西储夹室，当时疑其非礼，后世缘为故事。儒家谓古祧夹室，殆为肊辞。庙既与古不同，祧亦未容轻议。唯醇亲王所陈，为能导皇上以大让，酌庙制以从宜。”自此议遂定。
五年，穆宗暨孝哲后祔庙，位东序，西乡，次宣宗。七年，孝贞后升祔，次孝德。宣统元年，孝钦后升祔，次孝贞。是岁考议德宗祔庙事，礼臣言：“兄弟同昭穆，但主穆位空一室。”其馀议礼诸臣，重宗统者，以为异昭穆不便；重皇统者，复以为同昭穆不合。而大学士张之洞独主：“古有祧迁之礼，则兄弟昭穆宜同。今无祧迁之礼，则兄弟昭穆可异。”议乃定。其秋，诏曰：“我朝庙制，前殿自太祖以下七世皆南乡，宣宗以下三世分东西乡，与古所谓穆北乡、昭南乡不同。穆、德二庙，同为百世不祧，宜守硃子之说，以昭穆分左右，不以昭穆为尊卑。礼缘义起，毋因经说异同，过事拘执。德宗祔庙，中殿奉西又次楹又五室穆位，前殿位次西旁文宗坐西乡东穆位。体先朝兼祧之旨，慰列圣在天之灵，垂为定制。奉先殿位序亦如之。”
时飨太宗建国初，遇清明、除夕，躬谒太祖陵，即时飨所由始。崇德元年，建太庙成，凡四孟时飨，每月荐新，圣诞、忌辰、清明、中元、岁暮俱致祭。五月献樱桃，命荐太庙。凡新进果穀，皆先荐乃进御，著为令。顺治元年，定时飨制，孟春择上旬日，三孟用朔日，乐章六奏。二年，命祭太庙如奉先殿仪，读祝、致祭。遣官祭福陵、昭陵、四祖庙，止上香烛、供酒果，不读祝。七月朔，秋祭太庙、四祖庙，中元祭陵，并用牛、羊。寻定四祖庙祭例视京师，牲用生。又飨太庙用熟牛，罢晋胙。八年，定亲飨制，饮福、受胙如圜丘。奏乐备文、武佾舞。康熙十二年，从礼臣言，祭太庙，质明将事。二十四年春，亲飨毕，谕曰：“往见赞礼郎宣祝，至朕名，声不扬。礼称父前子名，子孙通名祖父，岂可慢易？嗣后垂为戒。”
雍正十一年，世宗以庙飨无上香，奠帛、爵无跪献，命大学士礼臣议增。寻议言：“大祀莫重郊坛，孝享莫大配天。宗庙典礼，宜视社稷。祭社稷日，皇帝亲诣上香，太庙自宜一例。至帛、爵俱不亲献，皇帝立拜位前，所以亚郊坛也。仍旧仪便。”报可。
又定太庙神牌如奉先殿制，供奉居中。请牌用太常官，献帛、爵用侍卫，寻改用宗室官。
高宗嗣位，定三年持服内，飨庙御礼服作乐如故，唯斋戒用素服，冠缀缨。乾隆二年，用礼臣言，祝版书列圣尊谥。香帛送燎时行中路，帝转立东旁，俟奉祝帛官出，复位，如祀郊坛式。寻定每日上香，守庙官行礼。朔望用太常官。嗣改宗室王公番行。十二年，谕太庙献帛、爵用宗室官，俾习礼仪、镕气质。敕宗人府王公监视，后复定后殿献帛、爵用觉罗官。
向例，飨庙，帝乘舆出宫，至太和门外改乘辇。入街门，至神路右，步入南门，诣戟门幄次。入升东阶，进前殿门，就拜位。礼成，出如初。凡入门皆左。三十七年，帝年渐高，略减仪节。入庙时，改自阙左门辇入西北门，至庙北门外，舆入。至戟门外东阶下。步入门，升阶进殿。行礼毕，出亦如之。
嘉庆四年，定时飨前殿座次。太祖、太宗、世祖皇考、妣皆南乡，圣祖皇考、妣东位西乡，世宗皇考、妣西位东乡，高宗皇考、妣东次西乡。以后帝、后位次仿此。八年孟春时飨，礼臣卜吉初六日，仁宗以前三日致斋。会逢高宗忌辰，服色未协，命改初八日。嗣是春飨皆择正月初八、九、十等日行之。
道光四年，谕庙飨谢福胙如祀社稷仪，王公百官随行三跪九拜礼。穆宗、德宗初立，时飨、祫祭遣亲王代，逮亲政始躬莅。宣统朝摄政王摄行。
祫祭历代禘、祫分祭，礼说缤纷，罔衷古训。清制有祫无禘。除夕飨庙，实始太宗，世祖本之，著为祭典。顺治十六年，左副都御史袁懋功请举祫祭，以彰孝治。乃定岁除前一日大祫，移后殿、中殿神主奉前殿。四祖、太祖南乡，太宗东位西乡。先一日遣官告后殿、中殿，致斋视牲。届日世祖亲诣，礼如时飨，自是岁以为常。寻定祫祭乐舞陈殿外。
康熙时，御史李时谦请行禘祭。礼臣张玉书上言：“考礼制言禘不一，有谓虞、夏禘黄帝，殷、周禘喾，皆配祭圜丘者；有谓祖所自出为感生帝，而祭之南郊者；有谓圜丘、方泽、宗庙为三禘者：先儒皆辩其非。而宗庙之禘，说尤不一。或谓禘止及毁庙，或谓长发诗为殷禘，雍诗为周禘，而亲庙、毁庙兼祭者。唯唐赵匡、陆淳以为禘异于祫，不兼群庙。王者立始祖庙，推祖所自出之帝，以始祖配之，故名禘。至三年一祫，五年一禘，说始汉儒，后人宗之。汉、唐、宋禘礼，并未考始祖所自出，止五岁中合群庙之祖，行祫禘于宗庙而已。大抵夏、商以前有禘祭，而厥制莫详。汉、唐以后有禘名，而与祫无别。周以后稷为始祖，以帝喾为所自出，而太庙中无喾位，故祫祭不及。至禘祭乃设喾位，以稷配焉。行于后代，不能尽合。故宋神宗罢禘礼。明洪武初或请举行，众议不果。嘉靖中，乃立虚位，祀皇初祖帝，以太祖配，事涉不经，礼亦旋罢。国家初定鼎，追上四祖尊称，立庙崇祀，自肇祖始。太祖功德隆盛，当为万世庙祖，而推所自出，则缔造大业