使言有活佛能前知祸福。帝遣中官刘允迎之。携锦衣官百三十，卫卒及私仆隶数千人，刍粮、舟车费以百万计。纪等上言：“自京师至乌思藏二万余里，公私烦费，不可胜言。且自四川雅州出境，过长河西行数月而后至。无有邮驿、村市。一切资费，取办四川。四川连岁用兵，流贼甫平，蛮寇复起。困竭之余，重加此累，恐生意外变。”疏再上，内阁梁储、靳贵、杨一清皆切谏，不报。郊祀毕，请勤朝讲，又以储嗣未建，乞早定大计，亦不听。寻改理诰敕，掌詹事府。十二年兼东阁大学士入预机务。其秋加太子太保，改文渊阁。帝南征，纪佐杨廷和居守。驾旋，晋少保、户部尚书、武英殿大学士。
世宗即位，录定策功，加伯爵，再疏辞免。嘉靖初，帝欲追尊兴献帝，阁臣执奏，忤旨。三年，廷和、冕相继去国。纪为首辅，复执如初。帝欲去本生之称，纪与石珤合疏争之。帝召见平台，委曲谕意，纪终不从。朝臣伏阙哭争者，俱逮系，纪具疏乞原。帝怒，传旨责纪要结朋奸，背君报私。纪乃上言曰：“曩蒙圣谕，国家政事商隺可否，然后施行。此诚内阁职业也，臣愚不能仰副明命。迩者大礼之议，平台召对，司礼传谕，不知其几似乎商隺矣。而皆断自圣心，不蒙允纳，何可否之有。至于笞罚廷臣，动至数百，乃祖宗来所未有者，亦皆出自中旨，臣等不得与闻。宣召徒勤，捍格如故。慰留虽切，诘责随加。臣虽有体国之心，不能自尽。宋司马光告神宗曰：‘陛下所以用臣，盖察其狂直，庶有补于国家，若徒以禄位荣之而不取其言，是以官私非其人也。臣以禄位自荣，而不能救正，是徒盗窃名器以私其身也。’臣于陛下，敢举以为告。夫要结朋奸，背君报私，正臣平日所痛愤而深疾者。有一于此，罪何止罢黜！今陛下以之疑臣，尚可一日靦颜朝宁间哉。乞赐骸骨归乡里，以全终始。尤望陛下法祖典学，任贤纳谏，审是非，辨忠邪，以养和平之福。”帝衔纪亢直，允其去，驰驿给夫廪如故事。
纪有学识，居官廉静简重。与廷和、冕正色立朝，并为缙绅所倚赖。其代冕亦仅三月。后《明伦大典》成，追论夺官。久之，廷和、冕皆沦丧，纪以恩诏叙复，帝亦且忘之。二十一年，年八十，抚按以闻。诏遣官存问，再赐夫廪。又三年卒。赠太保，谥文简。子渠，进士，太仆卿。
石珤，字邦彦，藁城人。父玉，山东按察使。珤与兄玠同举成化末年进士，改庶吉士，授检讨，数谢病居家。孝宗末，始进修撰。正德改元，擢南京侍读学士。历两京祭酒，迁南京吏部右侍郎。召改礼部，进左侍郎。武宗始游宣府，珤上疏力谏，不报。改掌翰林院事。廷臣谏南巡，祸将不测，珤疏救之。十六年拜礼部尚书，掌詹事府。
世宗立，代王琼为吏部尚书。自群小窃柄，铨政混浊。珤刚方，谢请托，诸犯清议者多见黜，时望大孚，而内阁杨廷和有所不悦。甫二月，复改掌詹事府，典诰敕。嘉靖元年遣祀阙里及东岳。事竣还家，屡乞致仕。言官以珤望重，交章请留，乃起赴官。
三年五月，诏以吏部尚书兼文渊阁大学士入参机务。帝欲以奉先殿侧别建一室祀献帝，珤抗疏言其非礼。及廷臣伏阙泣争，珤与毛纪助之。无何，“大礼”议定，纪去位。珤复谏曰：“大礼一事已奉宸断，无可言矣。但臣反复思之，终有不安于心者。心所不安而不以言，言恐触忤而不敢尽，则陛下将焉用臣，臣亦何以仰报君父哉？夫孝宗皇帝与昭圣皇太后，乃陛下骨肉至亲也。今使疏贱谗佞小人辄行离间，但知希合取宠，不复为陛下体察。兹孟冬时享在迩，陛下登献对越，如亲见之，宁不少动于中乎？夫事亡如事存。陛下承列圣之统，以总百神，临万方，焉得不加慎重，顾听细人之说，干不易之典哉？”帝得奏不悦，戒勿复言。
明年建世庙于太庙东。帝欲从何渊言，毁神宫监，伐林木，以通辇道。给事中韩楷，御史杨秦、叶忠等交谏，忤旨夺俸。给事中卫道继言之，贬秩调外。珤复抗章，极言不可，弗听。及世庙成，帝欲奉章圣皇太后谒见，张璁、桂萼力主之。礼官刘龙等争不得，诸辅臣以为言，帝不报，趣具仪。珤乃上疏曰：“陛下欲奉皇太后谒见世庙，臣窃以为从令固孝，而孝有大于从令者。臣诚不敢阿谀以误君上。窃惟祖宗家法，后妃已入宫，未有无故复出者。且太庙尊严，非时享祫祭，虽天子亦不轻入，况后妃乎？璁辈所引庙见之礼，今奉先殿是也。圣祖神宗行之百五十年，已为定制，中间纳后纳妃不知凡几，未有敢议及者，何至今日忽倡此议？彼容悦佞臣岂有忠爱之实，而陛下乃欲听之乎？且阴阳有定位，不可侵越。陛下为天地百神之主，致母后无故出入太庙街门，是坤行乾事，阴侵阳位，不可之大者也。臣岂不知君命当承，第恐上累圣德，是以不敢顺旨曲从，以成君父之过，负覆载之德也。”奏入，帝大愠。
珤为人清介端亮，孜孜奉国。数以力行王道，清心省事，辨忠邪，敦宽大，毋急近效为帝言。帝见为迂阔，弗善也。议“大礼”时，帝欲援以自助，而珤据礼争，持论坚确，失帝意，璁、萼辈亦不悦。璁、萼朝夕谋辅政，攻击费宏无虚日，以珤行高，不能有所加。至明年春，奸人王邦奇讦杨廷和，诬珤及宏为