神厨、道院皆在宫之西南。西宫：正南门曰燕昌门，其北曰大明殿门，门内曰大明殿，以奉神宗皇帝，山殿曰灵德。其後曰坤元殿，以奉钦圣宪肃皇后、钦成皇后、钦慈皇后，山殿曰显光。其西曰世德门，其北曰重光殿门，门内曰重光殿，以奉哲宗皇帝，山殿曰灵台。其後曰柔仪殿，以奉昭怀皇后，山殿曰灵矣。斋宫，在宫之东偏正南曰昭德门，门内曰洁诚殿。神厨，正宫之东南。殿、阁、斋宫及廊庑，共为屋二千三百二十区。凡累朝文臣执政官、武臣节度使以上，并图形於两庑。
元丰时，修定仪注所言：“先王之制，设庙於前，以象生之有朝；设寝於後，以象生之有寝。庙以藏木主，列昭穆之序；寝有衣冠几杖，象平生之居。先儒谓荐其血毛，腥其俎，为荐上古之食；退而合享，体其犬豕牛羊，为荐今世之食。《仪礼》曰‘燕养馈羞，汤沐之馔如他日’者。郑氏云‘孝子不忍一日废其事亲之礼’故也。後世因之，故方其荐上古之食於庙，则时王之制有所不行；荐今世之馔於寝，则先王之礼有所不用。有唐追尊老氏，立太清宫於西都，凡将郊祀必先朝焉，岁四孟月亦先荐焉。天宝诏曰：‘我祖澹然常在，为道之宗既殊，有尽之期须依事生之礼以祭。’用质明乃尚阴之义，故改以卯。初，冕服策祝非事生之谓，故停而不用。章圣皇帝席厚德之流光，推源之自出，乃崇琳馆以事圣祖，虽采太清之仪，实兼原庙之制。圣圣纂承，益昭前烈。然而如在之容或寓於浮图之祠，朝拜之日尚因於道家之礼。至於仪物，杂以古今，义或未称，时亦有待。陛下纯孝自天，至诚继志，肆宏屋宇，裒合仙圣，规模恢廓，咸出睿画，旬岁之间，其功大就。将期落成之始，聿严亲飨之事。爰敕有司议其典式，伏按原庙虽出於近世，馀意乃祖乎先王。夫孝子之於亲，事亡如事其生，思之欲见其人，斋三日必见其所为斋者。不敢以生事之，故有庙焉，示不忘古，所以神之也。不敢以亡事之，故有寝焉，以象其平生，所以亲之也。多方以求之，而其飨如在左右，故曰唯孝子为能飨亲。陛下比诏礼官讲明太庙之礼断之以古，其非先王之法者去而弗用，则今日设原庙之礼宜酌今制，犹前日之诏意也。《周官》四时之祭，春曰祠，夏曰礻龠，秋曰尝，冬曰，皆於首时，盖君子感时物之变而思其亲，得疏数之中者也。伏请以四孟月吉朝献景灵宫，天子常服行事，荐圣祖殿以素馔，神御殿以膳羞，器服仪物悉从今制，登降荐献参酌朝谒之仪，凡古之事一切不违，以合先王事亡如存之义。缘《飨仪注》，乞下本所详定。”从之。
时祖宗帝后神御皆寓於宫观寺院，在京师者十有五。神宗作景灵宫，而在京寺观神御悉迎奉入内，所存者惟万寿观延圣、广爱、宁华三殿焉。後又诏宗室宫院有祖宗御容，遣内侍奉迎藏於天章阁。自是臣庶之家，凡有御容悉取藏禁中。
治平四年（神宗己即位），英宗皇帝将庙，太常礼院请以神主於太庙第八室，僖祖皇帝、文懿皇后神主依唐故事祧藏於西夹室，自仁宗而上顺祖，以次升迁，请下两制以上参议。翰林学士承旨张方平等议：“同堂八室，庙制以定，僖祖当祧，合於典礼。”九月，奉安八室帝后神主，奏告太庙，祧藏僖祖皇帝、文懿皇后神主於西夹室，英宗於太庙，罢僖祖讳及文懿皇后忌日。
熙宁五年，中书门下言：“本朝自僖祖以上世次不可得而知，则僖祖有庙，与商周稷契疑无以异。今毁其庙而藏主於夹室，替祖考之尊而下祧於子孙，殆非所以顺祖宗孝心、事亡如存之义。请以所奏付之两制详议，而择取其当者。”时王安石为相，不主祧迁之议，故复有此请。乃复奉僖祖於太庙，迁顺祖神主藏於夹室。
翰林学士元绛、知制诰王益柔陈绎曾布、直舍入院许将张琥上议曰：“自古受命之王，既以功德飨有天下，皆推其本统以尊事其祖。故商、周以契、稷为始祖者，皆以承其本统，而非以有功与封国为重轻也。诸儒以契、稷有功於唐、虞之际，故谓之祖有功，若必以有功而为祖，则夏后氏不郊鲧矣。今太祖受命之初，立亲庙，自僖祖以上世次既不可得而知，则僖祖之为始祖无疑矣。倘谓僖祖不当比契、稷为始祖，是使天下之人不复知尊祖，而子孙得以有功加其祖考也。《传》曰：‘毁庙之主，陈於太祖；未毁庙之主，皆升，合食於太祖。’今迁僖祖之主而藏於太祖之室，则是僖祖、顺祖、翼祖、宣祖祭之日，皆降而合食也。情文不顺，无甚於此。请以僖祖之庙为太祖，则合於先王之礼意。”翰林学士韩维议曰：“昔先王既有天下，迹其基业之所由起，奉以为太祖，所以推功美重本始也。故子夏序《诗》，称文、武之功起於后稷。後世有天下者皆，特起无所因，故遂为一代太祖。太祖皇帝孝友仁圣，睿知神武，兵不血刃，坐清大乱，子孙遵业，万世蒙泽，功德卓然，为宋太祖，无可议者。僖祖虽於太祖为高祖，然仰迹功业，未见其有所因，上寻世系，又不知其所以始，若以所事契，稷奉之，窃恐於古无考，而於今亦有所未安。今之庙室与古殊制，古者每庙异宫，今祖宗同处一堂，而西夹室在顺祖之右，考之尊卑之次，似亦无嫌。”
天章阁待制孙固请