绿旗兵五之二。三桂谓边疆不宁，不宜减兵力。是时三桂已阴有异志，其籓下副都统杨珅说以先除由榔绝人望。三桂乃疏言：“前者密陈进兵缅甸，奉谕：‘若势有不可，慎勿强，务详审斟酌而行。’臣筹画再三，窃谓渠魁不灭，有三患二难：李定国、白文选等分住三宣六慰，以拥戴为名，引溃众肆扰，其患在门户；土司反覆，惟利是趋，一被煽惑，遍地蜂起，其患在肘腋；投诚将士，尚未革心，万一边关有警，若辈乘隙而起，其患在腠理。且兵粮取之民间，无论各省饷运愆期，即到滇召买，民方悬磬，米价日增，公私交困，措粮之难如此；年年召买，岁岁输将，民力既尽，势必逃亡，培养之难又如此。惟及时进兵，早收全局，乃救时之计。”下议政王大臣会户、兵二部议，令学士麻勒吉、侍郎石图如云南谘三桂机宜，乃决策进兵。命内大臣爱星阿为定西将军，率禁旅南征。
三桂所部五丁出一甲，甲二百置佐领，积数十佐领，以吴应麒、吴国贵为左、右都统分统之。七月，三桂疏请部勒降兵，分置十营，营千二百人，以降将为总兵：马宝、李如碧、高启隆、刘之复、塔新策将忠勇五营；王会、刘偁、马惟兴、杨威、吴子圣将义勇五营。十月，又疏请置援剿四镇，以马宁、沈应时、王辅臣、杨武为总兵。皆允之。三桂请拊循南甸、陇川、千崖、盏达、车里诸土司，颁敕印；复檄缅甸，令执由榔以献。定国、文选屡攻缅甸求出由榔，缅甸频年被兵，患苦之，使告师破定国等，请以由榔献。十八年，三桂遣使缅甸刻师期，令於猛卯迎师；遣副都统何进忠及应时、宁等率师出腾越，道陇川，三月，至猛卯。缅甸又与定国战，道阻。既，缅甸使至迎师，会瘴发，进忠等引还。
三桂以马乃土司龙吉兆称兵应定国，遣宝、启隆及游击赵良栋等讨之，攻七十馀日，破其寨，斩吉兆，以其地为普安县。九月，瘴息。三桂与爱星阿及前锋统领白尔赫图，都统果尔钦、逊塔等督兵攻大理，复出腾越，道南甸、陇川至猛卯，分兵二万，遣宁、辅臣别取道姚关、镇康、孟定；又虑蛮暮、猛密二土司助定国阻我师后，留总兵张国柱将三千人屯南甸为备。十一月，会师木邦。文选毁锡箔江桥走茶山，定国走景线。三桂令宁等以偏师逐文选，而与爱景阿趋缅甸，复檄令执送由榔。十二月，师进次旧晚坡，距缅甸都六十里。缅甸使告请遣兵进次兰鸠江滨扞卫，乃遣白尔赫图将百人以往。缅甸遂执由榔及其母、妻等送军前。宁等逐文选及於猛卯，文选以数千人降，师还。
康熙元年，捷闻，诏进三桂亲王，并命兼辖贵州。召爱星阿率师还。四月，三桂执由榔及其子，以弓弦绞杀之，送其母、妻诣京师，道自杀。定国尚往来边上伺由榔消息，三桂令提督张勇将万馀人戍普洱、元江为备。未几，定国走死猛腊。三桂招其子嗣兴，以千馀人降，明亡。二年，遣会等攻陇纳山蛮，破巢，斩渠。三年，遣之复及总兵李世耀率兵出大方、乌蒙，攻水西土司安坤、乌撒土司安重圣，并击斩之，以其地设府：陇纳曰平远，大方曰大定，水西曰黔西，乌撒曰威宁。四年，奏裁云南绿旗兵五千有奇。五年，复遣兵攻土司禄昌贤於陇箐，取其寨数十。迤东悉定，设府曰开化，州曰永定。
三桂初以开关迎师，位望出诸降将孔有德、耿仲明、尚可喜辈右。有德专征定湖广，徇广西，李定国破桂林，殉焉；可喜与仲明子继茂分兵定广东、福建；而三桂功最高。云、贵初定，洪承畴疏用明黔国公沐英故事，请以三桂世镇云南。三桂复请敕云南督抚受节制，移总督驻贵阳，提督驻大理。据由榔所居五华山故宫为籓府，增华崇丽。籍沐天波庄田七百顷为籓庄。假濬渠筑城为名，重榷关市，垄盐井、金铜矿山之利，厚自封殖。通使达赖喇嘛，互市北胜州。辽东参，四川黄连、附子，就其地采运，官为之鬻，收其值。货财充溢，贷诸富贾，谓之“籓本”。权子母，斥其羡以饵士大夫之无藉者。择诸将子弟，四方宾客，与肄武备，谓以储将帅之选。部兵多李自成、张献忠百战之馀，勇健善斗，以时训练。所辖文武将吏，选用自擅。各省员缺，时亦承制除授，谓之“西选”。又屡引京朝官、各省将吏用以自佐。御史杨素蕴疏论劾，三桂摘疏中“防微杜渐”语，请旨诘素蕴。素蕴覆奏，言“防微杜渐，古今通义。”事遂寝。
六年，三桂疏言两目昏瞀，精力日减，辞总管云、贵两省事。下部议，如各省例，归督抚管理，文吏由吏部题授。云贵总督卞三元、云南提督张国柱、贵州提督李本深交章陈三桂劳绩，请敕仍总管。得旨：“王以精力日减奏辞，若召仍令总管，恐其过劳。如边疆遇有军事，王自应经理。”寻进应熊少傅兼太子太傅，命赴云南视疾，仍还京师。三桂益欲揽事权，构衅苗、蛮，藉事用兵，私割中甸畀诸番屯牧，通商互市。迨三元乞归养，甘文焜代为总督，不附三桂。三桂诈称边寇，檄赴剿；比至，又称寇退，檄使还。籓属将吏士卒糜俸饷钜万，各省输税不足，徵诸江南，岁二千馀万，绌则连章入告，赢不复请稽核。是时可喜镇广东，继茂子精忠镇福建，与三桂并称“三籓”，而三桂骄恣尤甚。
十二年二月，上遣侍卫吴丹、塞扈立劳三桂，赐御用貂帽