台湾戒严，命船政大臣沈葆桢渡台设防。葆桢密疏联外交、储利器、储人才、通消息四事。闽浙总督李鹤年亦陈台湾地利，并遣水路各营分往凤山、澎湖等处屯扎。
是月日本攻生番网索、加芝来等社，移兵胁龟仔角社，社番誓不降。帝命福建布政使潘霨赴台湾会商设防。五月，沈葆桢、潘霨率洋将日意格、斯恭塞格至台湾，奏陈理谕、设防、开禁等事，皆报可。初八日，潘霨偕台湾兵备道夏献纶及洋将日意格、斯恭塞格等，乘轮船由安平出海抵琅軿。诣日营，晤中将西乡从道，示以葆桢照会，略云：“生番土地隶中国者二百馀年，杀人者死，律有明条，虽生番岂能轻纵。然此中国分内应办之事，不当转烦他国劳师糜饷。乃闻贵中将忽然以船载兵，由不通商之琅軿登岸。台民惶恐，谓不知开罪何端，使贵国置和约于不顾？及观贵中将照会闽浙总督公文，方知为牡丹社生番戕害琉球难民而起。无论琉球虽弱，侭可自鸣不平。即贵国专意恤邻，亦何妨照会总理衙门商办。乃积累年之旧案，而不能候数日之回文，此中曲直是非，想亦难逃洞鉴。今牡丹社已残毁矣，而又波及于无辜之高士佛等社。来文所称殛其凶首者，谓何也？所称往攻其心者，谓何也？帮办潘布政使自上海面晤贵国柳原公使，已商允退兵，以为必非虚语。乃闻贵中将仍扎营牡丹社，且有将攻卑南社之谣。夫牡丹社戕琉球难民者也。卑南社救贵国难民者也。以德为怨，想贵中将必不其然。第贵中将知会闽浙总督公文，有佐藤利八至卑南番地亦被劫掠之语，诚恐谣传未必无因。夫凫水逃生者，有馀资可劫，天下有劫人之财，肯养其人数月不受值者耶？即谓地方官所报难民口供不足据，贵国谢函俱在，并未涉及劫掠一言。贵国所赏之陈安生，即卑南社生番头目也。所赏之人即所诛之人，贵国未必有此政体。两国和谊，载在盟府，永矢弗谖。本大臣敢不开诚布公，以效愚者之一得，惟高明裁察见覆。”霨复造其营，从道辞以病。霨及献纶遂遣人传各社番目，至者凡十五社，译传大意，皆求保护。因谕令具状，原遵约束，不敢劫杀。霨等宣示国家德意，加以犒赏。番目等咸求设官经理，永隶编氓。霨等因从道不出，将还。从道复来谒，坚以生番非中国版图为词。及示以台湾府志所载生番岁输番饷之数，与各社所具结状，日将始婉谢。请遣人附我轮船，一至上海，致书柳原前光，一请厦门电报本国，暂止添兵。霨等遂返。
初，日本逐牡丹社番踞其地。旋有轮船二先后至，一迳往后山射藔港，一载兵二百、妇人十馀泊射藔港，携食物什具农器，及花果草木各种，分植龟潭、后湾，为久居计。窥我兵力不厚，仍肆要求。沈葆桢请派水师提督彭楚汉率师来台湾。日旋增兵驻风港。沈葆桢急饬营将王开俊由东港进驻枋藔，以戴德一营由凤山驻东港为后应。日人水野遵入猪朥索、高士佛诸社，又自后湾开道达龟山巅，其风港之营将分驻平埔为援应。因遣其通事彭城中平至琅軿，谒委员周有基，讯中国四处布兵何意。有基以巡察应之。葆桢照会日将，劝令回兵。时李鸿章亦深虑台地兵单。及沈葆桢请借拨洋枪队，即奏以提督唐定奎统军赴台湾助防。葆桢亦奏称：“澎湖为台、厦命脉所关，守备单弱，非大枝劲旅，仍无以壮民气而戢戎心。请催迅速前来，庶台、澎气脉藉以灵通，金、厦诸防亦资巩固。”奉旨俞允。潘霨又偕前署镇曾元福等赴凤山旧城募土勇，并励乡团。因亲履海口之打鼓山等处，踏勘要隘，建立兵栅，以待淮军分驻。
是月柳原前光入京先谒李鸿章，鸿章遣道员孙士达往答拜，属以到京后勿言兵费及请觐两事。日本又遣大久保利通入京。美领事毕德格复出任调停，说鸿章仍允照柳原原议三条，并加抚恤赔命。
初，日人刘穆斋在花莲港遭风，破船失银，称社番盗劫。沈葆桢命夏献纶集讯其地居人及船户，查无劫掠失银之事。惟日人欲从生番租地，给有洋银，番目来益不受而止，并缴出日本前给旗物。葆桢因奏言：“日本和约第三条，禁商民不准诱惑土人；第十四条，约沿海未经指定口岸，不准驶入；第二十七条，船只如到不准通商口岸私作买卖，准地方官查拿。今台后歧莱地方，中国所辖，并非通商口岸。此次前赴歧莱之成富清风等，携游历执照，勾引土番，均违和约。现已确查歧莱各社并无窃盗银物。其缴出旗、扇各件，当即发交苏松太道，转给驻沪日本领事收回，将游历执照追销。其违约妄为之处，应由彼国自行查办。并录民、番供结，咨呈总署，牒其外务省，转饬日本领事照章办理，以弭衅端。”从之。命速修安平砲台，及筹办铁甲船。续谕：“日本虽未启兵端，然日久相持，终非了局。现淮军续抵凤山，罗大春业抵苏澳、沪尾、鸡笼等口，调兵扼扎。”葆桢于是设防益严，日人乃谋撤兵。而西乡从道仍迁延不即退，欲牡丹社赔给兵费。
柳原前光既至京，先递照会有“台湾生番为无主野蛮，本不必问之中国”之语。先请觐见。总署责以：“台湾生番系中国地，不应称为‘无主野蛮’。迭次来京，并未与中国商明，何以捏称中国允许日本自行办理？”柳原前光答辩。久之，始议定三条，给抚恤银十万，再给修道建房费四十万两，定期撤兵