在守城，未能遽行参办，亦应将其在任款迹密折奏闻；俾朕得早知情伪，则当其防守嘉义时，朕即怜共出力，亦不至破格加恩，屡膺懋赏。今柴大纪既迭荷殊恩，其贪劣款迹始节次败露；是台湾逆匪滋事，竟由柴大纪平日贪纵、废弛营务牟利，酿成如此重案。朕此次宵旰焦劳筹办军务，经年尚未蒇事；而各省派调官兵、接济粮饷所费不赀，且地方百姓受贼戕害扰累者更不可胜计。设非朕留心询访，节次降旨令将柴大纪款迹查参，李侍尧必至始终缄默不言；是此等贪污酿变之人不但幸免重戾，且冒受渥恩。李侍尧瞻徇容隐之罪，尚复何辞！又，柴大纪经杨廷理诮让，始带兵出城。李侍尧既知柴大纪有如此恇怯畏贼情事，何难即向永福、杨廷理确切札询并将其在任各款一一访查得实；而折内尚称其「在盐埕桥打仗及克复诸罗县城最为出力，前此所闻又似难以尽信」，为之含混枝梧，以掩饰其从前不及早参奏之非，岂能逃朕洞鉴乎！又据称：「柴大纪固守待援，不肯舍士民而出，实心服其为人」等语。前据福康安札知军机大臣，以柴大纪守御县城并非伊之力量，城中粮食并非断绝；其不肯出城一节，亦系义民等不肯将伊放出、伊亦畏贼不敢出城等语。是此次李侍尧所奏又有讹淆，更不得藉称柴大纪有守城微劳，竟置之不办也。着福康安即传永福、杨廷理二人面加询问，逐一根究；并着将柴大纪贪劣各款据实严参，候朕另降谕旨』。
戊子（二十五日），谕军机大臣等：『前因福康安于攻克大里杙贼巢后，不即带兵搜捕逆首，致林爽文日久未获；又于覆奏恒瑞一事瞻徇亲戚，曲为袒护：节经降旨严饬，并谕令福康安于剿捕事竣后务将台湾一切善后事宜全行办竣，即在台湾多住一、二年亦所应得。原因福康安于搜捕逆首既失之迟缓，又复有心袒护恒瑞，是以令其久住台湾示罚。今据李侍尧奏，林爽文已被拏获；是福康安办理此事虽少稽时日，但逆首林爽文业已就获，大功即日完竣，福康安筹办一切尚为妥协！着于南路贼匪扫除净尽、拏获庄大田后，即将台湾逆匪滋事根由酿成此案之文武官员并官兵散失数目，一一详细严行查办；并将善后各事宜，悉心筹划办理。如内外山地界，从前设立土牛，未为周密；应重加勘定，务令界限分期，勿使日久偷越，以致滋生事端。又如改建城垣、添设官兵等事，从前该处旧有城垣俱系用莿竹等项编插，原以莿竹等物虽不若砖石工程坚固，足资防守；但失之易，复之亦易。即如康熙年间有奸民朱一贵滋事，台湾全部被陷，七月之内即经收复；亦因该处旧无砖石城垣，贼人难以据守，故能克日奏功。雍正年间吴复生滋乱时，曾奉有「无须建砖石城垣」谕旨，亦即易失、易复之意。此次逆匪林爽文等起事之初，虽因各县旧无城垣，得以猝为占据；但见在福康安等统兵剿捕，贼人望风奔溃，功克贼巢势如破竹，未始不因该处无城垣之固，故贼人难以守御。目今剿捕事务不日完竣，但台湾远隔重洋，又系五方杂处、游民聚集之地，难保其百年无事；自应深思远虑，计出万全。着福康安将改建城垣一事，详悉筹酌。朕意台湾郡城为根本之地，自应改建砖石城垣，与该处安平镇向有城垣互相联络，以资捍御。至嘉义一县，朕因该处民人随同官兵竭力守城，锡以新名，用示嘉奖；该处城垣，亦应一律或砖、或石改建，务令坚固。此外如彰化、凤山等县及现在应行添设官弁驻扎处所，不妨仍用莿桐、竹木等类栽插。惟闻各该处旧有城围，多系依傍山麓，未能据扼形势。见在虽令德成前往勘办，但德成仅谙工程作法，相度形势非其所能；着福康安务须详细履勘，或移建高阜、或因旧基跨山围筑。即旧城难以移动，亦须择附近山顶形胜之处设立砖石卡座，添设弁兵以资控制。总期占据要地，勿令有失形势，使四外得以俯瞰城中，方为妥善。福康安将应办诸要务立定章程，即可交徐嗣曾等在彼接办；福康安约于朕万寿前赶至热河瞻觐，亦不为迟。至海兰察带领巴图鲁侍卫章京等及应撤各兵，一俟剿贼完竣，即可令其陆续先回，勿须守候也』。
癸巳（三十日），谕：『贼匪起事之初，柴大纪于巡察彰化时若一闻信息即亲自带兵剿捕，无难实时扑灭。乃托称派兵，回至郡城；及闻彰化失陷，柴大纪仍观望迟回，并不速往援救。直到数日后，始带兵起程，复于离城三里地方即行驻扎；致贼匪得以展转蔓延，日肆鸱张。是柴大纪不但平日贪纵营私、废弛营伍，而且怯懦迁延，酿成巨案。见经朕面询押解台湾逆匪到京之侍卫额勒登保，据称：「逆匪攻扰嘉义时，俱系义民等出力守御，并非柴大纪之功；其不肯带兵出城一节，亦系义民等不肯将伊放出，柴大纪亦畏贼不敢出城」等语。额勒登保系在台湾带兵之员，所言更属确实；则柴大纪前奏「不忍将数万生灵尽委贼手，仍忍饥固守待援」之语，竟属捏词巧诈、全不足信，守城亦非其功。柴大纪既贪纵酿变于前，又复巧诈欺罔于后；种种劣迹，难以枚举。此而不加以惩治，又何以肃军纪而整官方！朕办理庶务从不豫存适莫之见，而信赏必罚乃用人行政大柄；况见值用兵之际，赏功罚罪，尤贵严明。如柴大纪前奏不肯带兵出城一节，朕以其勤苦出力，甚有良心；览其奏折之言，自