杭。命曾国籓统辖苏、皖、赣、浙军务，节制巡抚、提督以下各官；瑞昌帮办浙江军务，太常寺少卿左宗棠赴浙江剿贼，调遣提、镇以下官。丙子，申谕郊配仍以三祖五宗为定，皇考祔庙称宗。起用予告大学士祁俊藻、翁心存、前太常寺卿李棠阶。籍陈孚恩家，下狱治罪。官军复无为及随州。丁丑，申诫廷臣遇事因循。谕官文、曾国籓等妥筹剿抚苗练。粤匪陷萧山、绍兴及江山、常山，趣左宗棠军速援。己卯，释贝子德勒克色楞于狱。辛巳，廷臣议上垂帘章程，懿旨依议。诏开恩科。初，乌拉停捕珠八年。至是，谕仍停办。壬午，陈孚恩戍新疆。命侍郎宝鋆、董恂在总理各国事务衙门办事。甲申，法兵去天津。
十一月乙酉朔，上奉慈安皇太后、慈禧皇太后御养心殿垂帘听政。丙戌，谕各省习教交涉，分别良莠，持平办理。丁亥，谕定户部五宇钞票侵款者罪。复熙麟等官。庚寅，命各军保荐将才。壬辰，山东教匪作乱，成禄等剿平之，匪首延秀轮伏诛。甲午，先是张亮基言云南副将何有保戕邓尔恆，疑徐之铭主使。至是，之铭饰奏军功，为有保请奖，谕福济察办，撤任严参。乙未，石达开窜绥宁。庚子，谕中外举人才，以曾国籓、胡林翼、骆秉章为法。辛丑，粤匪陷绍兴、诸暨，褫王履谦职逮问。壬寅，福济以畏葸取巧褫职。赏潘铎二品顶戴，署云贵总督。僧格林沁剿寿张等处会匪，大捷。癸卯，命彭玉麟帮办袁甲三军务。官军复来安。乙巳，给事中高延祜劾徐之铭贪淫荒谬，及滇省练党纵恣。谕潘铎查办。丁未，诏各省察举循良，并访学行该备之士。庚戌，以吴棠为江宁布政使，兼署漕运总督，督办江北粮台。癸丑，粤匪陷处州。
十二月甲寅朔，谕曾国籓通筹进剿机宜。乙卯，谕谭廷襄赴东昌筹河防。濮、范教匪平。丁巳，胜保奏收抚匪首刘占考、宋景诗。戊午，国瑞军复范县。粤匪陷宁波、镇海暨绍兴各属。己未，谕整顿盐务。辛酉，命左宗棠迅速援杭，张运兰归调遣，得专奏军事。壬戌，命江宁副都统魁玉帮办镇江军务。以毛鸿宾言，谕督抚及统兵大臣因地选将，毋专恃楚勇。袁甲三军复定远。允廓尔喀例贡改丁卯年呈进。乙丑，福建会匪陷福鼎，寻复之。河南捻匪窜枣阳。丁卯，曾国籓辞节制四省军务，不允。己巳，上孝德皇后尊谥曰孝德温惠诚顺慈庄恭天赞圣显皇后。兵部侍郎庆英有罪褫职，戍新疆。以青海札萨克贝勒纲僧却多布为左翼盟长。辛未，褫毓科职，擢沈葆桢为江西巡抚。命恭亲王、醇亲王督瑞麟、文祥等管理神机营。曾国籓奏派道员李鸿章统水陆军赴镇江规复苏、常，允之。定登莱青道驻烟台，监督东海关税务。壬申，降端华、载垣世爵为不入八分辅国公。甲戌，免安徽、江苏、浙江被贼来年额赋。乙亥，允江忠义终制，田兴恕兼署贵州巡抚，旋以韩超署任。命张亮基督办云南军务，徐之铭免云南巡抚，以亮基署之。丁丑，多隆阿军进攻庐州。石达开窜沅江、黔阳，偪川境，谕骆秉章、田兴恕合击之。两淮粤匪陷杭州，瑞昌、王有龄死之。褫闽浙总督庆端职，留任。以左宗棠为浙江巡抚。彭玉麟辞巡抚，请专办贼，许之，以为水师提督。调李续宜为安徽巡抚，严树森为湖北巡抚。以郑元善为河南巡抚。戊寅，祁俊藻以大学士衔为礼部尚书。改彭玉麟以兵部侍郎候补。庚辰，捻匪围颍州。胜保论劾严树森，谕令“反躬自责，保全名节，副皇考委任之意”。以薛焕言，谕总理各国事务衙门与英、法筹商借兵剿贼。壬午，追封皇弟二阿哥为悯郡王。趣左宗棠进取浙江。命胜保率部赴颍州。癸未，僧格林沁击窜匪于曹州河南岸，殄之。
同治元年壬戌春正月甲申朔，慈安皇太后、慈禧皇太后御慈宁宫，上率王大臣行礼。御乾清宫受贺。自是每岁皆如之。命麟魁、曾国籓协办大学士。乙酉，诏酌撤亩捐、釐捐，拊循从征将士家室，抚慰伤亡兵勇子孙。以江西肃清，赏鲍超黄马褂。李世忠复六合，赏亦如之。丙戌，谕曾国籓、左宗棠保衢州进解徽州围。命曾国籓选将保上海。调蒋益澧部赴左宗棠军。庚寅，胜保移军颍州，命副都统遮克敦布、道员王榕吉接办防务。辛卯，川军复丹棱，匪首蓝潮鼎伏诛。官军复平越。壬辰，李世忠军复天长。癸巳，粤匪李秀成陷奉贤、南汇、川沙。命都兴阿以艇师厄吴淞口。丙申，乐斌以纵匪殃民，解任讯办。命麟魁署陕甘总督，与沈兆霖剿抚撒回。粤匪窜偪上海。薛焕言英、法各员协同防剿。上嘉之。丁酉，初，绵性请改徵回赋，景廉赴阿克苏勘办之。及是，景廉覆劾，绵性坐褫职，寻戍吉林。回子郡王爱玛特解回库车管束。申诫回疆各大臣勿再摊徵。命英蕴察禁私典阿克苏各城回地。戊戌，粤匪犯镇江，冯子材军击退之。捻匪窜沭阳。谕僧格林沁南北兼顾。官军复莘县。己亥，麟魁卒。李世忠军克江浦、浦口。撤庆端任，命耆龄赴闽接办援浙军务。庚子，擢鲍超为浙江提督，冯子材为广西提督。癸卯，命乔松年督办沿江团练。丙午，前安徽巡抚翁同书以失寿州、定远，褫职逮问，寻论斩。丁未，加铸阿克苏钱。戊申，文煜等上北塘防守事务，允行。英、法留兵驻大沽砲台。云南官军复丽江，回匪窜昆明。庚戌，粤匪窜松江，官军合外兵迎剿，大败之。洋将美人华尔原