丁亥，尚书右仆射王雅卒。壬寅，葬文太后于修平陵。九月癸丑，地震。“冬十一月，宁朔将军高雅之及孙恩战于余姚，王师败绩。以扬州刺史元显为后将军、开府仪同三司、都督扬豫徐兗青幽冀并荆江司雍梁益交广十六州诸军事，前将军刘牢之为镇北将军，封元显子彦璋为东海王。十二月戊寅，有星孛于天市。是岁，河右诸郡奉凉武昭王李玄盛为秦凉二州牧、凉公，年号庚子。
五年春二月丙子，孙恩复寇浃口。吕超杀吕纂，以其兄隆僭即伪位。三月甲寅，众星西流，历太微。夏五月，孙恩寇吴国，内史袁山松死之。沮渠蒙逊杀段业，自号大都督、北凉州牧。六月甲戌，孙恩至丹徒。乙亥，内外戒严，百官入居于省。冠军将军高素、右卫将军张崇之守石头，辅国将军刘袭栅断淮口，丹阳尹司马恢之戍南岸，冠军将军桓谦、辅国将军司马允之、游击将军毛邃备白石，左卫将军王嘏、领军将军孔安国屯中皇堂。征豫州刺史、谯王尚之卫京师。宁朔将军高雅之击孙恩于广陵之郁洲，为贼所执。秋七月，段玑杀慕容盛，盛叔父熙尽诛段氏，因僭称尊号。九月，吕隆降于姚兴。冬十月，姚兴帅侵魏，大败而旋。是岁，饥，禁酒。
元兴元年春正月庚午朔，大赦，改元。以后将军元显为骠骑大将军、征讨大都督，镇北将军刘牢之为元显前锋，前将军、谯王尚之为后部，以讨桓玄。二月丙午，帝戎服饯元显于西池。丁巳，遣兼侍中、齐王柔之以驺虞幡宣告荆、江二州。丁卯，桓玄败王师于姑孰，谯王尚之、齐王柔之并死之。以右将军吴隐之为都督交广二州诸军事、广州刺史。三月己巳，刘牢之叛降于桓玄。辛未，王师败绩于新亭，骠骑大将军、会稽王世子元显，东海王彦璋，冠军将军毛泰，游击将军毛邃并遇害。壬申，桓玄自为侍中、丞相、录尚书事，以桓谦为尚书仆射，迁太傅、会稽王道子于安城。玄俄又自称太尉、扬州牧，总百揆，以琅邪王德文为太宰。临海太守辛景击孙恩，斩之。是月，秃发利鹿孤死，弟辱檀嗣伪位。秋七月乙亥，新蔡王崇为其奴所害。八月庚子，尚书下舍灾。冬十月，冀州刺史刘轨叛奔于慕容德。十二月庚申，会稽王道子为桓玄所害。曲赦广陵、彭城大逆以下。
二年春二月辛丑，建威将军刘裕破徐道覆于东阳。乙卯，桓玄自称大将军。丁巳，冀州刺史孙无终为桓玄所害。夏四月癸巳朔，日有蚀之。秋八月，玄又自号相国、楚王。九月，南阳太守庾仄起义兵，为玄所败。冬十一月壬午，玄迁帝于永安宫。癸未，移太庙神主于琅邪国。十二月壬辰，玄篡位，以帝为平固王。辛亥，帝蒙尘于寻阳。
三年春二月，帝在寻阳。庚寅夜，涛水入石头，漂杀人户。乙卯，建武将军刘裕帅沛国刘毅、东海何无忌等举义兵。丙辰，斩桓玄所署徐州刺史桓修于京口，青州刺史桓弘于广陵。丁巳，义师济江。三月戊午，刘裕斩玄将吴甫之于江乘，斩皇甫敷于罗落。己未，玄众溃而逃。庚申，刘裕置留台，具百官。壬戌，桓玄司徒王谧推刘裕行镇军将军、徐州刺史、都督扬徐兗豫青冀幽并八州诸军事、假节。刘裕以谧领扬州刺史、录尚书事。辛酉，刘裕诛尚书左仆射王愉、愉子荆州刺史绥、司州刺史温详。辛未，桓玄逼帝西上。丙戌，密诏以幽逼于玄，万机虚旷，令武陵王遵依旧典，承制总百官行事，加侍中，余如故。并大赦谋反大逆己下，惟桓玄一祖之后不宥。夏四月己丑，大将军、武陵王遵称制，总万机。庚寅，帝至江陵。庚戌，辅国将军何无忌、振武将军刘道规及桓玄将庾稚、何澹之战于湓口，大破之。玄复逼帝东下。五月癸酉，冠军将军刘毅及桓玄战于峥嵘洲，又破之。己卯，帝复幸江陵。辛巳，荆州别驾王康产、南郡太守王腾之奉帝居于南郡。壬午，督护冯迁斩桓玄于貊盘洲。乘兴反正于江陵。甲申，诏曰：“奸凶篡逆，自古有之。朕不能式遏杜渐，以致播越。赖镇军将军裕英略奋发，忠勇绝世，冠军将军毅等诚心宿著，协助同嘉谋。义声既振，士庶效节，社稷载安，四海齐庆。其大赦，凡诸畏逼事屈逆命者，一无所问。”戊寅，奉神主人于太庙。闰月己丑，桓玄故将扬武将军桓振陷江陵，刘毅、何无忌退守寻阳，帝复蒙尘于贼营。六月，益州刺史毛璩讨伪梁州刺史桓希，斩之。秋七月戊申，永安皇后何氏崩。八月癸酉，祔葬穆帝章皇后于永平陵。九月，前给事中刁骋、秘书丞王迈之谋反，伏诛。冬十月，卢循寇广州，刺史吴隐之为循所败。执始兴相阮腆之而还。慕容德死，兄子超嗣伪位。
义熙元年春正月，帝在江陵。南阳太守鲁宗之起义兵，袭破襄阳。己丑，刘毅次于马头。桓振以帝屯于江津。辛卯，宗之破振将温楷于柞溪，进次纪南，为振所败。振武将军刘道规击桓谦，走之。乘舆反正，帝与琅邪王幸道规舟。戊戌，诏曰：“朕以寡德，夙纂洪绪。不能缉熙遐迩，式遏奸宄。逆臣桓玄乘衅肆乱，乃诬罔天人，篡据极位。朕躬播越，沦胥荒裔，宣皇之基，眇焉以坠。赖镇军将军裕忠武英断，诚冠终古。运谋机始，贞贤协其契；抆泪誓众，义士感其心。故霜戈一挥。巨猾奔迸，三率棱威，大憝授首。而孽振猖狂，嗣凶荆郢。幸天祚社稷，义旗载捷，狡徒沮溃，朕获反正。斯实宗庙