廷以江南事付曾公，天下不足平也。”於是天子慎选帅，就加国籓兵部尚书衔，署理两江总督，旋即真，授钦差大臣。是时江、浙贼氛炽，或请撤安庆围先所急。国籓曰：“安庆一军为克金陵张本，不可动也。”遂南渡江，驻祁门。江、浙官绅告急书日数十至，援苏、援沪、援皖、援镇江诏书亦叠下。国籓至祁门未数日，贼陷宁国，陷徽州。东南方困兵革，而英吉利复失好，以兵至。僧格林沁败绩天津，文宗狩热河，国籓闻警，请提兵北上，会和议成，乃止。
其冬，大为贼困，一出祁门东陷婺源；一出祁门西陷景德；一入羊栈岭攻大营。军报绝不通，将吏惵然有忧色，固请移营江干就水师。国籓曰：“无故退军，兵家所忌。”卒不从，使人间行檄鲍超、张运兰亟引兵会。身在军中，意气自如，时与宾佐酌酒论文。自官京朝，即日记所言行，后履危困无稍间。国籓驻祁门，本资饷江西，及景德失，议者争言取徽州通浙米。乃自将大军次休宁，值天雨，八营皆溃，草遗嘱寄家，誓死守休宁。適宗棠大破贼乐平，运道通，移驻东流。多隆阿连败贼桐城，鲍超一军游击无定居，林翼复遣将助之。十一年八月，国荃遂克安庆。捷闻，而文宗崩，林翼亦卒。穆宗即位，太后垂帘听政，加国籓太子少保衔，命节制江苏、安徽、江西、浙江四省。国籓惶惧，疏辞，不允，朝有大政，咨而后行。
当是时，伪天王洪秀全僭号踞金陵，伪忠王李秀成等犯苏、沪，伪侍王李世贤等陷浙杭，伪辅王杨辅清等屯宁国，伪康王汪海洋窥江西，伪英王陈玉成屯庐州，捻首苗霈霖出入颍、寿，与玉成合，图窜山东、河南，众皆号数十万。国籓与国荃策进取，国荃曰：“急捣金陵，则寇必以全力护巢穴，而后苏、杭可图也。”国籓然之。乃以江宁事付国荃，以浙江事付宗棠，而以江苏事付李鸿章。鸿章故出国籓门，以编修为幕僚，改道员，至是令从淮上募勇八千，选良将付之，号“淮军”。同治元年，拜协办大学士，督诸军进讨。於是国荃有捣金陵之师，鸿章有征苏、沪之师，载福、玉麟有肃清下游之师；大江以北，多隆阿有取庐州之师，续宜有援颍州之师；大江以南，鲍超有攻宁国之师，运兰有防剿徽州之师，宗棠有规复全浙之师：十道并出，皆受成於国籓。
贼之都金陵也，坚筑壕垒，饷械足，猝不可拔。疾疫大作，将士死亡山积，几不能军。国籓自以德薄，请简大臣驰赴军，俾分己责，上优诏慰勉之，谓：“天灾流行，岂卿一人之咎？意者朝廷政多缺失，我君臣当勉图禳救，为民请命。且环顾中外，才力、气量无逾卿者！时势艰难，无稍懈也。”国籓读诏感泣。时洪秀全被围久，召李秀成苏州，李世贤浙江，悉众来援，号六十万，围雨花台军。国荃拒战六十四日，解去。三年五月，水师克九洑洲，江宁城合围。十月，鸿章克苏州。四年二月，宗棠克杭州。国籓以江宁久不下，请鸿章来会师，未发，国荃攻益急，克之。江宁平，天子褒功，加太子太傅，封一等毅勇侯，赏双眼翎。开国以来，文臣封侯自是始。朝野称贺，而国籓功成不居，粥粥如畏。穆宗每简督抚，辄密询其人，未敢指缺疏荐，以谓疆臣既专征伐，不当更分黜陟之柄，外重内轻之渐，不可不防。
初，官军积习深，胜不让，败不救。国籓练湘军，谓必万众一心，乃可办贼，故以忠诚倡天下。其后又谓淮上风气劲，宜别立一军。湘勇利山径，驰骋平原非所长，且用武十年，气亦稍衰矣，故欲练淮士为湘勇之继。至是东南大定，裁湘军，进淮军，而捻匪事起。
捻匪者，始於山东游民相聚，其后剽掠光、固、颍、亳、淮、徐之间，捻纸燃脂，故谓之“捻”。有众数十万，马数万，蹂躏数千里，分合不常。捻首四人，曰张总愚、任柱、牛洪、赖文光。自洪寇、苗练尝纠捻与官军战，益悉攻斗，胜保、袁甲三不能御。僧格林沁征讨数年，亦未能大创之。国籓闻僧军轻骑追贼，一日夜三百馀里，曰：“此於兵法，必蹶上将军。”未几而王果战殁曹州，上闻大惊，诏国籓速赴山东剿捻，节制直隶、山东、河南三省，而鸿章代为总督，廷旨日促出师。国籓上言：“楚军裁撤殆尽，今调刘松山一军及刘铭传淮勇尚不足。当更募徐州勇，以楚军之规模，开齐、兗之风气；又增募马队及黄河水师，皆非旦夕可就。直隶宜自筹防兵，分守河岸，不宜令河南之兵兼顾河北。僧格林沁尝周历五省，臣不能也。如以徐州为老营，则山东之兗、沂、曹、济，河南之归、陈，江苏之淮、徐、海，安徽之庐、凤、颍、泗，此十三府州责之臣，而以其馀责各督抚。汛地有专属，则军务乃渐有归宿。”又奏：“扼要驻军临淮关、周家口、济宁、徐州，为四镇。一处有急，三处往援。今贼已成流寇，若贼流而我与之俱流，必致疲於奔命。故臣坚持初议，以有定之兵，制无定之寇，重迎剿，不重尾追。”然督师年馀，捻驰突如故。将士皆谓不苦战而苦奔逐，乃起张秋抵清江筑长墙，凭运河御之，未成而捻窜襄、邓间，因移而西，修沙河、贾鲁河，开壕置守。分地甫定，而捻冲河南汛地，复突而东。时议颇咎国籓计迂阔，然亦无他术可制捻也。
山东、河南民习见僧格林沁战，皆怪国籓以督兵大臣安