石门花园港寇巢，毁十四垒，寇势不支，乘夜向台州潜遁。是时杨辅清由淳化犯遂安，宗棠自常山进屯开化图之，寻遣刘典进攻遂安；辅清退走淳安、昌化，窜皖南犯宁国。四月，仪徵寇败后，窜扰沙漫洲等处，水师击走之，扬境肃清。浙军会民团克复台州仙居、黄岩、太平、宁海，缙云、乐清、慈谿等县，擒斩延天义李元徠，伪王李洪藻、李遇茂，伪主将李尚扬。寻进克宁波府镇海、青田二县。台、处寇上窜温州，踞太平岭及任桥、瞿谿，寻分窜瑞安，张启煊营陷，退守县城。楚皖军会克庐州，秀成窜扰苏、常，玉成则盘踞皖、楚之交。
自大军克复安庆，玉成率党自石牌而上，调宿松、黄梅之寇同至野鸡河，欲赴湖北德安、襄阳招集其党，群酋不从，乘夜由六安走庐州，众渐携贰。秀全复督责甚切，玉成惧，力守庐州不敢走，皖、楚诸军困之，日盼外援。而颍郡解围后，伪扶王陈得才西窜，伪天将马融和随张洛行远遁，外援遂绝。多隆阿与皖军张得胜设伏诱贼出战，两军合击，寇大败，遂克府城，诛伪官二百十三名。玉成奔寿州，尚有死党二千，以苗沛霖阴受伪封，往乞援；沛霖缚之，献颍州胜保大营，并擒伪导王陈士才、伪从王陈德、伪统天义陈聚成、伪天军主将向士才、伪虔天义陈安成、伪祷天义梁显新，及亲随伪官二十馀，并正法。秀成闻玉成死，顿足叹曰：“吾无助矣！”玉成凶狠亚杨秀清，而战略尤过之，军中号“四眼狗”。自玉成伏诛，楚、皖稍得息肩，而金陵势益孤矣。
民团克宁海、象山、奉化。李世忠大破寇於六合八步桥，寇窜滁州来安，又大败。寇势大馁。华尔等克柘林，谋捣金山卫。知府李庆琛攻太仓，秀成率伪听王陈炳文、伪纳王郜云官来援，逼青浦。李恆嵩失利，退走塘桥。嘉定、宝山皆震。寇别队由娄塘攻陷嘉定，英、法二提督及我军突围走上海。鸿章饬军驻法华镇，扼沪西，寇遂逾青浦，迳逼松江。秀全自窜踞金陵，以东西梁山为锁钥，以芜湖为屏蔽，而尤以金柱关为关键。自国荃破太平府，彭玉麟破金柱关，黄翼升往袭东梁山一战而下，贞幹循江进克芜湖，提督王明山等复攻破烈山石垒，未逾三日，上下要隘悉为我有。从此上而宁国，下而江宁，寇均失所恃矣。
国荃进军江宁镇，屯板桥，潜袭秣陵关，进破大胜关、三汊河，直抵雨花台军焉。江北浦口、六合败寇悉聚江边，李世忠蹙之，渡还九洑洲。江北肃清。五月，伪什天安建瀛统众聚南汇，与淋天福刘二林屡为秀成养子所凌，至是来降，我军整队入城。秀成养子方踞金山卫，来犯，复纠川沙寇回扑，复为我军所败，直逼川沙。寇由海塘窜出，遂复川沙，进攻松江。寇逼泗泾，防军游击林丛文败退北门。华尔由青浦回援，鸿章令程学启扼虹桥，分青浦、松江后路。寇陷湖州，福建粮储道赵景贤拔刀自刎，贼夺之，囚一年馀，秀成礼待之极厚，终日骂不绝口，谭绍光举枪一击而殒。
初，寇围逼松江，鸿章以松江扼青浦东、西之中，为最要地，自赴新桥，令程学启时出兵缀寇。寇初营西门妙严寺土城，华尔以砲毁之。寇复攫据之，增筑砲台，环合四门。常胜军战寇窦福滨，城军乘夜分门出击，寇窜遁。乃简精卒破天马山寇营，突入青浦，尽焚辎重。寇死战，并力守松江。其分屯广福林及泗泾之寇，鸿章进击败之。寇遁入营，断桥以拒。刘铭传等克奉贤，陈炳文、郜云官等率众数万围新桥程学启营，填壕拔鹿角，学启不及以枪砲御，掷砖石击之，寇藉尸登壕，学启开壁突击，寇始卻，而分股逾新桥逼上海。鸿章将七营往援，大破之，追至新桥，学启大呼夹击，寇解围遁。陈炳文、郜云官皆负伤窜走。进军泗泾，寇大溃，尽烧其垒。广福林、塘桥寇亦退。上海、松江俱解严。
初，李世忠遣军自六合通江集南渡，连破石埠桥、龙潭、东阳寇垒，寇悉遁句容。自是九洑洲寇外援尽绝。秀全遣江宁寇大攻石埠桥曾玉梁垒，世忠遣义子李显发往援，入垒会守。陈坤书自句容进攻龙潭、东阳诸垒，守军黄国栋等退并石埠，而寇攻益急，显发会水师力战，尽平其垒，解石埠围。时李秀成自松、沪败还，谋连合杭、湖寇众救援江宁。秀全遣悍党二万攻大营，国荃设伏败之。连日宗棠督军攻衢州，东、南、北三路寇垒皆尽。
初，秀全以大军骤逼城下，日出扑犯，辄被创，趣浙酋李侍贤、苏酋李秀成还救江宁，而宗棠攻衢州，与李侍贤相拒遂安、龙游间。鸿章新克松江县，秀成奔命未遑，乃与诸党议曰：“曾国荃兵力厚集於金陵，为久困之计。我势日蹙，不如先围宁国、太平，断其后路。我军势既振，敌乃可图也。”秀全以久困，虑粮不继，仍促其入援。秀成不得已，乃先遣悍党数万自苏西援。时宁国馀寇窜并江宁，屯於淳化镇者亦不下二万馀。六月，宗棠自衢州进军龙潭。侍贤自遂安败后，复纠合金华及温、处悍党，分屯南岸湖镇、罗埠，北岸兰谿之永昌、太平、祝家堰、诸葛村、孟塘、油埠、裘家堰。宗棠驻潭石望，距城十五里，遣眭金城会刘培元驻城西圭塘山，屈蟠、王德榜驻紫金旺，崔大光驻城北对河茶圩，刘典驻高桥。先是李侍贤侦我军平衢州寇垒，将进军龙游，纠党潜趋兰谿、严淳，乘虚袭遂安，