台湾原有之兵则至十余万矣；不独各省征发、远近驿骚，且行走配渡需时，目下尚不能全数到彼。幸而朕洞烛几先，即令福康安、海兰察带同巴图鲁侍卫等前往；于恒瑞奏到时，又以其言不可信，谕令福康安坚持定见，速由鹿仔港前进。今得克期蒇功，设非朕令福康安、海兰察前往，即准其添调十余万大兵交常青、恒瑞二人统率，则伊等在彼守候、日事因循，仍前零星调拨，不特嘉义县城早为所陷，即郡城亦不可守，尚复成何事体！昨询据委解逆犯来京之都司张尔魁称：「贼匪攻围嘉义县城，势巳危急；若福康安迟到三日，县城必不能守」。是该处城池得以无恙者，皆赖朕洞炳几先，命福康安速往之效。前因柴大纪驻守嘉义将及半载，并据奏忍饥待援、不忍出城，朕嘉其忠义，逾格加恩，封以伯爵并赏银一万两。倘非福康安早到，嘉义县城已失，柴大纪为贼所害，既可以借口没于王事，罪状或不至于败露；岂不使贪纵营私、激成事端之人，非惟幸逃重戾，转得叨冒厚恩！兹幸福康安星往救应，嘉义县城得以无虞；而柴大纪之捏词守城、贪黩各劣迹，不旋踵而破露。可见朕恩不能滥受；骫法昧良之人亦必不为天理所容，终致败露。而恒瑞从前之妄请多兵，几至惑众误事者，不可不治其罪矣，福康安于袒护恒瑞一节，固有应得之咎；若非成此大功，亦岂能将伊宽恕。兹因其功大过小，是以录其功而宥其过。福康安嗣后惟当倍加儆省，益矢公慎，勉副朕教诲成全至意。至福康安此次前往督办剿捕事宜，遵照节次指示，调度有方、用心周密，真能不负任使，朕心深为嘉许！海兰察屡次督兵进剿，甚为奋勇可嘉；又将庄大田家属及逆犯庄大韭、林勇全数擒获，而筹办一切事宜均能井井有条。福康安、海兰察前已晋封公爵，赏给宝石顶、四团龙褂、四开禊袍，着再各赏用紫缰。但福康安系将军，发纵指使皆其调度；福康安着加赏金黄腰带，并赏给福康安、海关察金黄辫珊瑚朝珠各一盘，用示优异。和珅承旨书谕，于一切清、汉事件始终巨细无遗，勤劳懋着，前已晋封伯爵；着一体赏用紫缰，以昭嘉励』。
谕军机大臣等：『前据琅玕奏：「查抄柴大纪家产，询据该犯家属供出柴大纪在台湾任内，前后所得出息共有五、六万金」。若仅止如郑名邦所供得受两外委赃贿不过番银二百余圆，为数无几，焉能如此之多。此外卖官鬻爵，婪得多赃，必更有大于此者；不可不彻底根究。见在应行提讯人证内，微末员弁即行照例咨革外，如续有查出骫法营私之文武各员，即一面解任严讯、一面具折参奏，毋任稍有隐饰。此案并着徐嗣曾会同审办；徐嗣曾系本省巡怃，又与柴大纪系属同乡，柴大纪种种贪劣款迹，更无难查访得实也。至台湾额兵，节据该提、镇等严缉详查；昨又有旨谕李侍尧、徐嗣曾各在内外逐一严查办理，为时已久，何以尚未查有头绪？如查各该兵丁等遗失后有从贼情节、今见贼匪平定始行逃回者，一经拏获，应遵照前旨立行正法；其子弟，亦不准挑兵食粮：以示惩儆。或竟系该处营制废弛，柴大纪营私舞弊作为虚粮冒饷、辄以伤亡遗失为辞，希图掩饰；尤不可不切实根究，入案办理，以彰其罪。至台湾营制尚须酌量添增改设，前已有旨令将一半换防，一半酌募本地义民、社番充补；既可以鼓励义勇，而内地兵丁仍有一半在彼防戍、分班轮换，其家属皆在内地，又可以互相牵制，于事似属两有裨益，自应仍遵前旨办理。惟是内地兵丁渡洋防守，若无恒产，恐所得钱粮不敷资用，仍不免借端扰累、营私贸易等事。或将入官叛产酌量拨给，作为帮贴，遇换班时仍着前后交代，收取余息，以资贴补当差，似为妥协；并着福康安等一并详悉妥议。再，逆匪伙党陈泮、吴钦二犯俱系有名头目，前已有旨令福康安等严密查拏；是否业经拏获？又，见据林劝等供出林爽文之族长林石亦尚无下落，并着福康安严拏务获。至福康安奏，庄大田之次子庄天畏虽讯据获犯供称已被生番杀死，但所言恐不足凭信；仍应一体严拏，毋任漏网。又据福康安奏，查勘凤山县城地势低洼，既不足以资控制，自应察看形势，酌量移建。此外如嘉义、彰化、淡水等处旧设竹城，是否亦应酌量迁移或另应添建砖石城垣之处？俱应乘此番整顿之时逐加履勘，筹划万全；着福康安会同徐嗣曾悉心妥办。其余一切善后事宜，头绪纷繁；均须福康安在台湾一手经理。福康安总须逐一办理完竣，再行起程；即在彼多驻数月，亦属无妨：总期于事有益、一劳永逸，方为不负任使也』。
夏四月丁未（十五日），谕：『台湾逆匪滋事，其始不过无藉匪徒邀集伙党、倡立会名，尚无聚众谋逆之事。前年闽省办理杨光勋械斗夺犯一案，该省文武各员如果将该犯等倡会起衅缘由彻底究办并将案内党伙悉数查拏，则会匪根株早已净绝，何至任其日久复相煽聚！乃当日承办各员惟思将就完结，并未将逃逸匪犯实力缉拏，而于该犯等设立「添弟会」名目，朕彼时即意其为将「天地」二字改为「添弟」，存「化大为小」之见；今查出果然是其姑息养奸，以致匪犯等潜滋萌孽、复起事端，剿扑经年，方克蒇事。该处地方文武养廱贻患，其罪实无可辞；节经谕令福康安等确查逆匪滋事根由，据实具奏。