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宗人府 中军都督府
左军都督府 右军都督府
前军都督府 后军都督府
吏部 户部
礼部 兵部
刑部 工部
都察院 通政使司
大理寺 翰林院
詹事府 太僕寺
尚宝司 鸿臚寺
六科 中书舍人
行人司 钦天监
太医院 【嘉靖四十二年、併本司】
中兵马司 东城兵马司
西城兵马司 南城兵马司
北城兵马司 京卫武学
文思院 皮作局 【以上二衙门嘉靖四十年、归本司】
留守右卫
长陵卫
献陵卫
景陵卫
献陵卫仓
景陵卫仓 神枢营
随侍营 延绥镇
寧夏镇 甘肃镇
固原镇
旧有奋武营。嘉靖二十九年、併五军营内。三千营、改神枢营。旧管直隶定边卫、归福建司。南京横海卫、留守右卫、寧国府、滁州、徐州、滁州卫、徐州卫、宣州卫、徐州左卫。万历三年、归四川司。陕西灵州、盐课司、并西和漳县、归山东司
四川清吏司
分管
四川布政司 四川都司
四川行都司
带管两京衙门、并各仓、及直隶府州卫所
彭城卫 武德卫
腾驤左卫 腾驤右卫
府军后卫 武功左卫
武功右卫 武功中卫
神策卫 忠义后卫
金吾右卫 忠义后卫仓
府军后卫仓 金吾右卫仓
彭城卫仓 彭城卫南新仓
应天卫 天策卫
神策卫 武德卫
府军后卫 金吾右卫
龙驤卫 龙虎卫
应天卫 羽林右卫
留守左卫 水军左卫
龙虎左卫 豹韜卫
豹韜左卫 和阳卫
飞熊卫 英武卫
广武卫
孝陵卫 旗手卫
济川卫 金吾左卫
金吾前卫 金吾后卫
江淮卫 府军卫
府军左卫 府军右卫
虎賁左卫 横海卫
留守右卫 留守前卫
瀋阳左卫 瀋阳右卫
锦衣卫 龙江左卫
兴武卫 镇南卫
江阴卫 广洋卫
羽林左卫 鹰扬卫
留守中卫 水军右卫
龙江右卫 虎賁右卫
驍骑右卫 【自天策卫以下、俱万历三年、归本司】
安庆府 苏州府
松江府 常州府
镇江府 徽州府
寧国府 池州府 【旧止有此府】
太平府 庐州府
凤阳府 淮安府
扬州府 广德州
徐州 和州
滁州 苏州卫
镇海卫 太仓卫
金山卫 安庆卫
新安卫 建阳卫
宣州卫 庐州卫
六安卫 宿州卫
高邮卫 沂州卫
徐州卫 徐州左卫
寿州卫 睢阳卫
归德卫 潁川卫
邳州卫 仪真卫
泗州卫 留守左卫
留守中卫 凤阳卫
凤阳右卫 凤阳中卫
中都留守司 滁州卫
淮安卫 大河卫
扬州卫 长淮卫
怀远卫 镇江卫
皇陵卫 神武中卫
汝寧千户所 洪塘千户所
松江千户所 兴化千户所
崇明沙守御千户所
嘉兴千户所 【自安庆府以下、俱万历三年、归本司】
旧有耀武营。嘉靖二十九年、併五军营内。张家湾批验所、万历三年、革。旧管顺德府、万历三年、归福建司。河间长芦盐运司、归山东司。在京(□旱)石桥仓、(□旱)石桥南仓、归广西司
广东清吏司
分管
广东布政司 广东都司
带管在京各卫所、各仓
神武左卫 义勇前卫
羽林左卫 留守中卫
蕃牧千户所 奠清千户所
神武左卫仓 义勇前卫仓
义勇后卫仓 羽林左卫仓
旧有显武营、五军千二营。嘉靖二十九年、併五军营内。神机营左掖、併神机营。旧管保定府、大名府、延庆卫、茂山卫、居庸关、紫荆关。万历三年、归福建司。南京广洋卫、羽林左卫、鹰扬卫、留守中卫、镇江府、太平府、和州、建阳卫、镇江卫、归四川司。坝上仓、黄土仓、郑家庄马房仓、归广西司。广东盐课、提举司、归山东司
广西清吏司
分管
广西布政司 广西都司
带管在京衙门、及各仓场
光禄寺 太常寺
牺牲所 司牲司
太仓银库 内府十库
宽河卫 蔚州左卫
留守前卫