师凯旋优礼之宴，如何隆重，各两进仪俱驳，情理未尽。二十三日，传府部九卿申刻平台候旨，接出圣谕，首辅周延儒，朕所敬信，不谓亦有蒙蔽，着议处。逾日议处疏上，旨下犹予致仕，赐路费银百两，后参疏日甚，向之最相昵者，出语更毒，如袁彭年之辈，皆各自为地，急自别其非周党也。蒋拱宸朋比为奸一疏，参吴昌时赃款多实。七月二十五日，中左门亲谳昌时（事详于后），即日遣缇骑逮首揆。十月初八日抵京，自疏愿戍冲边，不报。举朝亦无敢有下救缓语者矣。
五月，以倪元璐为户部尚书，仍兼翰林，仍学士。故事：浙人不为户部，又以儒臣改任，皆破格也。上召对面谕，嘉其志念忠诚，才猷敏练，谕奏井井有条。又谕曰：帝王用才致治，原只一、二人；周之四友、汉之三杰，即太祖所用文臣，亦不过刘、宋数人耳。又谕祖制不用浙人为户部，今用之为急，只得通融。又谕以饷不清则兵不强、民不安，今以安民为本。元璐曰：臣本无才，皇上必欲臣做，臣有三做。一实做，与兵部合算，必先准饷以权兵，因准兵以权饷。一大做，求民间大利、大害一举与除，不以小小生节，徒然报数。一正做，以仁义为根本，礼乐为权，舆政有厉民者，臣必为民请命。上曰：有学问之言。既受事，与兵部尚书冯元颷商互稽之籍，即请以户部一司官兼职方，俾得察核诸镇将士。有崇明人沈廷扬献海运策，元璐奏闻，请试行，乃以庙湾船六只听运进，月余，廷扬献海运，元璐惊曰：我已奏闻，上谓公去矣，何尚在此？廷扬曰：已去来矣。运已至。元璐惊喜，奏闻上。上亦喜，命酌议，乃议每岁粮船，漕与海各相半行焉。至甲申二月，首辅陈演以元璐词臣，不达钱榖。奏上，命罢司农任，仍还讲幄。三月之变，从容自缢死，倪解任后，以吴履中继之。五月十六日，上御皇极门，召阁臣及吏、户、兵掌印官、兵科都给事中过跪，出手敕钦定督抚去留云：蓟辽只须总督一员，择敏练干才任之；辽抚一员，黎玉田；镇臣一员，吴三桂；专任关宁剿□；山永抚臣一员，李希沉。照旧镇臣一员，卢天福，是否堪任？着另推。蓟密不必分作二镇，保着顺抚三屯镇管辖，即着王维谟、唐通料理；督师、保督，俱不必设。吕大器、赵维岳回京另用。保抚徐标，新任可用；镇臣另推。通州只设镇，照旧以副将总领。其余要害，须派明设信守防，先时有备，不致临事张皇。时以督抚增设太多，因议裁汰，赫然整顿一新，然总兵赘滥数百员，副、参以下尤多，皆未及汰；大约枢部以此为交结纳贿地，虽屡经票拟驳推，亦置之高阁。此边事大败坏之病根也。
上召保定巡抚徐标入对。标曰：臣自江淮来，数千里见城陷处，固荡然一空，即有完城，仅余四壁蓬蒿，鸡犬无声，曾未遇一耕者。土地人民，如今有几。皇上亦何以致治平；上欷歔泣下。标又曰：天下以边疆为门户，门户闭则堂奥安，其要莫若修内治、重守令。守令贤，则政简刑清，而盗自息。上曰：诸臣不实心任事，以至于此，皆朕之罪。标又言，车战屯田。上善之。标，四月己卯管事，辛卯陛见，赐金币，至是复召，盖上深悯畿民，欲得其详也。标在任，能殚力任事。甲申春，大寇临城，竭力固守，知府邱茂华先已通贼输款，标执之下狱，亲自登城，画策守御，而叛兵劫标杀之，出茂华于狱，遂檄属县俱叛寇。
命孙傅廷特加督师，总制应凤、江楚、豫川剿寇军务，兼总督三边。兵部尚书吕大器，以兵部侍郎总督江楚、应皖等处军务，各给以行间赏功银币等项，差官星夜解至军前听用。
悬赏格擒斩闯贼李自成，赏万金，爵通侯；擒斩张献忠，赏五千两，官一品，世锦衣指挥使。
六月癸亥朔，戮叛帅刘超、刘越，各凌迟，传首九边，妻子给付功臣为奴，财产入官。旧制：朔望停刑，时以超等拷问垂毙，改初一日辰时祭告，午时献俘，上御皇极门兵部行献俘礼，百官皆致词称贺。超，永城人，中河南武解元，跛而知书，为贵州总兵，坐罪免。后上疏言兵事，中枢陈新甲起为河南总兵，私怨杀御史魏景琦及举人高明楷、生员王奇珍三家百余人，遂据城称叛。巡抚王汉奉密旨讨之，为兵部所泄，汉率兵至，反为所杀，执永城乡绅丁魁楚、练国事等，迫令上疏保之。未几，凤督马士英合兵围讨，超困出降，解赴京师，正法献俘，时于阙下大声呼冤枉者再三。上不问。
七月初十日，上召三法司、锦衣卫、刑科掌印官、山东武德道佥事雷演祚来中左门，命该卫提范志完门外伺候。先是，演祚疏言，志完两年佥事，遽陟督师，不闻知兵善战，徒恃贿躐升，非有大党，何以至是？方北兵攻德不下，去陷临清，越五日而志完始至，闻破景州，惧欲避入德城，臣未之允，乃托德州大绅谢升、侨寓词林方拱■〈卓乚〉晤臣于南城古庙，臣答以援兵非受垛之用，督师非入城之官，不闻苏州之陷、由夷丁内溃乎？此臣目睹最真者也。若夫座师当朝，罔利代庇，玉带明珠，悬作市卖，抚镇之囮子，部堂台省，半属颐指气使之私人，称功颂德于班联，君前臣名，通废常礼，至于中枢主计，惟善虚文，请饷必馈，常例万金，必扣三千。兵部