虞衡清吏司郎中一员
主事二员 【万历九年、革一员、十一年復设】
都水清吏司郎中一员 【旧有员外郎一员、嘉靖三十七年革】
主事二员 【内一员、管新江口船隻】
屯田清吏司郎中一员
主事二员 【内一员、嘉靖二年添设】
所属衙门
营缮所
所正一员 所副一员
所丞一员
龙江提举司
提举一员
文司院 【旧有大使一员、嘉靖三十七年革】
宝源局
大使一员
军器局
大使一员 【旧有副使一员、后革】
织染所
大使一员
龙江抽分竹木局
大使一员
瓦屑坝抽分竹木局
大使一员
清江提举司
提举一员
南京都察院
右都御史一员 右副都御史一员
右僉都御史一员 【提督操江、兼管?江、或副都、或僉都、不并设】
司务一员
经歷司 【旧有都事一员、隆庆四年革】
经歷一员
照磨所
照磨一员
浙江等十三道
监察御史三十员 【旧每道各三员、后定浙江、江西、河南、山东、山西、陕西、四川、云南、贵州等九道、各二员。福建、湖广、广东、广西等四道、各三员。近年不全设、常以一员兼管数道】
司狱司
司狱一员 【旧二员、嘉靖三十七年、革一员】
南京通政使司
右通政一员
右参议一员 【隆庆四年革、万历十一年復设】
经歷司
经歷一员
南京大理寺
卿一员 右寺丞一员 【万历三年革、十一年復设】
司务一员
左右寺正各一员
左评事二员 【旧三员、隆庆三年、革一员、万历九年革一员、十一年復设一员】
右评事二员 【旧三员、隆庆三年革一员、万历九年革一员、十一年復设一员】
南京詹事府 【堂上官今不设】
主簿一员
南京太常寺
卿一员
少卿一员 【万历九年革、十一年復设】
典簿一员 博士一员
协律郎二员
赞礼部六员 【旧七员、嘉靖三十七年、革二员、万历十一年、復设一员】
司乐二员
天地坛祠祭署
奉祀一员 【旧有祀丞一员、嘉靖三十七年革】
山川坛耤田祠祭署
奉祀一员 【万历九年革、十一年復设】
祖陵祠祭署
奉祀一员 【旧有祀丞一员、后革】
皇陵祠祭署
奉祀二员 祀丞二员
孝陵祠祭署
奉祀一员 祀丞一员
扬王坟祠祭署
奉祀一员 【旧有祀丞一员、后革】
徐王坟祠祭署
奉祀一员 祀丞一员
神乐观
提点一员 【旧有知观一员、嘉靖三十七年革】
南京光禄寺
卿一员 【旧有少卿一员、隆庆四年革】
典簿一员
大官署
署正一员 署丞一员
珍羞署
署正一员 【旧有署丞一员、万历五年革】
良酝署
署正一员 【旧有署丞一员、嘉靖三十七年革】
掌醢署
署正一员 【旧有署丞一员、嘉靖三十七年革】
南京太僕寺
卿一员
少卿一员 【旧二员、隆庆二年革一员】
寺丞一员 【旧二员、隆庆四年革一员】
主簿一员
应天府
府尹一员 府丞一员
治中一员
通判二员 【一员兼管巡捕、一员管马、万历九年、革管马通判、十一年復设】
推官一员
经歷一员 知事一员
照磨一员 检校一员
所属衙门
上元江寧二县 【其餘县分在外者、见户部州县项下】
知县各一员 县丞各一员
主簿各一员 【后添设上元县管马一员、嘉靖四十一年革】
典史各一员
儒学
教授一员
训导六员 【后添设】
阴阳学
正术一员
医学
正科一员
司狱司
司狱一员
广积库
副使一员
都税司
大使一员
龙江税课局 【旧有大使副使各一员、嘉靖三十七年革、併入龙江宣课司】
龙江宣课司
大使一员
聚宝门宣课司
大使一员
聚宝门宣课司朝阳门外分司
副使一员
江东宣课司
大使一员
太平门宣课司 【初為税课司、旧有大使一员、嘉靖三十七年革、併入朝阳门分司兼管】
龙江水马驛
驛丞一员
江东驛
驛丞一员
江寧驛 【属江寧县】
驛丞一员
大胜驛 【属江寧县】
驛丞一员
龙江递运所
大使一员
批验茶引所
大使一员
龙江里外河泊所
所官一员
江东巡检司
巡检一员
江淮巡检司
巡检一员
秣陵镇巡检司
巡检一员
淳化镇巡检司 【属上元县】
巡检一员
石灰山关
大使一员