既受在野川革命党之威胁，又受其他军队之逼迫，能听指挥者，只刘积之、胡寅安两师耳。其中皆陈之妙用，胡急欲离川，故袁世凯电商以代，即来电欢迎。陈乃整军入川，以冯玉祥一混成旅、伍祥祯一混成旅，为卫队先锋，事先派人赴滇，许以特殊利益，浩荡入峡。为成武将军，景伊率部下文武来京，不费吹灰之力。
当陛见袁世凯出京时，伏地九叩首，且膝行而前，嗅袁之足曰："大总统如不明岁登极，正位中国，陈此去，死都不回。请袁训示，乃敢兴。"袁曰："一切照汝策画，决正帝位。"乃起立听训。曹汝霖润田在坐，曾告予曰："此种嗅脚仪式，欧洲中世纪有对罗马教皇行之者，陈在大廷广众中竟能出此，官僚所不为也。"章太炎时在京，一日见予辈曰："陈将不能与袁共始终乎？无论如何谄佞之人，事出常情，大事既去，必生反噬。陈恐远离都门，为世凯北洋旧人所倾轧，藉此深固袁之宠信，实有戒心矣，能始终忠于袁世凯乎？"
洪宪建元，西南举兵，袁世凯乃命曹锟为虎威将军，统北洋军队入川。以张敬尧为前锋，所战皆败。陈以成武将军逼处成都，不能指挥北洋军队，北洋派又有歧视陈之态。其直辖军队，伍祥祯一混成旅，柔懦不能用；冯玉祥一混成旅，索械索饷，不受调遣，反移兵成都市外非冲要之地。川军如刘存厚等军队，又不能倚靠。陈见大事已去，乃西与滇方通款，藉恢复袁世凯大总统地位为词；内约川中革命党，许离蜀时，以所有军械与川人。故章太炎曰："川人不恨陈，以其临行时，知散军械于川党人军队也。"后乃宣布独立，促袁速死。
民国恢复，陈率部出川，冯玉祥先领军由他道去，陈无护卫，反赖川革命党军队照料放行。帝制罪魁并无陈姓名者，有滇方蔡锷为之电黎："陈早与滇军结合，此次取消帝制，不但无罪，而且有功。"黎以鄂同乡之故，府内又有夏寿康、饶汉祥诸人支持，虽段祺瑞在院方严厉提出陈为帝制罪魁，而府方终不同意。遂酿成民六府院不和，致有张勋复辟之变。陈真民国之不祥人物也。
民国五年四月二十二日，陈宣布独立，其通电略云："于江日径电项城，恳其退位，为第一次之忠告，原冀其鉴此忱悃，回易视瞻，当机立断，解此纠纷。复于文日为第二次之忠告，谓退位为一事，善后为一事，二者不可并为一谈，请即日宣告退位，示天下以大信。嗣得复电，则谓已交由冯华甫在南京会议时提议。是项城所谓退位云者，决非出于诚意，或为左右群小所挟持。为川民请命，项城虚与委蛇，是项城先自绝于川。不能不代表川人，与项城告绝。自今日始，四川省与袁氏个人，断绝关系；袁氏在任一日，其以政府名义处分川事者，川省皆视为无效。"
据《梁燕孙年谱》云："电达府院后，燕孙奉召入府，袁以独立电示燕孙曰：'二厚爱我若此，夫复何言。君为我电复，决志退位如何？'燕孙不答。袁乃亲自动笔，草一电文，迳由府中发出。电文曰：'昨见松坡致黎、徐、段电，请劝我退位，公义私情，佩感交集，但尚未悉我心。我厌问世，几不愿一朝居，再商诸重要诸公，担任善后，佥以兹事体大，且难轻放，内忧外患，相逼而来，即有亡国之祸。我年近六十，艰难万状，尚有贪念，愚不至此。我志已决，退位不成问题。所当研究，惟在善后；政府诸公，讨论多日，仍无结果。如不愿善后，撒手即去，危亡立见，实不能忍心至此，且亦无术足以自拔。目下缺点，在速筹善后之策，但有二三分抵担，不致危亡分裂，退位一议，即可解决。务望切商政府，速定办法，期早定局，希即速筹，共同妥商如何。祈严守秘密，电未尽言。'"
民国六年，郑韶觉语予曰："段祺瑞初与梁燕孙约，我一文一武，万不可赞成帝制，误袁氏。"后因五路参案，交通系人大惧，乃发电列名，均代梁为之。阮忠枢固右陈者，因说梁，力荐于袁世凯，在京愿为谋财政，陈亦屈意奉梁，川京文电，均经梁呈，燕孙惑之，不知由阮斗瞻授策也。陈独立电至，袁方食馒头，每馒切为四，梁至，已食其三，乃问梁，陈究如何，梁以不至如此对，袁乃尽食之。与梁同阅来电，梁瞠目，袁拂袖而起，遂起病。
韶觉又语予曰："阮斗瞻与梁不洽，梁好竹战，阮则不离袁左右。袁常呼梁不至，阮以赌对，乃禁赌，为梁也。一日，袁拨款十万与陈，问梁曰：'陈靠得住否？'梁以百口保之。后陈独立电至，梁方酣赌，犹未知也。阮乃请袁问燕孙。寻燕孙至，袁先令同进膳，又问：'陈靠得住否？'梁曰：'靠得住。'则出示陈电，梁呆若木鸡，袁乃出一纸曰：'已有复电稿在此矣。'一怒而入，遂病。"韶觉，交通系要人也，与梁最亲，其言当可信。
据《国会议事录》云："民国五年，国会恢复，参、众两院联合开会，内阁总理段祺瑞出席，鄂参众议员多人起立质问曰：'帝制取消，民国恢复，袁世凯已死，时过数月，帝制罪魁，尚未提出惩办。段总理为保障民国、反对帝制主脑，何以延不惩处