自古用武之地，荆襄为南北关键，武汉为荆襄咽喉。武汉有警，则邻疆胥震。四年之中，武昌三陷，汉阳四陷。东南数省，受害惟武汉为甚。夫善斗者必扼其吭，善兵者必审其势。今於武汉设重镇，则水陆东征之师，恃为根本军火米粮委输不绝，伤痍疾病休养得所。平吴之策，必先保鄂，明矣。保鄂必先固汉阳。湖北之失，在汉阳无备。下游小挫，贼遂长驱直入。应请於武汉设陆师八千，水师二千，日夜训练。平时有藜藿不采之威，临事有千里折冲之势。且东征之师，孤军下剿，苦战必伤，久役必疲。伤病之人，留於军中，不但误战，亦且误饷。若以武汉之防兵更番迭代，则士气常新，军行必利。此武汉宜急设防练之要。湖北莠民从贼者多，兵勇搜捕，徒滋扰害。惟有保甲清釐，族户綑献，分别斩释。然牧令不得其人，则法不能行。官吏之举动，为士民所趋向；绅士之举动，又为愚民所趋向。未有不养士而能致民，不察吏而能安民者。五年大熟，州县乃或报灾，六年大饥，州县转或徵赋。以丰为歉，是病国计；以歉为丰，是害民生，而终害於国计。歉岁官吏私收蠲缓，实惠不及於民。有所谓挖徵、急公等名目，无一非蠹国病民。凡下与上交接之事，诿之幕友；官与民交接之事，诿之门丁。词讼案牍，病在积压；盗贼奸宄，弊在因循。州县之小事，即百姓之大事，今日之小贼，即异日之大贼。厝火积薪，隐忧方大。又如捐输则有踩堂、贽见之费，牙帖则有勒索之费，釐金则有私设之费。臣受事以来，迭次特参，在国自有刑章，在臣甘为怨府。惟思劾贪非难，求才为难。前者劾去，后者踵事，而巧避其名，弊将不可胜言。臣愚以为必严禁官场应酬陋习，与群吏更始，崇尚敦朴，屏退浮华。行之数年，庶可改观。目下州县悬缺待人，请敕下部臣，暂勿拘臣文法资格。此吏治急应整饬之要。武汉甫经收复，人或以为已治已安，臣窃忧之。如以为治安，则前收复已二次矣。况江西七府俱沦於贼，旁轶横出，不仅九江、安庆为足虑也。未收复之前，事势极难，文武尚有惧心；收复之后，布置尚易，而特恐文武均萌肆志。外省粉饰之习，久在圣明洞鉴。不揣愚昧，用以直陈。”疏入，上嘉纳焉。於是裁浮勇，练新军，蠲四十六州县田赋以苏民困。设清查局，稽核全省仓库盈虚之数；设节义局，表彰死难官绅士女；设军需局，以备东征饷械。严课吏治，纠劾文武数十人，推廉尚能，手书戒勉将吏如子弟。初，将吏颇构督、抚异同，下令曰：“敢再言北岸兵事吏事长短者，以造言论罪。”官文亦开诚相与，无掣肘。军政吏治，皆林翼主稿，林翼推美任过，督抚大和。湖北振兴，实基於此。襄阳土匪猖獗，扰及河南境，令唐训方等剿之。
七年春，擒匪首高先二等。陈玉成由皖北上犯，诸军不能御。林翼赴黄州督师，贼众十馀万环踞巴河东。会水涨，林翼令毁三台河石桥，扼河而守。潜师出回龙山，遏贼上窜。调李续宜率湖勇驰至，督诸军合击於孙家嘴、马家河、月山，贼大败遁走。都兴阿、李续宾亦连破贼於黄梅、宿松，楚北肃清。遂视师九江，定合围方略而还。八年四月，李续宾等攻九江，克之，磔贼首林启荣。诏嘉林翼调度有方，加太子少保。林翼乃急规安庆，杨岳斌率水师出九江，都兴阿出宿松、望江，逼安庆为围师。李续宾规复太湖、潜山、桐城，与都军为犄角。五月，丁母忧，诏予假百日治丧，假满仍署巡抚。七月，庐州陷，李续宾轻军赴援，战殁三河。林翼方奉母柩回籍，诏急起视师，林翼闻命，痛哭起行，迳次黄州，军心始定。
九年，进屯上巴河，与李续宜整饬部伍，日夜训练，谋大举。会石达开由江西犯湖南，围宝庆。林翼令李续宜率所部赴援，舒保马队助之，又以水师分扼河道，宝庆围得解，於是与曾国籓合力图复安徽。国籓循江而下为第一路，多隆阿、鲍超攻取潜山、太湖为第二路，林翼自出英山、霍山为第三路，李续宜由松子关出商城、固始为第四路。十月，由黄州移营英山。陈玉成在贼中最狡悍，见太湖围急，纠合捻匪张洛行、龚瞎子众数十万来援。林翼集诸军精锐全力备战，欲一鼓歼之。与曾国籓部署诸将，指挥战略。谋前敌总统，以多隆阿谋勇兼优，而鲍超素不相下，手书劝勉，十数往复，始定议。又备意外，令金国琛、余际昌以八千人出潜山天堂拊贼背。十二月，贼至，鲍超营小池驿，当其冲，贼聚攻之。多隆阿虑分兵掣全势，置不救，调唐训方往助。事且急，金国琛等由山中鼓行而出，贼乃夺气。十年正月，多隆阿攻罗山冲为西路，鲍超出小池驿为东路，硃品隆、蒋凝学、唐训方等合击，金国琛等亦同时并进，大破贼，歼毙先后二万馀，遂克太湖城，潜山亦复。是役为仅见之大捷，安庆之势遂孤。
既而江南大军溃，苏、常尽陷，曾国籓授两江总督，督师。林翼为画分路大举之策，国籓不尽用，率鲍超等次祁门，为规复江南计，以其弟国荃围安庆。林翼令多隆阿围桐城，李续宜屯青草塥，为两军援，都兴阿别出师江北，分兵济饷，林翼悉任之。十月，多隆阿、李续宜大破贼於桐城挂车河。林翼进驻太湖，度贼援安庆不利，必深入湖北腹地以分我军势。令余际昌屯霍山乐兒岭，成大吉屯罗田松子关，戒