于将军哉？且两粤未平，所藉于将军者不小；今铸闽广总督印，以待将军。其即来面商地方人才及两广事宜』。芝龙得书大喜，劫众议降，诸将多不欲。有周鹤芝者，以死谏，不听；其子成功亦痛哭谏，不听。以十一月十五日至福州，见贝勒乞降。贝勒与握手甚欢，折箭为誓；芝龙赂遗，不可胜计。忽一夜拔营起，遂