泰死，命大学士温福自云南赴四川，以尚书桂林为四川总督，共讨贼。温福由汶川出西路，桂林由打箭炉出南路。僧格桑求援於索诺木，索诺木潜兵助之。三十七年春，桂林克复革布什札土司故地，温福克资里及阿喀。朝廷以阿桂为参赞大臣，代桂林赴南路。十一月，阿桂以皮船宵济，连夺险隘，直捣贼巢。十二月，军抵美诺，进至底木达，俘泽旺，檄索诺木缚献僧格桑，不应。
上命温福为定边将军，阿桂、丰伸额为副将军。温福、阿桂奏六路进兵之策。温福由功噶入，阿桂由当噶入，丰伸额由绰斯甲布入。三十八年春，温福以贼扼险不得进，别取道攻昔岭，驻营木果木，令提督董天分屯底木达，守小金川之地。温福为人刚愎，不广谘方略，惟袭广泗故智，以碉卡逼碉卡，建筑千计。初索诺木欲并小金川地，故留僧格桑挟以号召。六月，阴遣小金川头目等由美诺沟出煽故降番使复叛。诸番见大军久顿，蜂起应之，攻陷天营，遂劫粮台，潜兵袭木果木，夺砲局，断汲道，贼四面蹂入大营，温福死之，将士随员死者数十人，各卡兵望风溃。海兰察闻警赴援，殿众由间道退出，收集溃卒，尚万数千人，其战殁者三千馀，小金川地复陷。惟阿桂一军屹然不动，乃整队出屯翁古尔垄。
上在热河闻报，召大学士刘统勋诣行在咨之。统勋前言金川不必劳师，至是亦主用兵。乃授阿桂定西将军，丰伸额、明亮为副将军。十月，阿桂改赴西路，明亮赴南路。丰伸额仍由绰斯甲布进取宜喜，阿桂入自鄂克什，转战五昼夜，直抵美诺，克之；明亮入自玛尔里，所向皆捷，遂尽复小金川地。
惟大金川自十二三年以来，全力抗守，增垒设险，严密十倍小金川。七月，令诸军分攻各碉寨，数十道并进。海兰察率死士六百削壁猱引而上，趾顶相接，比明及其碉，一涌入，尽歼守贼。数十里贼寨闻之皆夺气，悉破之，乘胜临逊克宗垒。索诺木酖杀僧格桑而献其尸，及其妻妾头目，至军乞赦己罪。阿桂槛送京师。四十年四月，阿桂先使福康安、海兰察赴河西助明亮攻宜喜，遂分兵六路，尽灭河西二十里内之贼。五月，阿桂河东之军破朗噶寨，距勒乌围仅数里，环营进逼其巢。七月，抵勒乌围。八月十五夜，进捣贼巢，四面砲轰官寨，破之。黎明，克转经楼，逸贼皆溺水死。莎罗奔兄弟及各头目已先期遁往噶尔崖。十一月，官军攻克科布曲山。十二月，遂据玛尔古山，噶尔崖即在其下。索诺木之母姑姊妹亦降。官军三路合围噶尔崖，断其水道。索诺木使其兄诣营乞哀，不允。围攻益急，索诺木从莎罗奔及其妻子挈番众二千馀出寨，奉印献军门降，金川平。四十一年正月，献俘庙社，封赏阿桂等，勒碑太学，并及两金川。旋於大金川设阿尔古，小金川设美诺。四十四年，并阿尔古入美诺，改为懋功。
同治二年，粤匪石达开窜宁远，假道工卩部土司。土司先受官军约束，引贼至紫打地。四面阻绝，达开粮罄路穷，射书千户王应元买路，复使人说土司岭承恩求缓兵，皆不应，日杀马煮桑叶为食。四月，承恩、应元等侦贼力竭，率夷众蹙攻，擒达开并贼官五人付官军，槛送成都，四川总督骆秉章诛之。奏加承恩、应元二品衔，贼军锱重悉为两土司所得。
初，瞻对土司恃强不法，雍正八年，四川提督黄廷桂剿降之。乾隆十年，四川提督李质粹等率兵五千，取道东俄落，至里塘进兵，连破番寨，获贼首噶笼丹坪。十一年，质粹会钦差大臣班第，统兵进克泥日寨，烧毙番酋姜错太，抚定丫鲁、下密等处番夷。嘉庆十九年，中瞻对土司洛布七力劫掠邻番，抗捕伤兵。二十年，四川总督常明、提督多隆武领兵剿之，恃险死拒。重庆镇总兵罗思举力战破其巢，洛布七力焚死，分其地入上下瞻对。
洎咸丰中，土司工布朗结为人沉鸷，兼并上下瞻对之地，欲拥康部全境以抗川拒藏，邻近各土司割地求免，贡赋唯命。至是藏人怒，求四川出兵，秉章派道员史致康率师会藏进讨。致康怯，顿打箭炉久，藏番需茶急，驰兵克之，杀工布朗结父子，致康始逡巡至。藏人索兵费银十六万两，秉章未允，藏人因据其地，设官兵驻守。
光绪初，丁宝桢为四川总督，以瞻对藏官虐民，往往激变，每岁派员带兵出关弹压。刘秉璋继之，稍宽纵，藏官益骄横。各土司多被威胁，唯明正土司地大，不之服，频年争斗。十五年，瞻对内讧，逐藏官，乞内附，秉璋不许，唯治番官及乱民数人罪，由藏易官，且添驻堪布一人，兵八百名助守。二十年，硃窝、章谷土司争袭滋事，瞻对番官率兵越境干预，开枪伤我官兵。四川总督鹿传霖奏瞻对为蜀门户，宜设法收回内属，派提督周万顺、知县张继率兵出关，击败番兵，不三月，克瞻对并德尔格忒即叠盖。旧名保盖。全境，擒德格土司夫妇，解至成都，议叙改设流官。成都将军恭寿愤传霖不先会商，结驻藏大臣文海，密奏劾传霖，翻原案，复德格土司职，仍以瞻对属藏。
三十一年春，驻藏大臣凤全被戕於巴塘，四川总督锡良奏请以四川提督马维骐、建昌道赵尔丰进讨。维骐率师先发。先是泰凝寺产沙金，锡良准商人采办，★派兵弹压。寺中喇嘛反抗，杀都司卢鸣飏，瞻对潜助其乱，维骐