日，收复县城。九月，镇江寇出城至甘露寺，迳扑大营，和春迎剿败之。寇欲西窜接应金陵，国樑密於高资增营扼塞，寇亦筑垒，运粮河北。国樑遣参将余兆青等毁其砲台，而自率亲兵渡河，会水陆诸军鏖战六昼夜，沉巨船十馀艘，削壁垒二，生擒魏长仁等六名，斩俘无数。
寇之踞瓜洲者，遥联金陵，近接镇江，阻官军进剿之路，历五年矣。適南岸寇援创於和春，德兴阿乘其隙，檄大军逾城而入，遂下瓜洲。十二月，国樑大捷於瓜洲南岸，阵斩伪王，夺垒十七，遂围镇江。秀全四遣众援，均为虎坤元所破。国樑督军攻四门坏垣，夺复其城，逸出者沿江搜杀近万人。惟吴如孝溃围遁入金陵，复窜聚安庆。而潜山太湖之寇又陷霍山，旋退出，欲从罗田、麻城上窜，踞独山、西河口为营。官文调马步军兼程驰防豫、皖交界之处，以固楚疆。八月，皖寇纠豫捻谋援金陵，犯商、固，扰光州、六安，窥伺随、枣一路。而太湖、渡石牌等处寇党连营三十里，众六七万，乘我军度岁，窜近蕲州，寻又窜荆桥、好汉坡诸处。多隆阿迎剿，败之仙田铺、风火山，追抵太湖，连营宿、太以扼寇冲。而秦日纲遣其党北趋，避实击虚，谋犯蕲州。蕲水、六安之寇亦并力上窜，陷英山县，分七路窜罗田。罗田知县崔兰馨连日鏖战，收复英山。守备梁洪胜等督楚军擒伪丞相韦朝纲。寇出黄花岭，窜楚境枫树坳等处。都兴阿遣将往南阳河迎击。寇筑垒北岸，我军潜伏北岸山谷中，而列阵南岸。寇渡河而南，我军邀击之，乘胜北渡。寇阵山腰，溃寇踵至，伏兵起，毙寇无数。楚军势大振，宿、太诸营始纾后顾忧。
时秀全大会诸党，饬陈玉成为前军主将，以潜、太、黄、宿为根据，敌我上游楚师；杨辅清为中军主将，以殷家汇、东流为根据，敌我中路曾军；李侍贤为左军主将；李秀成为五军主将。二月，和春攻破秣陵关，关为金陵南面外蔽，寇所严守者也。三月，和春率张国樑等围攻金陵。会秀全张筵饮群党酒，流丸坠秀全膝下，群骇愕。秀全曰：“予已受天命，纵敌兵百万，弹丸雨下，又将如予何！况和春非吾敌也，诸将弄彼如小兒，特供一时笑乐耳，奚恐为？”初，寇屡伺我军懈，悉锐出犯，冀解其围，而雨花台争之尤力。和春严为防儆，寇果由雨花台攻大营，大败之。和春、张国樑作长围困寇，度地势险夷，沟而垣之，凿山越水，周城百馀里。诸营大小相维，绝寇应援，秀全大惧，诫各门严备。潜结垒於寿德州，屡突长围，不克，死者枕藉。当是时，石达开在蜀，杨辅清窜闽，林绍璋败於湘，林启荣围於九江，黄文玉坐困於湖口，张朝爵、陈得才孤守皖省，陈玉成坐守小孤山、华阳镇一带，秣陵又陷，金陵老巢声援殆绝。而粮食尚充足，上游诸州县皆为寇据，呼吸可通，故寇虽危蹙而未遽颠覆。
我军屡围金陵，玉成多方抗拒，而秀成出陷杭州，以掣围师之肘，我军不动。玉成乃自潜山、太湖下江浦，伺官军之虚，悉众攻大营，以冀解围。苏、常相继而陷。四月，李续宾、杨载福会攻九江，九江为金陵犄角，南岸肃清，专力攻九江。城寇被围久，以数千人撄城，植蔬种麦供军食，其守愈暇，频伤攻城军士。嗣地道成，城破而复完。杨载福督水陆十六营攻四门，地雷再发，城崩百馀丈，诸军跃登，毙寇万六七千。出城者水师扼之，俘斩无遗。林启荣、李兴隆均败死，磔其尸。九江既克，寇党无固志。楚南军先后收复新淦、崇仁，下抚州，克安乐、宜黄、安丰、新城诸县，收复建昌。国荃攻吉安，旁克吉水、万安二县。於是江西陷城收复八九矣。寇党畏慑，金陵寇亦穷蹙。
秀全力图外扰，乃命寇将窜皖南北及闽、浙诸省，冀大军分援，以牵我师。玉成勾结捻首张洛行、龚瞎子。众号十万人，踞麻城，四门筑五十八垒，沟堑重叠，据险自固。而安庆暨英、霍诸寇又陷黄安，冀窥汉阳、德安，取道北窜。官文檄续宾上援，以纾麻城之患。先是秀全命赖汉英掠江西，皖寇入福建，陷政和县、邵武府，遂陷浦城，分扰建宁。五月，我军克复黄安、麻城，斩伪丞相指挥数十人；追至商城，并进剿太湖、潜山、英山、霍山诸寇。其党窜踞东安者，图为江南北声势。和春督军立复县城，金陵寇愈形危蹙，急思溃窜。和春派水师分剿繁昌，毁其坚垒土桥，进破峨桥、鲁港等处。城寇愤恚，出太平、神策门分犯大营，张玉良、冯子材等陷阵败之，寇退。遂攻金川门，悉毁东北城外垒栅。
石达开乃自广丰陷江山县，金华、衢州、处州三府属邑焚掠殆遍。浙军败之寿昌七里亭。六月，寇窜全椒，踞滁州、九洑洲等处，浙军大败之，进克武义、永康、常山、江山、开化、缙云、宣平，衢围亦解。寇悉窜处州，陷之，周天受督军克复。会闽寇蜿蜒猖獗，所复各城旋失，又陷松溪、崇安、建阳等县，建宁府亦被围。浙江巡抚晏端书檄将驰援闽省，又出师江山界，剿浦城寇巢。
是时，上以浙、闽寇并起，乃起曾国籓率江西湘军援浙，旋命改援闽。国籓自铅山进军，寇大惧，图牵制之计，分万馀人犯江西，围广丰、玉山，入踞安仁。闽军遂克光泽，收建阳，解顺昌围，连复松溪、政和、宁化、崇安，破浦城老巢。复邵武府，闽省肃清。国籓移军