腰痛时作，饮食锐减；犹与臣等议论善后惓惓不置，亟望疏陈各事，朝廷早日举行。臣等方劝其节劳养神，讵意一、两日中病势陡增，百方无救，遂至不起。臣昌浚，与左宗棠以同里布衣之交，当立军之始，即委综办营务；生死祸难，曾与共之。臣穆图善，南服西陲，两与共事；亦深服其公忠体国，精神、才识非时贤所及。乃于七月二十四日病体初剧，臣昌浚省视榻前，尚以「君恩未报、遗憾未伸」为念。二十五日，自知不起；口授遗疏，嘱其子孝宽缮交臣等，遂不复语。虽子孙侍侧，卒无片言及其家事。平日坚忍耐劳、清操自励，与士卒同甘苦；官中廉俸，尽以抚恤疮痍、犒劳将士、分润寒畯、周给故旧。身后萧然，无异儒素。属纩之夕，军民同声感泣；臣等慨想生平，亦不觉涕泗之交流也。伏乞圣主天恩，垂念该大臣尽瘁报国、殁于王事，如何逾格加恩、从优赐恤之处？无待微臣吁恳，亦非臣下所敢擅拟。谨陈大略，恭候圣裁！至其生长勋绩以及两次莅闽功德在人，容臣昌浚详晰胪列，另行具奏』。上谕：『大学士左宗棠，学问优长，经济闳远；秉性廉正，莅事忠诚。由举人、兵部郎中带兵剿贼，迭着战功；蒙文宗显皇帝特达之知，擢升卿寺。同治年间，剿平发逆及回、捻各匪，懋建勋劳。穆宗毅皇帝深资倚任，畀以疆寄、洊陟兼圻，授为钦差大臣督办陕、甘军务，运筹决胜，克奏肤功；简任纶扉，优加异数。朕御极后，特命督师出关，肃清边圉、底定回疆，厥功尤伟；加恩由一等伯晋为二等侯，宣召来京，管理兵部事务，命在军机大臣上行走并在总理各国事务衙门行走；竭诚襄赞，悉协机宜。旅任两江总督，尽心民事，裨益地方。扬历中外，恪矢公忠：洵能始终如一。上年命往福建督办军务，劳瘁不辞；前因患病吁请开缺，迭经赏假并准其交卸差使，回籍安心调理。方冀医治就痊，长承恩眷；讵意未及就道，遽尔溘逝！披览遗疏，震悼良深！左宗棠，追赠太傅，照大学士例赐恤银三千两治丧，由福建藩库给发；赐祭一坛，着古尼音布前往致祭。加恩予谥「文襄」，入祀京师昭忠祠、贤良祠，并于湖南原籍及立功省分建立专祠。其生平政迹事实，宣付史馆；任内一切处分，悉予开复。应得恤典，该衙门察例具奏。灵柩回籍时，着沿途地方官妥为照料。伊子主事孝宽，着赏给郎中；附贡生孝勋，着赏给主事：均俟服阕后，分部学习行走。廪贡生孝同，赏给举人，准其一体会试。其二等侯爵应以何人承袭？着杨昌浚迅速查明具奏：用示笃念荩臣至意』。
谕军机大臣等：『刘铭传等奏「遵保基、沪获胜立功将士并历次战守尤为出力之援军练军转运员弁官绅并案开单请奖」一折，军营保奖人员，必须打仗获胜或阨守要隘等项实在着有劳绩，方足膺懋赏而昭激劝；此次单开，除沪尾接仗出力各员弁应量予奖励外，其王诗正一军前经临阵失利、吴鸿源一军留守中路并无战功，该抚等一并汇保，其余各营何项出力亦未详细声明，是开报既属笼统、保奖复多滥冒，殊非核实之道。着刘铭传会商孙开华将单开员数及所请奖叙严行裁汰、悉心核定，分晰开单，据实具奏』。
九月庚子（初五日），钦奉慈禧端佑康颐昭豫庄诚皇太后懿旨：『醇亲王奕譞等「遵筹海防善后事宜」折内，奏称「台湾要区宜有大员驻扎」等语。台湾为南洋门户，关系紧要；自应因时变通，以资控制。着将福建巡抚改为台湾巡抚，常川驻扎；福建巡抚事，即着闽浙总督兼管。所有一切改设事宜，该督、抚详细筹议，奏明办理』。
——以上见光绪朝「东华续录」卷七十二（光绪七十二）。
冬十月癸酉（初八日），福建台湾巡抚刘铭传因病乞休，不允；命赏假两月。
甲申（十九日），谕：『台湾南北地舆，袤延甚远；以形势而论，台北各海口尤为紧要。原设台湾道一员远驻台南，深虑难以兼顾；且巡抚常川驻扎，一切钱榖、刑名事宜，必须分员管理，各事责成。应否于台湾道之外添设台北道一员？着杨昌浚、刘铭传悉心会商，妥议具奏』。
谕：『前据刘铭传奏参台湾道刘璈贪污狡诈、劣迹多端，当将该员革职拏问，并将任所、原籍资产一并查抄，特派锡珍、卫荣光驰往查办。兹据查明覆奏：此案刘璈被参盐务、矿务营私舞弊各节，经锡珍等传集人证、详核卷宗，虽多办理不善，尚无侵吞亏短、通同作币情事。惟于所部各营空额，经已革提督高登玉缴入道署银一万一千六百余两，又将夫价银两扣存账房四千五百余两，据供留作赏需，并无详报案据；又于其子刘济南招募船价，浮报银一万两零。该革道以监司大员总理营务，辄敢虚支巨款、任意浮销，律以监守自盗，罪无可辞。已革台湾道刘璈着照所拟斩、监候，即由该督、抚派员解交刑部监禁；其应缴之款，除抄产备抵外，余着勒限追完，照例办理。至折内所奏薛树华供称送给洋银一万两，张新是否转给刘璈？伊不知晓；及王青云等所供洋药厘金每年交给道署规费银二万七千另九十两，按年辗转拨还拨给等语，声叙殊未明晰。岂得以事无左证，免置勿论！着刑部于全案供招解到时，再将以上两款详细查明具奏。已革提督高