浦至海口，约长三百里，向日河面在清江浦石工之下，今则石工与地平矣。向日河身深二三四丈不等，今则深者不过八九尺，浅者仅二三尺矣。河淤运亦淤，今淮安城堞卑于河底矣。运淤，清江与烂泥浅尽淤，今洪泽湖底渐成平陆矣。河身既垫高若此，而黄流裹沙之水自西北来，昼夜不息，一至徐、邳、宿、桃，即缓弱散漫。臣目见河沙无日不积，河身无日不加高，若不大修治，不特洪泽湖渐成陆地，将南而运河，东而清江浦以下，淤沙日甚，行见三面壅遏，而河无去路，势必冲突内溃，河南、山东俱有沦胥沈溺之忧，彼时虽费千万金钱，亦难剋期补救。”因分列大修事宜八：曰取土筑堤，使河宽深；曰开清口及烂泥浅引河，使得引淮刷黄；曰加筑高家堰堤岸；曰周桥闸至翟家坝决口三十四，须次第堵塞；曰深挑清口至清水潭运道，增培东西两堤；曰淮扬田及商船货物，酌纳修河银；曰裁并河员以专责成；曰按里设兵，画堤分守。廷议以军务未竣，大修募夫多，宜暂停。疏再上，惟改运土用夫为车运，馀悉如所请。
于是各工并举。大挑清口、烂泥浅引河四，及清口至云梯关河道，创筑关外束水堤万八千馀丈，塞于家冈、武家墩大决口十六，又筑兰阳、中牟、仪封、商丘月堤及虞城周家堤。明年，创建王家营、张家庄减水坝二，筑周桥翟坝堤二十五里，加培高家堰长堤，山、清、安三县黄河两岸及湖堰，大小决口尽塞。优诏褒美。十八年，建南岸砀山毛城铺、北岸大谷山减水石坝各一，以杀上流水势。二十年，塞杨家庄，盖决五年矣。是岁增建高邮南北滚水坝八，徐州长樊大坝外月堤千六百八十九丈。
大修至是已三年，河未尽复故道，辅自劾。部议褫职，上命留任。二十一年，决宿迁徐家湾，随塞。又决萧家渡。先是河身仅一线，辅尽堵杨家庄，欲束水刷之，而引河浅窄，淤刷鼎沸，遇徐家湾堤卑则决，萧家渡土松则又决。会候补布政使崔维雅上河防刍议，条列二十四事，请尽变辅前法。上遣尚书伊桑阿、侍郎宋文运履勘，命维雅随往。维雅欲尽毁减水坝，别图挑筑。伊桑阿等言辅所建工程固多不坚，改筑亦未必成功。辅亦申辨“工将次第告竣，不宜有所更张”。并下廷议。因召辅至京，辅言“萧家口明正可塞，维雅议不可行”，上是之，命还工。二十二年春，萧家渡塞，河归故道。明年，上南巡阅河，赐诗褒美。
二十四年秋，辅以河南地在上游，河南有失，则江南河道淤淀不旋踵。乃筑考城、仪封堤七千九百八十九丈，封丘荆隆口大月堤三百三十丈，荥阳埽工三百十丈，又凿睢宁南岸龙虎山减水闸四。上念高邮诸州湖溢淹民田，命安徽按察使于成龙修治海口及下河，听辅节制。旋召辅、成龙至京集议。成龙力主开濬海口；辅言下河海口高内地五尺，应筑长堤高丈六尺，束水趋海。所见不合，下廷臣议，亦各持一说。上以讲官乔莱江北人，召问，莱言辅议非是。因遣尚书萨穆哈等勘议，还言开海口无益。会江宁巡抚汤斌入为尚书，询之，斌言海口开则积水可泄，惟高邮、兴化民虑毁庐墓为不便耳。乃黜萨穆哈，颁内帑二十万，命侍郎孙在丰董其役。时又有督修下河宜先塞减水坝之议，上不许。召辅入对，辅言南坝永塞，恐淮弱不敌黄强，宜于高家堰外增筑重堤，截水出清口不入下河，停丁溪等处工程。成龙时任直抚，示以辅疏，仍言下河宜濬，修重堤劳费无益。议不决。复遣尚书佛伦等勘议，佛伦主辅议。二十七年，御史郭琇劾辅治河无绩，内外臣工亦交章论之，乃停筑重堤，免辅官，以闽浙总督王新命代之，仍督修下河，镌在丰级，以学士凯音布代之。
明年，上南巡，阅高家堰，谓诸臣曰：“此堤颇坚固，然亦不可无减水坝以防水大冲决。但靳辅欲于旧堤外更筑重堤，实属无益。”并以辅于险工修挑水坝，令水势回缓，甚善。车驾还京，复其官。三十一年，新命罢，仍令辅为河督。辅以衰疾辞，命顺天府丞徐廷玺副之。辅请于黄河两岸值柳种草，多设涵洞，俱报可。是冬，辅卒，上闻，叹悼，予骑都尉世职。以于成龙为河督。
越二年，召询成龙曰：“减水坝果可塞否？”对曰：“不宜塞，仍照辅所修而行。”上曰：“如此，何不早陈？尔排陷他人则易，身任总河则难，非明验耶？”三十四年，成龙遭父忧，以漕督董安国代之。明年，大水，决张家庄，河会丹、沁偪荥泽，徙治高埠。又决安东童家营，水入射阳湖。是岁筑拦黄大坝，于云梯关挑引河千二百馀丈，于关外马家港导黄由南潮河东注入海。去路不暢，上游易溃，而河患日亟。三十六年，决时家马头。明年，仍以成龙为河督。三十八年春，上南巡，临视高家堰等堤，谓诸臣曰：“治河上策，惟以深浚河身为要。河底浚深，则洪泽湖水直达黄河，兴化、盐城等七州县无汎滥之患，田产自然涸出。若不治源，治流终无裨益。今黄、淮交会之口过于径直，应将河、淮之堤各迤东湾曲拓筑，使之斜行会流，则黄不致倒灌矣。”
明年，成龙卒，以两江总督张鹏翮为河督。是岁塞时家马头，从鹏翮先疏海口之请，尽拆云梯关外拦黄坝，赐名大清口；建宿迁北岸临黄外口石闸，徐州南岸杨家楼至段家庄月堤。四十一年，上谓永定河