。生有异表，右臂纹如法轮。七岁与众喇嘛谈经，均莫能难，盖有夙慧也。初拉藏汗既奏废罗布藏仁青策养嘉穆错，别立博克达山之呼毕勒罕阿旺伊什嘉穆错为达赖，闻其名忌之，将以兵戕之，其父索诺木达尔扎襁负走，乃免。青海砲台吉以不辨真伪争，诏遣官率青海使人往视。拉藏汗奏：“前解伪达赖时，曾奉旨寻真达赖，访得博克达山呼毕勒罕，以班禅言坐床。”廷议以呼毕勒罕尚幼，俟再阅数年给封，又以拉藏汗与青海台吉不睦，遣侍郎赫寿协理藏务。是为西藏设官办事之始，然犹不常置也。四十九年，班禅、拉藏汗会同管理藏务赫寿奏：“阿旺伊什嘉穆错熟谙经典，青海台吉信之，请给册印。”诏依其请。而青海实不之信，与藏中所奏互相是非。五十三年，青海诸台吉等遣兵取道德格，迎罗布藏噶尔桑嘉穆错至青海坐床，请赐册印。圣祖恐其构衅，诏徙至京，不果行。复令送红山寺，继请送西宁宗喀巴寺。青海贝勒察罕丹津等复尼之，且以兵胁异己者。诏大兵护送，乃居宗喀巴寺。圣祖以拉藏汗年近六旬，一子青海驻扎，一子策妄阿喇布坦就婚，恐讬词爱婿，羁留不归，势颇孤危。况自杀第巴，彼处人难保不生猜忌。额鲁特秉性多疑，又甚疏忽，倘事出不测，相隔万里，救之不及。谕令深谋防范。
五十六年，策妄阿喇布坦遣台吉策凌敦多布等率兵六千，徒步绕戈壁，逾和阗南大雪山，涉险冒瘴，昼伏夜行，赴阿里克，扬言送拉藏汗长子噶尔丹忠夫妇归。拉藏汗不知备，贼至达木始觉，偕仲子索尔扎拒，交战两月，不敌，奔守布达拉，始来疏乞援。贼诱噶卜伦沙克都尔扎卜，将小招献降，唐古特台吉纳木扎勒等开布达拉北城入，戕拉藏汗，拘其季子色布腾及宰桑等，搜各庙重器送伊犁，禁阿旺伊什嘉穆错于扎克布里庙。索尔扎率兵三十人溃走，为所擒，其妻间道来奔，诏优养之。
西安将军额伦特率西宁、松潘、打箭炉、噶勒丹，会同青海诸台吉及土司属下赴援，至喀喇河，遇伏，败殁。贼复诱里塘营官喇嘛归藏，於是巴塘、察木多、乍雅、巴尔喀木皆为所摇惑矣。寻诏都统法喇移打箭炉兵屯里塘护呼毕勒罕，复令索诺木达尔扎传谕营官喇嘛，将抗不就抚者诛之，传檄巴塘、察木多、乍雅各籍其土及民数，遂进屯巴塘。策凌敦多布惧，返所掠。而兵自巴尔喀木归，言唐古特有瘴疠，浮肿，难久处，青海蒙古皆惮进藏，慫恿达赖奏可随地安禅，兴大兵恐扰众。王大臣惩前败，亦皆言藏地险远，不决进兵议。圣祖以西藏屏蔽青海、川、滇，若准夷盗据，将边无宁日。且贼能冲雪縋险而至，何况我军。策凌敦多布闻我师至，自必望风远遁。俟定立法教后，或暂留守视，或久镇其地。唐古特众皆为我兵，准夷若再至，以逸待劳，何难剿灭。安藏大兵，决宜前进。诏封罗布藏噶尔桑嘉穆错为弘法觉众第六辈达赖喇嘛。命皇十四子允为抚远大将军，屯青海之木鲁乌苏治军饷，平逆将军延信出青海，定西将军噶尔弼出四川，两路捣藏。藏人亦知青海达赖之真，藏中旧立之赝，合词请於朝，乞拥置禅榻，诏许给金册印。於是蒙古汗、王、贝勒、台吉各自率所部兵，或数百，或数千，随大兵扈从达赖入藏。
策凌敦多布由中路自拒青海军，分遣其宰桑以兵三千六百拒南路。将军噶尔弼招抚里塘、巴塘番众，进至察木多，夺洛隆宗嘉玉桥之险。旋奉大将军檄，俟期并进。噶尔弼恐期久粮匮，用副将岳锺琪以番攻番计，招土司为前驰，集皮船渡河，直捣拉萨，降番兵七千。宣谕大小第巴及喇嘛，封达赖仓库，分兵塞险，扼贼饷道。而青海亦三败其中途劫营之贼，斩俘千计。额鲁特进退受敌，遂大溃，不敢归藏，由克庇雅北窜，崎岖冻馁，得还伊犁者不及半。
五十九年九月十五日，达赖至布达拉坐床，出阿旺伊什嘉穆错於禁所，发回京师废之，尽诛额鲁特喇嘛之助逆者。留蒙古、川、滇兵四千，命公策旺诺尔布总统戍藏，额驸阿宝、都统武格参赞军务。以藏遗臣空布之第巴阿尔布巴首向效顺，同大兵取藏，阿里之第巴康济鼐截击准噶尔回路，俱封贝子；隆布奈归附，授辅国公，理前藏务，颇罗鼐授扎萨克一等台吉，理后藏务，各授噶卜伦。於是里塘所属之上下牙色，巴塘所属之桑阿、坝林、卡石等番，次第归顺；郭罗克之吉宜卡、纳务、押六等寨先后剿抚矣。
雍正元年，召回允等，撒驻藏防兵，设戍於察木多。二年，青海喇嘛助罗卜藏丹津之叛。青海诸寺喇嘛众各数千，群起骚动。章嘉胡图克图之呼毕勒罕拒战於郭隆寺，察汗诺们汗亦党贼助战。石门寺喇嘛阳称投顺，阴肆劫掠，夹木灿堪布将窜藏，年羹尧等讨平之。世宗谓“玷辱宗门，莫斯为甚”，乃收各寺明国师、禅师印，并定庙舍毋逾二百楹，众毋逾三百人。
五年七月，阿尔布巴、隆布奈、扎尔鼐恃与达赖姻，争贝子康济鼐之权，聚兵害之，欲投准噶尔。诏吏部尚书查朗阿率川、陕、滇兵万有五千进讨。未至，而台吉颇罗鼐率后藏及阿里兵九千，自潘玉口至喀巴，先遣兵千馀冲破喀木卡伦，与隆布奈兵交绥。夜，西藏斥堠俱归顺，颇罗鼐即率兵直抵拉萨。驻藏大臣马喇、僧格往布达拉护达赖，各寺喇嘛将阿尔布巴等擒献送马喇所。查朗