用之导卫以注河乎？”之锡从其言，并置卫河主簿，著为令。
康熙元年，定运河修筑工限：三年内冲决，参处修筑官；过三年，参处防守官；不行防护，致有冲决，一并参处。四年秋，高邮大水，决运堤。五年，运河自仪徵至淮淤浅，知县何崇伦募民夫濬之。漕督林起龙言：“粮艘北行，处处阻闸阻浅，请饬河臣履勘安山、马踏诸湖，暨各櫃闸子堤斗门堤岸，及东平、汶上诸泉，有无堵塞，务期濬泉清湖，以通运道。”六年，决江都露筋庙。明年，塞之。十年，决高邮清水潭。明年，再决，十三年始塞。十四年，决江都邵伯镇。十五年夏，久雨，漕堤崩溃，高邮清水潭、陆漫沟，江都大潭湾，共决三百馀丈。
十六年，以靳辅为河督。时东南水患益深，漕道益浅。辅言：“河、运宜为一体。运道之阻塞，率由河道之变迁。向来议治河者，多尽力于漕艘经行之地，其他决口，以为无关运道而缓视之，以致河道日坏，运道因之日梗。是以原委相关之处，断不容歧视也。又运河自清口至清水潭，长约二百三十里，因黄内灌，河底淤高，居民日患沈溺，运艘每苦阻梗。请敕下各抚臣，将本年应运漕粮，务于明年三月内尽数过淮。俟粮艘过完，即封闭通济闸坝，督集人夫，将运河大为挑濬，面宽十一丈，底宽三丈，深丈二尺，日役夫三万四千七百有奇，三百日竣工。并堵塞清水潭、大潭湾决口六，及翟家坝至武家墩一带决口，需帑九十八万有奇。”又言：“向因河身淤垫，阻滞盘剥，艰苦万端。若清口一律浚深，则船可暢行，省费甚多。因令量输所省之费，作治河之用，请俟运河浚深，船艘通行，凡过往货物船，分别徵纳剥浅银数分，一年停止。”均允行。
十七年，筑江都漕堤，塞清水潭决口。清水潭逼近高邮湖，频年溃决，随筑随圮，决口宽至三百馀丈，大为漕艘患。前年尚书冀如锡勘估工费五十七万，夫柳仍派及民间，犹虑功不成。辅周视决口，就湖中离决口五六十丈为偃月形，抱两端筑之，成西堤一，长六百五丈，更挑绕西越河一，长八百四十丈，仅费帑九万。至次年工竣。上嘉之，名河曰永安，新河堤曰永安堤。是岁挑山、清、高、宝、江五州县运河，塞决口三十二。辅又请按里设兵，分驻运堤，自清口至邵伯镇南，每兵管两岸各九十丈，责以栽柳蓄草，密种菱荷蒲苇，为永远护岸之策。又言：“运河既议挑深，若不束淮入河济运，仍容黄流内灌，不久复淤。请于高堰堤工单薄处，帮修坦坡，为久远卫堤计。”均如所议行。
十八年，决山阳戚家桥，随塞。明初江南各漕，自瓜、仪至清江浦，由天妃闸入黄。后黄水内灌，潘季驯始移运口于新庄闸，纳清避黄，仍以天妃名。然口距黄、淮交会处仅二百丈，黄仍内灌，运河垫高，年年挑濬无已。兼以黄、淮会合，瀠洄激荡，重运出口，危险殊甚。至是，辅议移南运口于烂泥浅之上，自新庄闸西南挑河一，至太平坝，又自文华寺永济河头起挑河一，南经七里闸，转而西南，亦接太平坝，俱远烂泥浅。引河内两渠并行，互为月河，以舒急溜，而烂泥浅一河，分十之二佐运，仍挟十之八射黄，黄不内灌，并难抵运口。由是重运过淮，扬帆直上，如履坦途。是岁开滚水坝于江都鳅鱼骨，创建宿迁、桃源、清河、安东减坝六。
十九年，创建凤阳厂减坝一，砀山毛城铺、大谷山，宿迁拦马河、归仁堤，邳州东岸马家集减坝十一。康熙初，粮艘抵宿迁，由董口北达。后董口淤塞，遂取道骆马湖。湖浅水面阔，纤缆无所施，舟泥泞不得前，挑掘舁送，宿邑骚然。辅因创开皁河四十里，上接泇河，下达黄河，漕运便之。是岁霪两，淮、黄并涨，决兴化漕堤，水入高邮治，坏泗州城郭，特筑滚坝于高邮南八里，及宝应之子婴沟。
二十年七月，黄水大涨，皁河淤淀，不能通舟。众议欲仍由骆马湖，辅力持不可，亲督挑掘丈馀，黄落清出，仍刷成河。随闭皁河口拦黄坝，于迤东龙冈岔路口至张家庄挑新河三千馀丈，使出皁河，石磡之清水尽由新河行，至张家庄入黄河，是为张庄运口。是岁增筑高邮南北滚水坝八，对坝均开越河，以防舟行之险，凡旧堤险处，皆更以石。二十二年九月，黄河由龙冈漫入，新河又淤。随于石磡筑拦黄坝，复设法疏导，旬馀，新河仍暢行。二十三年，上南巡阅河，至清口，以运口水紧，令添建石闸于清河运口。
二十五年，辅以运道经黄河，风涛险恶，自骆马湖凿渠，历宿迁、桃源至清河仲家庄出口，名曰中河。粮船北上，出清口后，行黄河数里，即入中河，直达张庄运口，以避黄河百八十里之险。议者多谓辅此功不在明陈瑄凿清口下。而按察使于成龙、漕督慕天颜先后劾辅开中河累民，上斥其阻挠。二十七年，复遣尚书张玉书、图纳，左都御史马齐等往视，亦称中河安流，舟楫甚便。但逼近黄流，不便展宽，而里运河及骆马湖之水俱入此河，窄恐难容，应于萧家渡、杨家庄、新庄各建减坝，俾水大可宣泄；仲家闸口大直恐倒灌，应向东南斜挑以避黄流。诏俟临阅时定夺。是岁大雨，中河决，淹清河民田数千顷。
明年春，上南巡，阅视河工，至宿迁支河口，谓诸臣曰：“河道关系漕运民生，地形水势，随时