br> 七年，孔有德等使通款，而明兵迫之急，上命文程从诸贝勒帅师赴援；文程宣上德意，有德等遂以所部来归。自是破旅顺，收平岛，讨朝鲜，抚定蒙古，文程皆与谋。
崇德元年，改文馆为内三院，以文程为内秘书院大学士，进世职二等甲喇章京。初，旗制既定，设固山额真。诸臣议首推文程，上曰：“范章京才诚胜此，然固山职一军耳，朕方资为心膂。其别议之。”文程所典皆机密事，每入对，必漏下数十刻始出；或未及食息，复召入。上重文程，每议政，必曰：“范章京知否？”脱有未当，曰：“何不与范章京议之？”众曰：“范亦云尔。”上辄署可。文程尝以疾在告，庶务填委，命待范章京病已裁决。抚谕各国书敕，皆文程视草。初，上犹省览，后乃不复详审，曰：“汝当无谬也。”文程迎父楠侍养，尝入侍上食，有珍味，文程私念父所未尝，逡巡不下箸。上察其意，即命彻馔以赐楠，文程再拜谢。
世祖即位，命隶镶黄旗。睿亲王多尔衮帅师伐明，文程上书言：“中原百姓蹇离丧乱，备极荼毒，思择令主，以图乐业。曩者弃遵化，屠永平，两次深入而复返。彼必以我为无大志，惟金帛子女是图，因怀疑贰。今当申严纪律，秋毫勿犯，宣谕进取中原之意：官仍其职，民复其业，录贤能，恤无告。大河以北，可传檄定也。”及流贼李自成破明都，报至，文程方养疴盖州汤泉，驿召决策，文程曰：“闯寇涂炭中原，戕厥君后，此必讨之贼也。虽拥众百万，横行无惮，其败道有三：逼殒其主，天怒矣；刑辱搢绅，拷劫财货，士忿矣；掠人赀，淫人妇，火人庐舍，民恨矣。备此三败，行之以骄，可一战破也。我国上下同心，兵甲选练，声罪以临之，恤其士夫，拯其黎庶。兵以义动，何功不成？”又曰：“好生者天之德也，古未有嗜杀而得天下者。国家止欲帝关东则已，若将统一区夏，非乂安百姓不可。”翌日，驰赴军中草檄，谕明吏民言：“义师为尔复君父仇，非杀尔百姓，今所诛者惟闯贼。吏来归，复其位；民来归，复其业。师行以律，必不汝害。”檄皆署文程官阶、姓氏。
既克明都，百度草创，用文程议，为明庄烈愍皇帝发丧，安抚孑遗，举用废官，蒐求隐逸，甄考文献，更定律令，广开言路，招集诸曹胥吏，徵求册籍。明季赋额屡加，册皆毁於寇，惟万历时故籍存，或欲下直省求新册，文程曰：“即此为额，犹虑病民，其可更求乎？”於是议遂定。论功，并遇恩诏，进一等阿思哈尼哈番加拖沙喇哈番，赐号“巴克什”。复进二等精奇尼哈番。
顺治二年，江南既定，文程上疏言：“治天下在得民心，士为秀民。士心得，则民心得矣。请再行乡、会试，广其登进。”从之。五年正月，定内三院为文臣班首，命文程及刚林、祁充格用珠顶、玉带。七年，睿亲王多尔衮卒。八年，大学士刚林、祁充格以附睿亲王妄改太祖实录，坐死。文程与同官当连坐，上以文程不附睿亲王，命但夺官论赎。是岁即复官。九年，遇恩诏，复进世职一等精奇尼哈番，授议政大臣，监修太宗实录。
时直省钱粮多不如额，一岁至缺四百馀万，赋亏饷绌。文程疏言：“湖广、江西、河南、山东、陕西五省乱久民稀，请兴屯，设道二、同知四，令督抚选属吏廉能敏幹者任之，以选吏当否为督抚功罪。官吏俸廪，初年出兴屯母财，次年以所穫偿。自后皆出所穫，官增而俸不费。屯用牛，若穀种，若农器，听兴屯道发州县仓库以具。屯始驻兵，地荒芜多而水道便者，以次及其馀。地无主，若有主而弃不耕，皆为官屯。民原耕而财不足，官佐以牛若穀种，分所穫三之一，三年后为民业。编保甲，使助守望，绝奸宄。若无财，官畀以佣值。民将逭饥，流亡当大集。初年所穫粮草，听屯吏储留，出陈易新，为次年母财；有馀，畀近屯驻军，勿为额以取盈。三年所穫浸多，僦舟车运以馈饷。毋烦屯吏，毋役屯民，毋用屯牛。屯所在州县吏受兴屯道指挥，屯吏称其职，三岁进二秩，视边俸；不职，责抚按纠举；有所徇，则并坐：所谓信赏必罚也。”上深韪其议。
十年，复与同官疏：“请敕部院三品以上大臣，各举所知，毋问满、汉新旧，毋泥官秩高下，毋避亲疏恩怨，举惟其才，各具专疏，胪举实迹，置御前以时召对。察其论议，覈其行事，并视其举主为何如人，则其人堪任与否，上早所深鉴，待缺简用。称职，量效之大小，举主同其赏；不称职，量罪之大小，举主同其罚。”上特允所请。
上勤於政治，屡幸内院，进诸臣从容谘访。文程每以班首承旨，陈对称上意。尝值端阳，诸臣散直差早，上曰：“乘藉天休，猥图安乐，人情尽然。特欲逸必先劳，俾国家大定，其乐方永。不然，乐亦暂耳。”复言：“人孰无过，能改之为美。成汤盛德，改过不吝。若明武宗嬉游无度，诿罪於其臣，岂修己治人之道耶？”文程因奏：“君明臣良，必交勉释回，始克荷天休，济国事。”上曰：“善。自今以往，朕有过即改。卿等亦宜黾勉，毋忘启沃可也！”上尝命遣官莅各省恤刑，文程言：“前此遣满、汉大臣巡方，虑扰民，故罢。今四方水旱灾伤，民劳未息，宜罢遣使。现禁重囚，令各省巡抚详勘，有可矜疑，奏闻