日兵连发枪毙华兵甚夥，乃进战於宫门外。王乘间避至后北关庙，华军侦知之，遂以王归於军，斩洪英植及其徒七人以殉，泳孝、光范、载弼奔日本。日使自焚使署，走济物浦，朝民仇日人益甚。长庆卫其官商妻孥出王京。
朝鲜具疏告变，帝命吴大澂为朝鲜办事大臣，续昌副之，赴朝鲜筹善后。日本亦派全权大臣井上馨至朝鲜，有兵舰六艘，并载陆军登济物浦，以五事要朝鲜：一，修书谢罪；二，恤日本被害人十二万圆；三，杀太尉林矶之凶手处以极刑；四，建日本新馆，朝鲜出二万元充费；五，日本增置王京戍兵，朝鲜任建兵房。朝鲜皆听命，成约。
十一年正月，日本遣其宫内大臣伊藤博文、农商务大臣西乡从道来天津，议朝鲜约。帝命李鸿章为全权大臣，副以吴大澂，与议。谕曰：“日本使臣到津，李鸿章熟悉中外交涉情形，必能妥筹因应。此次朝鲜乱党滋事，提督吴兆有等所办并无不合。前据徐承祖电称，日人欲我惩在朝武弁，断不能曲徇其请。其馀商议各节，务当斟酌机宜，与之辩论，随时请旨遵行。”三月，约成，鸿章奏言：“日使伊藤博文於二月十八日诣行馆会议，当邀同吴大澂、续昌与之接晤。其使臣要求三事：一，撤回华军；二，议处统将；三，偿恤难民。臣惟三事之中，惟撤兵一层，尚可酌允。我军隔海远役，本非久计，原拟俟朝乱略定，奏请撤回。而日兵驻扎汉城，名为护卫使馆，今乘其来请，正可乘机令彼撤兵。但日本久认朝鲜为自主之国，不欲中国干涉，其所注意不在暂时之撤防，而在永远之辍戍。若彼此永不派兵驻朝，无事时固可相安，万一朝人或有内乱，强邻或有侵夺，中国即不复能过问，此又不可不熟思审处者也。伊藤於二十七日自拟五条给臣阅看，第一条声明嗣后两国均不得在朝鲜国内派兵设营，其所注重实在於此。臣於其第二条内添註，若他国与朝鲜或有战争，或朝鲜有叛乱情事，不在前条之列。伊藤於叛乱一语，坚持不允，遂各不怿而散。旋奉三月初一日电旨：‘撤兵可允，求不派兵不可允。万不得已，或於第二条内添叙：“两国遇有朝鲜重大事变，可各派兵，互相知照。”至教练兵事一节，亦须言定两国均不派员为要。’臣复恪遵旨意，与伊藤再四磋商，始将前议五条改为三条。第一条，议定两国撤兵日期；第二条，中、日均勿派员在朝教练；第三条，朝鲜变乱重大事件，两国或一国要派兵，应先互行文知照，及其事定，仍即撤回，不再留防。字斟句酌，点易数四，乃始定议。夫朝廷睠念东籓，日人潜师袭朝，疾雷不及掩耳，故不惜糜饷劳师，越疆远戍。今既有互相知照之约，若将来日本用兵，我得随时为备。即西国侵夺朝鲜土地，我亦可会商派兵互相援助，此皆无碍中国字小之体，而有益於朝鲜大局者也。至议处统将、偿恤难民二节，一非情理，一无证据，本可置之不理。惟伊藤谓此二节不定办法，既无以复君命，更无以息众忿，亦系实情。然我军保护属籓，名正言顺，诚如圣谕谓‘提督所办并无不合，断不能曲徇其请’。因念驻朝庆军系臣部曲，姑由臣行文戒饬，以明出自己意，与国无干。譬如子弟与人争斗，其父兄出为调停，固是常情。至伊所呈各口供，谓有华兵杀掠日民情事，难保非彼藉词。但既经其国取有口供，正可就此追查。如查明实有某营某兵上街滋事，确有见证，定照军法严办，以示无私，绝无赔偿可议也。以上两节，即由臣照会伊藤，俾得转圜完案。遂於初四日申刻，彼此齐集公所，将订立专条逐细校对，公同画押盖印，各执一本为据。谨将约本封送军机处进呈御览，恭候批准。臣等禀承朝谟，反覆辩折，幸免陨越。以后彼此照约撤兵，永息争端，俾朝鲜整军经武，徐为自固之谋，并无伤中、日两国和好之谊，庶於全局有裨也。”由是中国戍朝鲜兵遂罢归。是年，吉林设通商局於和龙峪，设分卡於光霁峪、西步江，专司吉林与朝鲜通商事。又设越垦局，划图们江北沿岸长约七百里、宽约四十五里，为越垦专区。
当光绪己卯间，俄人以伊犁故，将失和，遣兵舰驶辽海，英人亦遣兵舰踞朝鲜之巨文岛，以尼俄人。既而伊犁约成，英人虑扰东方大局，冀中国始终保护朝鲜，屡为总署言之。十二年，出使英法德俄大臣刘瑞芬致书鸿章，言：“朝鲜毗连东三省，关系甚重。其国奸党久怀二心，饮鸩自甘，已成难治之症。中国能收其全土改行省，此上策也。其次则约同英、美、俄诸国共相保护，不准他人侵占寸土，朝鲜亦可幸存。”鸿章韪之。上之总署，不可，议遂寝。是年，释李昰应归国，熙奉表谢恩，贡方物，留抵正贡。
十三年，鸿章遵旨筹议朝鲜通使各国体制，奏言：“电饬驻扎朝鲜办理交涉通商事宜升用道补用知府袁世凯，转商伊国应派驻扎公使，不必用“全权”字样。旋於九月二十三日接据袁世凯电禀：准朝鲜外署照称：‘奉国王传教，前派各使久已束装，如候由咨文往返筹商，恐须时日，请先电达北洋大臣筹覆。’并据其国王咨称：‘近年泰西各国屡请派使修聘，诸国幅员权力十倍朝鲜，不可不派大公使。惟派使之初，未谙体制，未先商请中朝，派定后即饬外署知照各国，以备接待。兹忽改派，深恐见疑。仍请准派全权公使前往，待报