月启程入藏，取道德格，绕过江卡至察木多。藏番在恩达、类乌齐一带，拟聚兵堵截。十一月，川军抵类乌齐，藏番不战自退，川军遂由三十九族间道前进。十二月，抵拉里、江达。番兵闻川军且至，焚其积聚，劫杀汉兵扼守。川军进击，大破之。
达赖自光绪三十四年由西宁入觐，出京回藏，沿途逗留，又绕道德格等处，迁延不进，其冬，始回拉萨。二年正月，达赖闻川军将至，乘夜西奔，潜赴印度，川军遂转战入藏。朝廷得联豫奏报，降旨数达赖罪恶，革去名号，一面责成联豫、赵尔丰会筹防务，安辑军民；一面降旨另访呼毕勒罕，以噶勒丹池巴罗布藏丹巴代理商上事宜，其噶卜伦以下各藏官供职如故，藏中僧俗亦安堵无事。是年三月，联豫请于曲水、哈拉乌苏、江达、硕般多及三十九族各设委员一。三年二月，联豫奏裁驻藏帮办大臣，改设左右参赞，以罗长崟、钱锡宝为之。会波密事起，联豫遣锺颖攻之不克，旋遣罗长崟会赵尔丰军平之。其秋，川军变，逐联豫，推锺颖代之，达赖始乘机重回拉萨。以此次出奔深赖英人保护，态度一变，於是逐锺颖而独立，中、英之交涉益纷纭矣。
班禅第一辈凯珠巴格勒克，为宗喀巴二弟子。出世至第五辈罗布藏伊什，仍号班禅呼图克图。康熙三十四年，命御史锺申保等赉敕召来京，前藏第巴桑结以未出痘辞。五十二年，诏以班禅为人安静，精通经典，勤修贡职，封为班禅额尔德尼，颁发金印、金册。六辈罗布藏巴勒垫伊西，乾隆四十三年，请祝七旬万寿，许之。迎护筵宴诸礼，概从优异，如顺治九年达赖来觐例。四十五年八月，在热河祝嘏，至京居西黄寺。是年颁赐玉印玉册，以痘圆寂。命理籓院尚书博清额为驻藏办事大臣，护送舍利金龛回藏。
第七辈罗布藏巴勒垫丹贝宜玛，五十三年，以廓尔喀扰边，命移泰宁，俟平复归后藏。道光十五年，给金册。二十一年，以接济征森巴兵饷，加“宣化绥疆”封号。咸丰元年，赉七旬寿，如六旬所赐。次年，圆寂，年七十三。
第八辈罗布藏班垫格曲吉札克丹巴贝汪曲，年二十九。至第九辈罗布藏吐巴丹曲吉宜玛格勒克拉木结，光绪十八年正月，迎至扎什伦布坐床，赏其外祖父期差汪布本身辅国公。三十一年，英人入藏，诏班禅留后藏镇摄。十一月，班禅随英皇子游历印度，有泰劝阻，不从。十二月，由印回藏，谕以情词恭顺，原擅行出境之咎勿治，谆令恪供职守。张廕棠奏班禅受英唆使，屡与达赖牴牾，而全藏实权仍归达赖替身掌握。电告外务部，请以恩泽笼络班禅，并羁縻达赖，勿急旋藏。既而达赖将由西宁起程，班禅请自迎之，而实不行。达赖抵拉萨，班禅即请觐。谕训联豫等，班禅来京，於藏中情形是否相宜。其后达赖独立，班禅亦不克安於藏矣。
统计达赖所辖寺庙三千五百五十馀所，喇嘛三十万二千五百有奇，黑人十二万一千四百三十八户。班禅所辖寺庙三百二十七，喇嘛万三千七百有奇，黑人六千七百五十二户。西藏有爵五：辅国公三，一由贝子降袭，一由镇国公降袭，一定世袭；一等台吉扎萨克一；一等台吉一。而达赖、班禅之亲以恩封者不与。凡前后藏官，均由驻藏大臣分别会同达赖、班禅选补。前藏唐古特官，噶卜伦四人，三品，为总办藏务之官，其俗称之曰“四相”，议事之所曰噶厦。其次仔琫及商卓特巴各二人，皆四品。业尔仓巴二人，朗仔辖二人，协尔帮二人，硕第巴二人，皆五品。达琫二人，大中译二人，卓尼尔三人，皆六品。仔琫、商卓特巴为商上办事之官。凡喇嘛谓库藏出纳之所曰商上。业尔仓巴为管粮之官，朗仔辖为管街道之官，协尔帮为管刑名之官，硕第巴为管理布达拉一带番民之官，达琫为管马厂之官，大中译、卓尼尔等为噶厦办事之官。管兵者曰戴琫，六人，四品。如琫十二人，五品。甲琫二十四人，六品。定琫一百二十人，七品。多东科尔族任之。
其治理地方者曰营官。前藏大营十：曰乃东，曰琼结，曰贡噶尔，曰仑孜，曰桑昂曲宗，曰工布则冈，曰江孜，曰昔孜，曰协噶尔，曰纳仓，营官皆五品。后藏大营三：曰拉孜，曰练营，曰金龙，营官皆五品。前藏中营四十三：曰洛隆宗，曰角木宗，曰打孜，曰桑叶，曰巴浪，曰仁本，曰仁孜，曰朗岭，曰宗喀，曰撒噶，曰作冈，曰达尔宗，曰江达，曰古浪，曰沃卡，曰冷竹宗，曰曲水，曰突宗，曰僧宗，曰杂仁，曰茹拕，曰锁庄子，曰夺，曰结登，曰直谷，曰硕般多，曰拉里，曰朗，曰沃隆，曰墨竹宫，曰卡尔孜，曰文扎卡，曰辖鲁，曰策堆得，曰达尔玛，曰聂母，曰拉噶孜，曰岭，曰纳布，曰岭噶尔，曰错朗，曰羊八井，曰麻尔江。后藏中营十四：曰昂忍，曰仁侵孜，曰结侵孜，曰帕克仲，曰翁贡，曰干殿热布结，曰扎布甲，曰里卜，曰德庆热布结，曰央，曰绒错，曰葱堆，曰胁，曰干坝，营官皆六品。前藏小营二十五：曰雅尔堆，曰金东，曰拉岁，曰撒拉，曰浪荡，曰颇章，曰札溪，曰色，曰堆冲，曰汪垫，曰甲错，曰拉康，曰琼科尔结，曰蔡里，曰曲隆，曰扎称，曰折布岭，曰扎什，曰洛美，曰嘉尔布，曰朗茹，曰里乌，曰降，曰业党，曰工布塘；后藏小营十五：曰彭错岭，曰伦珠子，曰拉耳塘，