二年，上以罗卜藏丹津负国，叛不可宥，授锺琪奋威将军，趣羹尧进兵。西宁东北郭隆寺喇嘛应罗卜藏丹津为乱，羹尧令锺琪及素丹等督兵讨之，贼屯哈拉直沟以拒。师奋入，度岭三，毁寨十。可进、喜林及总兵武正安皆有斩馘，复毁寨七，焚所居室。至寺外，贼伏山谷间，聚薪纵火，贼歼焉，杀贼六千馀，毁寺，诛其渠。青海贝勒罗卜藏察罕、贝子济克济札布、台吉滚布色卜腾纳汉将母妻诣羹尧请内属，羹尧予以茶叶、大麦，令分居边上。羹尧遣锺琪、正安、喜林、可进及侍卫达鼐，副将王嵩、纪成斌将六千人深入，留素丹西宁佐治事。
二月，锺琪师进次伊克喀尔吉，搜山，获阿尔布坦温布，喜林亦得其酋巴珠尔阿喇布坦等。师复进，羹尧诇知阿冈都番助敌，别遣凉庄道蒋泂等督兵攻之，戮其囊素。复击破石门寺喇嘛，杀六百馀人，焚其寺。锺琪师复进次席尔哈罗色，遣兵攻噶斯，逐吹拉克诺木齐。三月，锺琪师复进次布尔哈屯。罗卜藏丹津所居地曰额母讷布隆吉，锺琪督兵直入，分兵北防柴旦木，断往噶斯道。罗卜藏丹津走乌兰穆和兒，复走柴旦木，师从之，获其母阿尔太哈屯及其戚属等，并男妇、牛羊、驼马无算。分兵攻乌兰白克，获吹拉克诺木齐及助乱八台吉。时藏巴扎布已先就擒，罗卜藏丹津以二百馀人遁走。青海部落悉平。论功，进羹尧爵一等，别授精奇尼哈番，令其子斌袭，封遐龄如羹尧爵，加太傅；并授素丹、可进三等阿达哈哈番，喜林二等阿达哈哈番，按察使王景灝及达鼐、瑛、嵩、成斌拜他喇布勒哈番，提督郝玉麟及正安拖沙喇哈番。
阿拉布坦苏巴泰等截路行劫，羹尧令继宗往剿，逐至推墨尔，阿拉布坦苏巴泰将妻子遁走。成斌等搜戮馀贼至梭罗木，击斩堪布夹木灿垂扎木素。羹尧遣达鼐及成斌攻布哈色布苏，获台吉阿布济车陈；又遣副将岳超龙讨平河州塞外铁布等七十八寨，杀二千一百馀人，得人口、牲畜无算。羹尧执吹拉克诺木齐、阿尔布坦温布、藏巴扎布槛送京师。上祭告庙、社、景陵、御午门受俘。羹尧策防边诸事，以策妄阿喇布坦遣使乞降，请罢北征师，分驻巴里坤、吐鲁番、哈密城、布隆吉尔驻兵守焉，辖以总兵，每营拨馀丁屯赤金卫、柳沟所田；设同知理民事，卫守备理屯粮，游牧蒙古令分居布隆吉尔迤南山中。宁夏边外阿拉善以满洲兵驻防。上悉从所请。
庄浪边外谢尔苏部土番据桌子、棋子二山为巢，皆穴地而居，官军驻其地，奴使之；兵或纵掠，番御之，尽歼，置不问，番始横。凉州南崇寺沙马拉木扎木巴等掠新城张义诸堡。又有郭隆寺逸出喇嘛，与西宁纳硃公寺、朝天堂、加尔多寺诸番相结，纠谢尔苏部土番谋为乱。羹尧遣锺琪等督兵讨之，纳硃公寺喇嘛降。师进次朝天堂，遣成斌、喜林及副将张玉等四道攻加尔多寺，杀数百人，馀众多入水死，焚其寺。游击马忠孝、王大勋战和石沟，王序吉、范世雄战石门口，泂战喜逢堡，苏丹师次旁伯拉夏口，土番伪降，诇之，方置伏，纵兵击之，所杀伤甚众。泂搜剿棋子山，逐贼巴洞沟，土司鲁华龄逐贼天王沟，先密寺喇嘛缚其渠阿旺策凌以献。师入，转战五十馀日，杀土番殆尽。羹尧以先密寺喇嘛反覆不常，并焚其寺，徙其众加尔多寺外桌子山；馀众降，羹尧令隶华龄受约束。
条上青海善后诸事，请以青海诸部编置佐领。三年一入贡，开市那拉萨拉。陕西、云南、四川三省边外诸番，增设卫所抚治。诸庙不得过二百楹，喇嘛不得过三百。西宁北川边外筑边墙，建城堡。大通河设总兵，盐池、保安堡及打箭炉外木雅吉达、巴塘、里塘诸路皆设兵。发直隶、山西、河南、山东、陕西五省军罪当遣者，往大通河、布隆吉尔屯田；而令锺琪将四千人驻西宁，抚绥诸番。下王大臣议行。十月，羹尧入觐，赐双眼花翎、四团龙补服、黄带、紫辔、金币。叙功，加一等阿思哈尼哈番世职，令其子富袭。
羹尧才气凌厉，恃上眷遇，师出屡有功，骄纵。行文诸督抚，书官斥姓名。请发侍卫从军，使为前后导引，执鞭坠镫。入觐，令总督李维钧、巡抚范时捷跪道送迎。至京师，行绝驰道。王大臣郊迎，不为礼。在边，蒙古诸王公见必跪，额驸阿宝入谒亦如之。尝荐陕西布政使胡期恆及景灝可大用，劾四川巡抚蔡珽逮治，上即以授景灝，又擢期恆甘肃巡抚。羹尧仆桑成鼎、魏之耀皆以从军屡擢，成鼎布政使，之耀副将。羹尧请发将吏数十从军，上许之。觐还，即劾罢驿道金南瑛等，而请以从军主事丁松署粮道。上责羹尧题奏错误，命期恆率所劾官吏诣京师。三年正月，珽逮至，上召入见，备言羹尧暴贪诬陷状，上特宥珽罪。
二月庚午，日月合璧，五星联珠，羹尧疏贺，用“夕惕朝乾”语，上怒，责羹尧有意倒置，谕曰：“羹尧不以朝乾夕惕许朕，则羹尧青海之功，亦在朕许不许之间而未定也。”会期恆至，入见，上以奏对悖谬，夺官。上命更定打箭炉外增汰官兵诸事，不用羹尧议。四月，上谕曰：“羹尧举劾失当，遣将士筑城南坪，不惜番民，致惊惶生事，反以降番复叛具奏。青海蒙古饥馑，匿不上闻。怠玩昏愦，不可复任总督，改授杭州将军。”而以锺琪署总督，命上抚远大将军印。羹尧既受代，疏言