数十，歼贼数百。又与额森特、海兰察合军，攻下色淜普山南贼碉，遂尽破喇穆喇穆诸碉卡，并取日则丫口。再进克嘉德古碉，攻逊克尔宗西北寨。贼潜袭我军后，福康安击之退。贼以距勒乌围近，屡夜出击我师，福康安与战屡胜。
阿桂虑贼守隘不时下，改道自日尔巴当噶路入；檄福康安攻下达尔扎克山诸碉。再进，攻格鲁克古，率兵裹粮，夜逾沟攀崖，自山隙入当噶海寨，克陡乌当噶大碉、桑噶斯玛特木城石卡。再进，克勒吉尔博寨。阿桂令福康安将千人从海兰察赴宜喜，自甲索进攻得楞山，焚萨克萨古大小寨数百，渡河取斯年木咱尔、斯聂斯罗市二寨。再进，次荣噶尔博山。擢内大臣，赐号嘉勇巴图鲁。再进，至章噶。福康安偕额森特攻巴木图，登直古脑山，拔木城、碉寨五十，焚冷角寺，遂克勒乌围。
阿桂令取道达乌围进攻噶拉依，分其军为七队，福康安率第一队，夺达沙布果碉、当噶克底、绰尔丹诸寨为木栅，断科思果木走雅玛朋道。进克达噶木碉二，阿穰曲前峰碉木城各二十。焚奔布鲁木护起寨。取舍勒图租鲁傍碉一、寨二，格什格章寨一，萨尔歪碉寨三，阿结占寨二。陟科布曲山梁，尽得科布曲诸寨。四十一年春，再进，克舍齐、雍中二寺。自拉古尔河出噶拉依之右，移砲击其寨。噶拉依既下，金川平。论功，封福康安三等嘉勇男。师还，郊劳，赐御用鞍辔马一。饮至，赐缎十二端、白金五百。图形紫光阁，赐双眼花翎。授正白旗满洲都统，出为吉林、盛京将军。
授云贵总督。南掌贡象，自陈为交趾所侵，乞以馀象易砲。福康安谕以国家法制有定，还其象，不予砲。疏入，上深韪之。移四川总督，兼署成都将军。四川莠民为寇盗，号啯匪，命福康安捕治。逾年，福康安疏言盗已徐戢，陈善后诸事。擢御前大臣，加太子太保。召还京，署工部尚书。授兵部尚书、总管内务府大臣。
四十九年，甘肃回田五等立新教，纠众为乱。授参赞大臣，从将军阿桂讨贼。旋授陕甘总督。师至隆德，田五之徒马文熹出降。攻双岘贼卡，贼拒战，阿桂令海兰察设伏，福康安往来督战，歼贼数千，遂破石峰堡，擒其渠。以功，进封嘉勇侯。转户、吏二部尚书，协办大学士。
五十二年，台湾林爽文为乱，命福康安为将军，而以海兰察为参赞大臣，督师讨之。时诸罗被围久，福建水师提督柴大纪坚守。上褒大纪，改诸罗为嘉义，以旌其功。陆路提督蔡攀龙督兵赴援，围未解。福康安师至，道新埤，援嘉义，与贼战仑仔顶，克俾长等十馀庄。会日暮，雨大至，福康安令驻师土山巅，贼经山下，昏黑无所见，发铳仰击。福康安戒诸军士毋动。既曙，雨霁，海兰察已自他道入，师与会，围解。进一等嘉勇公，赐红宝石帽顶、四团龙补服。
大纪以方在围中，谒福康安未具櫜鞬礼，福康安衔之，疏论大纪骫法、牟利诸罪状，并及攀龙陈战状不实。上以大纪困危城久，攀龙亦有劳，意右之，诏谓“二人或稍涉自满，在福康安前礼节不谨，为所憎，遂直揭其短”，戒福康安宜存大臣体。然大纪卒以是坐死。时论冤大纪，亦深非福康安嫉能，不若傅恆远也。福康安复劾攀龙，左迁；而福州将军恆瑞师逗遛不进，福康安与有连，力庇之，诏亦斥其私。
福康安既解嘉义围，令海兰察督兵追捕爽文，槛致京师；复得副贼庄大田。台湾平，赐黄腰带、紫缰、金黄辫珊瑚朝珠。命台湾、嘉义皆建生祠塑像，再图形紫光阁。疏请募熟番补屯丁，并陈善后诸事，要在习戎事，除奸民，清吏治，肃邮政，上悉从之。旋授闽浙总督。
五十四年，安南阮惠攻黎城，孙士毅师退。上移福康安两广总督，诏未至，福康安疏请往莅其事。上奖福康安忠，谓：“大臣视国如家，休戚相关，当若此也。”惠更名光平，乞输款，福康安为疏陈，请罢兵，上允之。御史和琳劾湖北按察使李天培为福康安致木材，令湖广粮船运京师，福康安疏请罪。上手诏谓阮光平方入朝，特宽之；命夺职留任，仍罚总督俸三年、公俸十年。五十五年，福康安率光平朝京师，以获盗免罚总督俸。
五十六年，廓尔喀侵后藏，命福康安为将军，仍以海兰察为参赞大臣，督师讨之，免罚公俸。五十七年三月，福康安师出青海，初春草未盛，马瘠，粮不给，督诸军速进。行四十日，至前藏，自第理浪古如绒辖、聂拉木，察地势，疾行向宗喀，至辖布基。诸道兵未集，督所部分六队，趋擦木，潜登山，夺贼前后二碉，歼贼渠三、贼二百馀，擒十馀。进次玛噶尔辖尔甲山梁，贼渠手红旗，拥众登，令设伏诱贼进，至山半，伏起横击，搴旗贼尽殪。进攻济陇，济陇当贼要隘，大碉负险，旁列诸碉卡，相与为犄角；乃分兵先翦其旁诸碉卡，并力攻大碉，缚大木为梯，督兵附碉登，毁垒。战自辰至亥，克其寨，斩六百，擒二百。捷闻，上为赋志喜诗书扇，并解御用佩囊以赐。
六月，自济陇入廓尔喀境，进克索勒拉山。度热索桥，东越峨绿山，自上游潜渡。越密里山，攻旺噶尔，克作木古拉巴载山梁。攻噶勒拉、堆补木诸山，破甲尔古拉、集木集两要寨。转战深入七百馀里，六战皆捷。上诏褒福康安劳，授武英殿大学士。福康安恃