。科臣黄绍杰，因有监督不和疏云：古来未有反颜相视，犹可觌面大事者，毋论掣肘当前，虽豪杰不能展手，文衡亦节钺重臣，慷慨烈士，无因而受监军之点缀，将何颜而立于三军之上？犹责之以任事可乎？然文衡去而监视不宜留，何也？此番元黄，人人蹑息，若欲委蛇附和，必非文衡之人而后可；不然，肯以鼻息仰乎？则有监视，必不能容督抚明矣。且廷臣向所虑者，不止此。今皆已肆然无忌矣。祖制不容典兵，廷臣言之，顷且几于立标营，穷地不堪骚扰，廷臣言之，今已秽迹自败露；廷臣言杖节负气之士，实遭毒螫，今果伎俩递见矣。廷臣言寡廉鲜耻之夫，将开谄附，今果有啧啧称颂甘为荐主门生，不奉旨而擅拨营兵者矣。前辙非远，渐何可长也！世界至此，宁不寒心。同时，御史宋贤又有疏劾山永巡抚邱禾嘉云：皇上遣内臣监视，原属权宜，无奈小人逢迎，无所不至，若马云程请兵自卫，邱禾嘉先为派定六百名，犹自歉不能措置，其吮廱、吮痔之意可见，乃部复议请而禾嘉复为之请，必欲以兵柄授之，殷勤若此，可不羞哉？御史高倬，又有监督相构可虞疏；皆奉旨议处。文衡因复具疏，为言官求宽，不听。未几，曹终以闲住去。
丰城侯李承祚，天启年间两疏称颂逆珰功德，请如中山王例，封两公，并列两都。珰磔后，定逆案，议大辟，系狱矣。其子上疏，引八议，宽免刑，部疏亦为之地。给事中吴彦芳，有疏论之。手批谕内阁云，此案情最可恨，法原当诛，但世勋与流官有间，券文难泯，据部疏议革爵远戍，足抵一死否？阁揭固为之力请，引券文免之死条，遂改从宽典，然上意极严，附逆，虽追念世勋，稍开一面，捧诵御札，凛于爰书矣。是年，逆案刘诏与失陷封疆之王化贞俱弃市曹。勋臣中又有襄城伯李守锜、灵壁侯汤国祚，皆有疏颂珰，竟得漏网。
七月，斩登莱巡抚孙元化。苏州嘉定人，慷慨好谈兵，以乙科历官宁前兵备道，海氛不靖，以元化知海事，超升为登莱巡抚。大凌河告急，部议调孔有德等率兵防援，孔故毛文龙部将，因文龙之杀，原有二心，至是奉调，往来海岛，几犯飓溺，比改而从陆，不胜怨咨。前队已至吴桥，后队尚滞新城，夺王氏庄仆一鸡，王氏大族，势凌东省，随禀领兵官，必欲正法。领兵官不得已，查夺鸡者，穿箭游行，众大哗，遂杀守庄仆，报知前队，改辕而南。时统兵者，左步两营，则参将孔有德；右步两营，则都司陈有时。东江副总兵毛承禄、登州参将李九成，辽兵三千人，皆插血立誓，拥有德以叛，攻破城邑数处，距登数十里，于马塘扎营。曰为王所逼，非敢反也。元化令参将耿仲明传谕扎营城外教场候抚，教场固有三千营房，援辽将卒家属居焉，欲令移入城出房以舍步兵，城中拒不纳，孔说耿亦反，尚有辽人在城中者，绅民必欲搜戮之，辽人遂开门迎师，登城告陷。时壬申正月初三也。元化始知被绐误事，欲抽刀自刎，为耿仲明救止，逼之具疏言状，已复纵之航海归，以二月抵津就逮，下镇抚司打问，验其自刎非伪，方下部议罪，而上遣侍郎刘宇烈督师，既许招抚，复诱新抚谢琏、知府朱万年并徐翟二内使杀之；事闻，上乃大怒，遂斩元化。当日城破，被祸者有镇臣张可大、乡官张瑶、王象复、举人王与夔，皆以尽节称。山东巡抚余大成，亦以失事逮下狱论戍。
孙、余二抚既被逮后，廷推以徐从治抚山东，谢琏抚登莱，俱同日受事。贼已抵莱州二月，至四月，内薄环攻，不分昼夜，赞画主事张国臣原奉抚议，以出援兵，皆畏贼，主者姑亦听之，以为抚事成则莱围自解，且以援为名耳。三月之初，张国臣遣使入城议抚，从治抗疏言其非，中朝以为不然，而贼攻围益急。四月十六日，架西洋大炮炮击西南城隅，从治方简阅丁壮，指挥出战，左右请少避，从治不可，发语未毕，炮已中颡额，身仆而绝矣。从治既死，莱抚谢又为贼所诱杀，督师刘宇烈逮问下狱，更调榆林各边兵将，用朱大典为巡抚以御之。至八月中，方解围，有德竟自莱入海，破朝鲜，投诚于□清矣。
上召吏部尚书闵洪学、兵部尚书张凤翼谕曰：吏兵用人根本，近闻选官动借京债，到任便要还债，这债出自何人身上，定是剥民了。怎得有好官肯爱百姓。朕前日费几许推敲，才用卿二人，须革去旧弊，为国家任事。又召左都张延登谕曰：风纪重任，表率诸御史，须是严加考核，不可徇私。又召吏科刘斯球、河南道李日宣谕曰：尔等以言为职，若直言谠论，朕甚乐闻，如何动称言路闭塞，你们议论不管行得行不得，只条陈一本塞责，多为却情面贿赂，成何言官？斯球奏臣等有闻必告，一毫不敢欺皇上。上曰：有闻必告一语，是你心里说出来的，从口里说出来的，你们有一疏，定有一缘故，与疏中所说之事不相关，以后如有把持嘱托行贿的发觉出来，自有祖宗之法在。又谕锦衣卫王世盛清理刑狱，不许瞻徇。又遍谕群臣曰：既做一官，就有一官掌职，件件都该打算，天下方能治平。如何一事不做，专图个名色好听。严谕再三，皆悚然而退。
先是，举朝有疏参论监视宣府太监王坤，坤遂抗疏指修撰陈于泰盗窃科名，希建言之名，为自固之计。席首