，遣丹阳尹王恺、鄱阳太守桓放之、新蔡内史何嗣、颍川太守温详、新安太守孙泰等，发京邑士庶数万人，据石头以距之。道子将出顿中堂，忽有惊马蹂藉军中，因而扰乱，赴江而死者甚众。仲堪既知王恭败死，狼狈西走，与桓玄屯于寻阳。朝廷严兵相距，内外骚然。诏元显甲杖百人入殿，寻加散骑常侍、中书令，又领中领军，持节、都督如故。
会道子有疾，加以昏醉，元显知朝望去之，谋夺其权，讽天子解道子扬州、司徒，而道子不之觉元显自以少年顿居权重，虑有讥议，于是以琅邪王领司徒，元显自为扬州刺史。既而道子酒醒，方知去职，于是大怒，而无如之何。庐江太守会稽张法顺以刀笔之才，为元显谋主，交结朋援，多树亲党，自桓谦以下，诸贵游皆敛衽请交。元显性苛刻，生杀自己，法顺屡谏，不纳。又发东土诸郡免奴为客者，号曰“乐属”，移置京师，以充兵役，东土嚣然，人不堪命，天下苦之矣。既而孙恩乘衅作乱，加道子黄钺，元显为中军以讨之。又加元显录尚书事。然道子更为长夜之饮，政无大小，一委元显。时谓道子为东录，元显为西录。西府车骑填凑，东第门下可设雀罗矣。元显无良师友，正言弗闻，谄誉日至，或以为一时英杰，或谓为风流名士，由是自谓无敌天下，故骄侈日增。帝又以元显有翼亮之功，加其所生母刘氏为会稽王夫人，金章紫绶。会洛阳覆没，道子以山陵幽辱，上疏送章绶，请归籓，不许。及太皇太后崩，诏道子乘舆入殿。元显因讽礼官下议，称己德隆望重，既录百揆，内外群僚皆应尽敬。于是公卿皆拜。于时军旅荐兴，国用虚竭，自司徒已下，日廪七升，而元显聚敛不已，富过帝室。及谢琰为孙恩所害，元显求领徐州刺史，加侍中、后将军、开府仪同三司、都督十六州诸军事，封其子彦璋为东海王。寻以星变，元显解录，复加尚书令。
会孙恩至京口，元显栅断石头，率兵距战，频不利。道子无他谋略，唯日祷蒋侯庙为厌胜之术。既而孙恩遁于北海，桓玄复据上流，致笺于道子曰：“贼造近郊，以风不得进，以雨不致火，食尽故去耳，非力屈也。昔国宝卒后，王恭不乘此威入统朝政，足见其心非侮于明公也，而谓之非忠。今之贵要腹心，有时流清望者谁乎？岂可云无佳胜，直是不能信之耳。用理之人，然后可以信义相期；求利之徒，岂有所惜而更委信邪？尔来一朝一夕，遂成今日之祸矣。阿衡之重，言何容易，求福则立至，干忤或致祸。在朝君子，岂不有怀，但惧害及身耳。玄忝任在远，是以披写事实。”元显览而大惧。张法顺谓之曰：“桓玄承籍门资，素有豪气，既并殷、杨，专有荆楚。然桓氏世在西籓，人或为用，而第下之所控引，止三吴耳。孙恩为乱，东土涂地，编户饥馑，公私不赡，玄必乘此纵其奸凶，窃用忧之。”元显曰：“为之奈何？”法顺曰：“玄始据荆州，人情未辑，方就绥抚，未遑他计。及其如此，发兵诛之，使刘牢之为前锋，而第下以大军继进，桓玄之首必悬于麾下矣。”元显以为然，遣法顺至京口，谋于牢之，而牢之有疑色。法顺还，说元显曰：“观牢之颜色，必贰于我，未若召入杀之。不尔，败人大事。”元显不从。
道子寻拜侍中、太傅，置左右长史、司马、从事中郎四人，崇异之仪，备尽盛典。其骠骑将军僚佐文武，即配太傅府。加元显侍中、骠骑大将军、开府、征讨大都督、十八州诸军事、仪同三司，加黄钺，班剑二十人，以伐桓玄，竟以牢之为前锋。法顺又言于元显曰：“自举大事，未有威断，桓谦兄弟每为上流耳目，斩之，以孤荆楚之望。且事之济不，继在前军，而牢之反覆，万一有变，则祸败立至。可令牢之杀谦兄弟，以示不贰。若不受命，当逆为其所。”元显曰：“非牢之无以当桓玄。且始事而诛大将，人情必动，二三不可。”于时扬土饥虚，运漕不继，玄断江路，商旅遂绝。于是公私匮乏，士卒唯给粰橡。
大军将发，玄从兄骠骑长史石生驰使告玄。玄进次寻阳，传檄京师，罪状元显。俄而玄至西阳，帝戎服饯元显于西池，始登舟而玄至新亭。元显弃船退屯国子学堂。明日，列阵于宣阳门外，元显佐吏多散走。或言玄已至大桁，刘牢之遂降于玄。元显回入宣阳门，牢之参军张暢之率众遂之，众溃。元显奔入相府，唯张法顺随之。问计于道子，道子对之泣。玄遣太傅从事中郎毛泰收元显送于新亭，缚于舫前而数之。元显答曰：“为王诞、张法顺所误。”于是送付廷尉，并其六子皆害之。玄又奏：“道子酣纵不孝，当弃市。”诏徒安成郡，使御史杜竹林防卫，竟承玄旨ＣＧ杀之，时年三十九。帝三日哭于西堂。
及玄败，大将军、武陵王遵承旨下令曰：“故太傅公阿衡二世，契阔皇家，亲贤之重，地无与二。骠骑大将军内总朝维，外宣威略，志荡世难，以宁国祚。天未静乱，祸酷备钟，悲动区宇，痛贯人鬼，感惟永往，心情崩陨。今皇祚反正，幽显式叙，宜崇明国体，以述旧典。便可追崇太傅为丞相，加殊礼，一依安平献王故事。追赠骠骑为太尉，加羽葆鼓吹。丞相填茔翳然，飘薄非所，须南道清通，便奉迎神柩。太尉宜便迁改。可下太史祥吉日，定宅兆。”于是遣通直常侍司马珣之迎道子柩于安