王，而拥兵请入觐，拜疏即驰。及至，谓可法曰：「我驭军宽，颇扰于民；公威名着淮上，军士皆惮服。公诚能经营于外而我居于中，帅以听命，当无不济者」！可法以士英之入，势不两立；乃曰：「居者守、行者御，莫能偏废。既受事，敢辞难乎」！遂请行。京师士民哗曰：「何乃夺我史公」！大学士陈方策、诸生卢经才等上疏言：「淮扬门户也，京师堂奥也。门户有人而堂奥无人可乎」？勿听。翌日，可法陛辞。加太子太保、兵部尚书、武英殿大学士，百官郊饯以行。可法去，士英即以是日入直，遂无所忌惮。旋进得功为侯，杰、泽清、良佐皆封伯。自是，四镇各拥重兵，愈尊贵自恣，渐不可制矣。
及慎言荐吴甡于朝，刘孔昭言其不可，露章劾慎言。廷臣言「孔昭武臣，不宜与铨选事」。士英阴嗾孔昭左右袒，联袂相结。可法叹曰：「党祸起矣」！上疏力言「甡无罪，可饬文武臣虚衷用事」。报闻。寻诏可法祭告凤陵、泗陵。事毕，因上言曰：「臣伏见二陵松楸如故，佳气郁郁，知万年灵祚之方未艾也。惟是北顾神州，山河顿异，感痛填膺不能已已。连岁凤、泗之间灾异叠见，天鼓一日数鸣，地且三震，以致今春罹兹大祸。先帝躬神明之质，敬天法祖、勤政爱民，一十七年如一日；尚不免身殉社稷，抱恨千古！天命之难堪而地灵之不足恃，可见于此。陛下践祚之始，祗谒孝陵哭泣尽哀，道路感动。若使躬谒二陵，亲见凤、泗境中万井悲风、千里赤地，蒿莱极目，鸡犬无声；汤沐遗黎，死亡殆尽：其呜咽悲愤又不知何如也！伏愿陛下坚此一心，慎终如始；察天人相与之故，考祖宗灵爽之依。处深宫广厦，则思东北诸陵魂魄之未安；享玉食大庖，则思东北诸陵麦饭之无展；膺图受箓，则念先帝之临渊集木何以忽遘危亡？早朝宴罢，则念先帝之克勤克俭何以卒隳大业？战兢惕励，无敢刻忘，则二祖列宗在天之灵必为请命上帝，默相陛下光复中兴。若晏处东南不思远略，滥恩施、开告密，贤奸无辨、威断不灵，老成激而投簪、豪杰因之裹足。窃恐祖宗怨痛，天命潜移，东南一隅犹未可晏然自保也」。王嘉答之。
是月，吴三桂从我大清乞师入北京破贼。六月，贼遁而西。其山东、河南诸郡县，多据城自保，结寨聚义，杀贼所置伪官以望王师。可法请速遣使北行，颁发「监国」、「登极」二诏抚慰之；使中原知南国之有君，则人心忻向而大业可定。疏入，报可。
时四镇不即守所分地，暴横江北，皆欲驻扬州；以兵争扬州，民撄城弗纳。杰先至，纵军大掠城外，死者无算，民益怨恶。进士郑元勋素有才望，欲为之解；众疑其私于杰，竞起击杀之。知府马鸣录、推官汤来贺坚守月余，杰攻之日急。泽清又大掠淮上；良佐以临淮人不纳其兵，亦攻围之。诸邑民争诣阙言状；诏可法往解，使各归镇。可法以次往，得功、良佐、泽清皆听命；乃诣杰，杰素惮可法，具櫜鞬迎谒。升帐之日，洒然变色易容；可法知其军可用，欲以诚感之。裨校以下，无不召见抚慰；因责杰曰：「将军之所以贵显者，以有君命也。如不奉诏而妄冀非属之地，则诸军与扬州之民皆得弯弓而射将军，将军又何辞以对」？杰色沮，默然者久之。然漫视为易与，止可法宿军中；易所隶卒，而更遣部下百人给事左右，所移文檄必取视乃行。可法一以坦怀待之，勉众以大义；皆感泣，传语曰：「史相公，我主也」！杰惧可法得军心，而又深服其诚，乃谨事请受命。可法乃集扬州民曲谕之；即为具疏以瓜洲城屯杰众。可法遂留扬州，开府治事。设礼贤馆，招徕天下智谋之士及稍通天文并阴符、遁甲诸术者，皆廪饩之，以监纪推官应廷吉主其事。复募士，得胜铠甲者百余人。上疏请行保举之法，以补危疆守、令；许之。旋诏可法：谕四镇厉兵秣马驻防河淮，刻日进师。当可法出，士英未敢即背；屡疏请饷，士英命户部百方应之，按期分给，诸镇益和。
秋七月，大学士弘图乞休，请召可法还京；报闻。时我大清兵收附山东，且闻南都新立，摄政睿亲王遣官赍书可法曰：「予向在沈阳，即知燕京物望，咸推司马。及入关破贼，与都人士相接，识介弟于清班；曾托其手勒平安，权致衷绪，未审何时得达钧览！比闻道路纷纷，多谓金陵有自立者。夫君父之雠，不共戴天；「春秋」之义：「有贼未讨，则故君不得书葬、新君不得书即位」，所以防乱贼，法至严也。闯贼李自成称兵犯阙，手毒君亲，中国臣民不闻加遗一矢；平西王吴三桂介东陲，独效包胥之哭。朝廷感其忠义，念累世之宿好、弃近日之小嫌，爰整貔貅，驱除狗鼠。入京之日，首崇怀宗帝后谥号，卜葬山陵，悉如典礼；亲郡王将军以下一仍故封，不加改削；勋戚文武诸臣咸在朝列，恩礼有加；耕市不惊，秋毫无扰。方拟秋高气爽，遣将西征；传檄江南，联兵河朔。陈师鞠旅，戮力同心，报乃君国之雠，彰我朝廷之德。岂意南州诸君子苟安旦夕，弗审事机；聊慕虚名，顿忘实害：予甚惑之！国家之抚定燕都，乃得之于闯贼，非取之于明朝也。贼毁明朝之庙主，辱及先人；我国家不惮征缮之劳，悉索敝赋代为雪耻。孝子仁人，当如何感恩图报！兹乃乘逆贼稽诛，王师暂息，遂