宜取汉中、兴安，规四川。臣原精选所部步骑五千，独当一路。”上览奏嘉许，下图海。图海议先破栈道、益门镇诸处贼垒，分四道进取；而凉州提督孙思克疏请缓师，得旨切责。乃以十月定师期，良栋将所部出徽县。师进破密树关，遣兵袭黄渚关分敌势，大战，破三桂兵，克徽县。思克出略阳，方次阶州。良栋师自徽县进克略阳，三桂将吴之茂败走。良栋复进取阳平关，徇沔县。进宝出凤县定汉中，良栋与会师宁羌，各奏捷。授良栋勇略将军，仍领宁夏提督。
十九年，良栋与进宝分道进次白水坝，三桂兵夹江而阵，江水方涨，不得舟，贼矢石如雨。良栋令於众曰：“视我鞭所向，敢退者斩！”一军皆奋呼。良栋擐甲，骤马乱流而渡，师从之，敌发砲，伤数十人，无回顾者。三桂兵错愕奔溃，逐之过青川，败之石峡沟，再败之青箐山，下龙安府，渡明月江，经绵竹。三桂兵尽溃，所置巡抚张文德及其将汪文元等皆降，遂复成都，盖出师甫十日。上奖良栋功，擢云贵总督，加兵部尚书，仍领将军。良栋念宁夏当有代者，镇兵且不能从征，疏辞总督，上弗许。部议宁夏改设总兵，上即授良栋子廕生弘灿，仍将镇兵从征。
时进宝亦克保宁，与建威将军吴丹等徇顺庆、重庆、遵义，皆下。良栋分遣游击冶国用等西徇雅州，复象岭、建昌诸卫。东略叙州，定纳溪、永宁诸县。疏请敕陕西、四川督抚诸臣合筹运饷济军。师自四川分道：一自保宁出永宁，达霑益；一自成都出建昌，达武定。并下云南。上韪其言，谕诸将帅协谋定策。寻议吴丹出永宁，良栋出建昌。吴世璠遣其将胡国柱、夏国相等攻陷永宁，犯泸州、叙州，复聚窥建昌。良栋檄总兵硃衣客将八千人援建昌，硃衣客战不胜，退驻雅州。建昌守兵食尽，弃城走。良栋劾吴丹拥兵不进，致永宁陷贼，并及硃衣客引退状，诏解吴丹将军以授佛尼埒，逮硃衣客下刑部。
二十年，良栋率师次朝天关，遣弘灿出马湖绕贼兵后，战凤凰村，再战观音崖。贼据崖，弘灿督兵攀崖袭其后，馘三百，俘八十馀。令总兵李芳述、偏图等逐至黄茅冈，贼分三道拒战，弘灿分兵应之，自旦至暮，大破贼，斩其将沈明、张文祥，国柱等遁走。复泸州、叙州，遂克永宁，徇荣经。良栋与会师夹江，克雅州，进复建昌。渡金沙江，次武定。
大将军贝子彰泰统湖广、广西诸路满、汉兵四十万下云南，攻会城，屯城东归化寺，西亘碧鸡关，连营四十里，前临昆明湖，湖中不设兵。世璠收馀众固守，自水道转运，相持数月未下。九月，良栋至军，周视营垒，请於彰泰曰：“我师不速战，相持日久，粮不继，何以自存？”彰泰曰：“皇上豢养满洲兵，岂可轻进委之於敌？且尔兵初来，亦宜体养，何可令其伤损？”良栋不从，率所部夜攻南坝，破垒夺桥，遂薄城。彰泰语良栋：“尔兵攻已瘁，宜暂退，令总督蔡毓荣代守。”良栋曰：“我兵死战所得地，奈何令他人守乎？”於是彰泰令诸军悉进，世璠兵出城，战於桂花寺，诸军皆奋斗，世璠兵大败，乃自杀，馀众以城降。云南平。
自三桂镇云南，至世璠覆亡，历年久，子女玉帛充积饶富。城破，诸将争取之，独良栋无所取，戢所部兵丝毫毋敢犯。
硃衣客就逮，具疏辨，谓良栋与兵少，又无后应，是以退还。进宝亦疏谓建昌之陷，罪在良栋。良栋复劾硃衣客欺饰狡辨，且谓辨疏出进宝。上以军事急，命俟事平察议。云南既定，召良栋诣京师，进宝亦入觐，谕曰：“当贼据汉中负固，诸将咸谓恢复为难，独良栋首发议进剿，与进宝同取汉中。嗣因意见不相合，遂分道克成都，而进宝亦取保宁。成都不下，保宁未易拔；保宁不下，成都未易守：是二将并有功也。时贼皆入川抗战，我师乘虚自沅州、镇远取贵阳，川中寇复张，已复之疆土几至再陷，则二将不能和衷之所致也。二将不谙大体，私忿攻讦。朕念其功绩并茂，惟欲保全，互讦章奏，皆置不问，但论失援建昌罪。”部议硃衣客论斩，吴丹夺官籍没，良栋夺官。上命硃衣客免死为奴，吴丹夺官，良栋改授銮仪使。
二十二年，良栋疏陈战功，请察议，下王大臣等议：良栋失建昌，以功抵罪；止叙从征将士弘灿、芳述、偏图，并加左都督。良栋寻乞病归。二十五年，上念良栋克云南，廉洁守法纪，复将军、总督原衔。二十七年，入觐，复自陈战功，上命还里牒部具奏。二十八年，授拜他喇布勒哈番。
三十年，噶尔丹扰边，命西安将军尼雅翰等出防宁夏，以军事谘良栋。三十二年，以宁夏总兵冯德昌赴甘州，命良栋暂领镇兵。良栋劾德昌剋军粮，德昌坐罢。三十三年，命良栋率兵驻土喇御噶尔丹，旋召诣京师。三十四年，良栋复自陈战功为大将军图海、彰泰所抑，并咎大学士明珠蔽功，上责其褊隘，还其疏，仍敕部优叙，授一等精奇尼哈番。良栋原留京师，乞田宅。御史龚翔麟劾良栋骄纵，上原之，赉白金二千，令归里。
三十六年，良栋病，尚书马齐自宁夏还，奏状，手诏存问，赐人葠、鹿尾。寻卒，年七十有七。上方征噶尔丹，次榆林，谕曰：“良栋伟男子，著有功绩。性躁心窄，每与人不合，奏事朕前，言语粗率。朕保全功臣，始终优容