辛亥，布彦泰奏，库存回布四十万匹，请变通折征，允之。甲寅，夏至，祭地于方泽，恭奉宣宗成皇帝配享。庚申，贼陷湖南道州。赛尚阿留守桂林，檄江忠源、张国樑移兵湖南。
六月甲申，查办山东赈务。杜受田、怡良疏言漕船入东，先行起卸，以资散放。丙戌，命赛尚阿赴湖南督办军务，徐广缙接办广西军务。丁亥，策立皇后钮祜禄氏。癸巳，僧格林沁奏劾御前大臣郑亲王端华修改大考侍讲学士保清试卷，阻止不听，骄矜亢愎，难与共事。诏端华退出御前大臣，保清褫职。戊戌，以慧成为河东河道总督。
秋七月己未，广东罗镜凌十八股匪剿平，上嘉奖之。乌什办事大臣春熙奏，回匪铁完库里霍卓窜扰乌什，官兵击退。诏参赞详查以闻。甲子，诏军务未竣，需材孔亟，其有知兵之人，所在保举录用。诏直省修整城垣。丙寅，协办大学士杜受田卒。丁卯，罗绕典奏，行抵长沙，闻知贼由道州窜出江华、永明、桂阳、嘉禾，诚恐衡郡有失，省垣亦应预防。得旨，即妥筹办理。戊辰，给事中袁甲三劾定郡王载铨、尚书恆春、侍郎书元，迭查有迹，各予谴责，其题咏载铨息肩图各员，并下部议处。庚午，奕山、布彦泰奏，回匪倭里罕纠约布鲁特突入卡伦，官兵击卻之。壬申，洪秀全攻陷郴州。甲戌，常大淳奏岳州宜筹防堵，诏徐广缙拨兵前往。以麟魁为刑部尚书。
八月己卯朔，向荣以称病规避夺职，遣戍新疆，寻留军自效。以福兴为广西提督。癸未，初举经筵。甲申，诏湖广督抚：“湖南之洞庭湖、湖北之大江，均有捕鱼小船及经商大船数千百只，亟宜收集，免为贼用。其各船水手习于风涛，堪充水勇，其即留心招集。”己丑，罗绕典、骆秉章奏，贼匪陷安仁、攸县，进图省城。敕赛尚阿速解省围。庚寅，命廷臣会筹军储。调常大淳为山西巡抚，以罗绕典为湖北巡抚，张芾署江西巡抚。甲辰，命暂免四川、江西商贩运往湖北米税。调福建、浙江兵一千名赴江西防堵。
九月己酉，诏赛尚阿视师无功，贻误封疆，褫职逮问，籍其家。辛亥，以载铨为步军统领，以讷尔经额为大学士，禧恩协办大学士。甲寅，获西宁番贼阿里克公住，斩之。命骆秉章暂留湖南会办。戊午，上谒东陵。恤湖南阵亡总兵福诚等世职。己未，常大淳奏贼将北窜，防御兵单。命徐广缙拨兵赴岳州助防。丁卯，上还京。
冬十月辛巳，上临赠大学士杜受田第赐奠，加其父杜堮礼部尚书衔。甲申，黄宗汉奏请浙江新漕改由海运，从之。壬辰，季芝昌免，以吴文镕为闽浙总督。
十一月丁未朔，日有食之。丁巳，贼陷岳州。戊午，起琦善署河南巡抚。辛酉，诏徐广缙分兵防守武昌、汉阳、荆州，陆建瀛、蒋文庆各就地势扼要严防。癸亥，以贼近湖北，敕琦善严防河南边境，诏张芾严防沿江要隘。甲子，以文庆为户部尚书。癸酉，贼陷汉阳，命陆建瀛驰赴上游防堵。乙亥，复向荣提督衔。诏在籍侍郎曾国籓督办团练。调福珠洪阿为江南提督。
十二月丁丑，敕各省绅士在籍办理团练。命四品京堂胜保从军河南。癸巳，贼陷武昌，巡抚常大淳死之。上切责督军大臣不筹全局，拥兵自卫，逮徐广缙治罪。以向荣为钦差大臣，督办军务，张亮基署湖广总督。以叶名琛为两广总督，柏贵为广东巡抚。癸卯，向荣奏贼连陷武、汉，搭有浮桥，必须多备砲船，将桥焚毁，方可进剿。得旨：“刑部郎中卢应翔所带砲船，曾在长沙击贼，即迅赴军前。”甲辰，吉林、黑龙江徵兵到京。得旨：“每起间二日起行，带兵官严守纪律，不得多索车辆，骚扰驿站。”祫祭太庙。
是岁，免直隶四十二州县、山西一府灾赋，浙江四十八州县缓徵银米各有差。朝鲜、暹罗入贡。
三年癸丑春正月丁未，调青州副都统常青兵移防豫、楚。戊申，张亮基奏，贼目萧朝贵实在长沙城外轰毙，起获尸身，验明枭剉。己酉，蒋文庆奏城薄兵单，移调东西梁山兵勇来城防御。癸丑，向荣奏，武昌踞贼抬砲上船，意欲逃窜。陆应穀奏，侦得贼匪开年有东窜安庆、江宁之信。敕向荣多方侦备，迎击兜剿。甲寅，敕步军统领、前锋统领整备军实，盘诘奸宄。甲子，贼陷九江，陆建瀛退守江宁。赛尚阿论斩，革其子崇绮等官职。丁卯，命工部左侍郎吕贤基回安徽办防，加周天爵侍郎衔，会办防务。壬申，陆建瀛褫职逮问，以祥厚为钦差大臣。癸酉，以山西、陕西、四川三省绅民捐输军饟，加乡试中额、生员学额。甲戌，贼陷安庆，蒋文庆死之，命周天爵署安徽巡抚。予江西阵亡总兵恩长世职。
二月丙子朔，诏：“京师八旗营兵十五万之多，该管大臣勤加训练。”赠恤湖北殉难学政冯培元加侍郎，谥文介，布政使梁星源谥敏肃，按察使瑞元谥端节，及知府以下官各予世职、建专祠，提督双福、总兵官王锦绣附常大淳祠。丁丑，释奠先师孔子。遣少卿雷以諴、侍讲学士晋康往南河，少詹事王履谦赴东河，会办防务。癸未，上临雍讲学，加衍圣公孔繁灝太子太保。丁亥，敕文臣三品以上养廉以四成、武臣二品以上以二成充军饟。户部请办商捐、户输，上不许。壬辰，贼陷江宁，将军祥厚、提督福珠洪阿等死之。以怡良为两江总督，命慧成