自立。以军司谢奕为使持节、都督、安西将军、豫州刺史。秋七月，苻坚将张平以并州降，遂以为并州刺史。八月丁未，立皇后何氏，大赦，赐孝悌鳏寡米，人五斛，逋租宿债皆勿收，大酺三日。冬十月，皇后见于太庙。十一月，雷。十二月，以太常王彪之为尚书左仆射。
二年春正月，司徒、会稽王昱稽首归政，帝不许。三月，慕容隽陷冀州诸郡，诏安西将军谢奕、北中郎将荀羡北伐。三月，佽飞督王饶献鸩鸟，帝怒，鞭之二百，使殿中御史焚其鸟于四达之衢。夏五月，大水。有星孛于天船。六月，并州刺史张平为苻坚所逼，帅众三千奔于平阳，坚追败之。慕容恪进据上党，冠军将军冯鸯以众叛归慕容隽，隽尽陷河北之地。秋八月，安西将军谢奕卒。壬申，以吴兴太守谢万为西中郎将、持节、监司豫冀并四州诸军事、豫州刺史。以散骑常侍郗昙为北中郎将、持节、都督徐兗青冀幽五州诸军事、徐兗二州刺史，镇下邳。冬十月乙丑，陈留王曹劢薨。十一月庚子，雷。辛酉，地震。十二月，北中郎将荀羡及慕容隽战于山荏，王师败绩。
三年春三月甲辰，诏以比年出军，粮运不继，王公已下十三户借一人一年助运。秋七月，平北将军高昌为慕容隽所逼，自白马奔于荥阳。冬十月慕容隽寇东阿，遣西中郎将谢万次下蔡，北中郎将郗昙次高平以击之，王师败绩。十一月戊子，进扬州刺史王述为卫将军。十二月，又以中军将军、琅邪王丕为骠骑将军，东海王奕为车骑将军。封武陵王晞子逢为梁王。交州刺史温放之帅兵讨林邑参黎、耽潦，并降之。
四年春正月，仇池公杨俊卒，子世嗣。丙戌，慕容隽死，子嗣伪位。二月，凤皇将九雏见于丰城。秋七月，以军役繁兴，省用撤膳。八月辛丑朔，日有蚀之，既。冬十月，天狗流于西南。十一月，封太尉桓温为南郡公，温弟冲为丰城县公，子济为临贺郡公。凤皇复见丰城，众鸟随之。
五年春正月戊戌，大赦，赐鳏寡孤独不能自存者，人米五斛。北中郎将、都督徐兗青冀幽五州诸军事、徐兗二州刺史郗昙卒。二月，以镇军将军范汪为都督徐兗青冀幽五州诸军事、安北将军、徐兗二州刺史。平南将军、广州刺史、阳夏侯滕含卒。夏四月，大水。太尉桓温镇宛，使其弟豁将兵取许昌。凤皇见于沔北。
五月丁巳，帝崩于显阳殿，时年十九。葬永平陵，庙号孝宗。
哀皇帝讳丕，字千龄，成帝长子也。咸康八年，封为琅邪王。永和元年拜散骑常侍，十二年加中军将军，升平三年除骠骑将军。五年五月丁巳，穆帝崩。皇太后令曰：“帝奄不救疾，胤嗣未建。琅邪王丕，中兴正统，明德懋亲。昔在咸康，属当储贰。以年在幼冲，未堪国难，故显宗高让。今义望情地，莫与为比，其以王奉大统。”于是百官备法驾，迎于琅邪第。庚申，即皇帝位，大赦。壬戌，诏曰：“朕获承明命，入纂大统。顾惟先王宗庙，蒸尝无主，太妃丧庭，廓然靡寄，悲痛感摧，五内抽割。宗国之尊，情礼兼隆，胤嗣之重，义无与二。东海王奕，戚属亲近，宜奉本统，其以奕为琅邪王。”秋七月戊午，葬穆皇帝于永平陵。慕容恪攻陷野王，守将吕护退保荥阳。八月己卯夜，天裂，广数丈，有声如雷。九月戊申，立皇后王氏。穆帝皇后何氏称永安宫。吕护叛奔于莫容。冬十月，安北将军范汪有罪废为庶人。十一月丙辰，诏曰：“显宗成皇帝顾命，以时事多艰，弘高世之风，树德博重，以隆社稷。而国故不巳，康穆早世，胤祚不融。朕以寡德，复承先绪，感惟永慕，悲育兼摧。夫昭穆之义，固宜本之天属。继体承基，古今常道。宜上嗣显宗，以修本统。”十二月，加凉州刺史张玄靓为大都督陇右诸军事、护羌校尉、西平公。
隆和元年春正月壬子，大赦，改元。甲寅，减田税，亩收二升。是月，慕容将吕护、傅末波攻陷小垒，以逼洛阳。二月辛未，以辅国将军、吴国内史庾希为北中郎将、徐兗二州刺史，镇下邳；前锋监军、龙骧将军袁真为西中郎将、监护豫司并冀四州诸军事、豫州刺史，镇汝南，并假节。丙子，尊所生周氏为皇太妃。三月甲寅朔，日有蚀之。夏四月，旱。诏出轻系，振困乏。丁丑，梁州地震，浩衅山崩。吕护复寇洛阳。乙酉，辅国将军、河南太守戴施奔于宛。五月丁巳，遣北中郎将庾希、竟陵太守邓遐以舟师救洛阳。秋七月，吕护等退守小平津。进琅邪王奕为侍中、骠骑大将军、开府。邓遐进屯新城，庾希部将何谦及慕容将刘则战于檀丘，破之。八月，西中郎将袁真进次汝南，运米五万斛以馈洛阳。冬十月，赐贫乏者米，人五斛。章武王珍薨。十二月戊午朔，日有蚀之。诏曰：“戎旅路次，未得轻简赋役。玄象失度，亢旱为患，岂政事未洽，将有板筑、渭滨之士邪！其搜扬隐滞，蠲除苛碎，详议法令，咸从损耍。”庾希自下邳退镇山阳，袁真自汝南退镇寿阳。
兴宁元年春二月己亥，大赦，改元。三月壬寅，皇太妃薨于琅邪第。癸卯，帝奔丧，诏司徒、会稽王昱总内外众务。夏四月，慕容寇荥阳，太守刘远奔鲁阳。甲戌，扬州地震，湖渎溢。五月，加征西大将军桓温侍中、大司马、都督中外诸军事、录尚书事、假黄钺。复以