九月，陕西官军围李自成于巴西鱼腹山中，自成走免。癸巳，张献忠陷大昌，总兵官张令战死。寻陷剑州、绵州。冬十月癸丑，熊文灿弃市。十一月，杨嗣昌进军重庆。丁亥，祀天于南郊。戊子，南京地震。十二月丁未朔，严军机抄传之禁。辛亥，张献忠陷泸州。乙卯，逮薛国观。是月，李自成自湖广走河南，饥民附之，连陷宜阳、永宁，杀万安王采崿，陷偃师，势大炽。是年，两畿、山东、河南、山、陕旱蝗，人相食。
十四年春正月辛巳，祈谷于南郊。己丑，总兵官猛如虎追张献忠及于开县之黄陵城，败绩，参将刘士杰等战死，贼遂东下。丙申，李自成陷河南，福王常洵遇害，前兵部尚书吕维祺等死之。二月己酉，诏以时事多艰，灾异叠见，痛自刻责，停今岁行刑，诸犯俱减等论。庚戌，张献忠陷襄阳，襄王翊铭、贵阳王常法并遇害，副使张克俭等死之。戊午，李自成攻开封，周王恭枵、巡按御史高名衡拒却之。乙丑，张献忠陷光州。己巳，召阁臣、九卿、科道于乾清宫左室。命驸马都尉冉兴让等赍帑金振恤河南被难宗室。三月丙子朔，杨嗣昌自四川还，至荆州卒。乙酉，祷雨。丙申，洪承畴会八镇兵于宁远。丁酉，逮郑崇俭下狱，寻弃市。夏四月壬子，大清兵攻锦州，祖大寿拒守。己未，总督三边侍郎丁启睿为兵部尚书，督师讨贼。五月庚辰，范复粹致仕。释傅宗龙于狱，命为兵部侍郎，总督陕西三边军务，讨李自成。戊子，祀地于北郊。六月，两畿、山东、河南、浙江、湖广旱蝗，山东寇起。秋七月己卯，李自成攻邓州，杨文岳、总兵官虎大威击败之。壬寅，洪承畴援锦州，驻师松山。是月，临清运河涸。京师大疫。八月乙巳，援兵战于松山，阳和总兵官杨国柱败没。辛亥，赐薛国观死。辛酉，重建太学成，释奠于先师孔子。甲子，总兵官吴三桂、王朴自松山遁，诸军夜溃。是月，左良玉大败张献忠于信阳。九月丁丑，傅宗龙帅师次新蔡，与总督保定侍郎杨文岳军会。己卯，遇贼，贺人龙师溃，宗龙被围，文岳走陈州。甲申，周延儒、贺逢圣复入阁。辛卯，封皇子慈炯为定王。壬辰，傅宗龙溃围出，趋项城，被执死之。贼屠项城及商水、扶沟。戊戌，李自成、罗汝才陷叶县，守将刘国能死之。是月，官军破张献忠于英山之望云寨。冬十月癸卯朔，日有食之。十一月丙子，李自成陷南阳，唐王聿镆遇害，总兵官猛如虎等死之。十二月，李自成连陷洧川、许州、长葛、鄢陵。甲子，戍解学龙、黄道周。李自成、罗汝才合攻开封，周王恭枵、巡抚都御史高名衡拒守。
十五年春正月癸未，孙传庭为兵部侍郎，督京军救开封。乙酉，杨文岳援开封，贼解去，南陷西华。戊子，免天下十二年以前逋赋。是月，山东贼陷张秋、东平，劫漕艘。太监王裕民、刘元斌帅禁兵会兗东官军讨平之。二月戊申，振山东就抚乱民。癸丑，总督陕西都御史汪乔年次襄城，遇贼，贺人龙等奔入关，乔年被围。丁巳，城陷，被执死之。戊午，大清兵克松山，洪承畴降，巡抚都御史丘民仰，总兵官曹变蛟、王廷臣，副总兵江翥、饶勋等死之。是月，孙传庭总督三边军务。三月，李自成陷陈州。丁丑，魏照乘致仕。己卯，祖大寿以锦州降于大清。辛卯，李自成陷睢州、太康、宁陵、考城。壬辰，封皇子慈炤为永王。丙申，李自成陷归德。是春，江北贼陷含山、和州，南京戒严。夏四月癸亥，李自成复围开封。乙丑，削谢升籍。五月己巳，孙传庭入关，诛贺人龙。甲戌，张献忠陷庐州。丁亥，王朴弃市。六月戊申，贺逢圣致仕。癸丑，张四知致仕。甲寅，诏天下停刑三年。己未，詹事蒋德璟、黄景昉，戎政侍郎吴甡，俱礼部尚书兼东阁大学士，预机务。庚申，诏孙传庭出关。兵部侍郎侯恂督左良玉军援开封。壬戌，以会推阁臣下吏部尚书李日宣六人于狱，谪戍有差。甲子，祀地于北郊。是月，筑坛亲祭死事文武大臣。山西总兵官许定国援开封，溃于沁水，宁武兵溃于覃怀。秋七月己巳，左良玉、虎大威、杨德政、方国安四镇兵溃于硃仙镇。八月庚戌，安庆兵变，杀都指挥徐良宪，官军讨定之。乙丑，释黄道周于戍所，复其官。丁卯，兵部尚书陈新甲下狱，寻弃市。九月壬午，贼决河灌开封。癸未，城圮，士民溺死者数十万人。己丑，孙传庭帅师赴河南。辛卯，凤阳总兵官黄得功、刘良佐大败张献忠于潜山。冬十月辛酉，孙传庭败绩于郏县，走入关。十一月丁卯，援汴总兵官刘超据永城反。庚午，发帑振开封被难宗室兵民。壬申，大清兵分道入塞，京师戒严。命勋臣分守九门，太监王承恩督察城守。诏举堪督师大将者。戊寅，征诸镇入援。庚辰，大清兵克蓟州。丁亥，蓟镇总督赵光抃提调援兵。戊子，张献忠陷无为。己丑，辽东督师侍郎范志完入援。闰月癸卯，下诏罪己，求直言。壬寅，大清兵南下，畿南郡邑多不守。丁巳，起废将。是月，李自成陷汝宁，前总督侍郎杨文岳、佥事王世琮不屈死。十二月，大清兵趋曹、濮，山东州县相继下，鲁王以派自杀。己巳，李自成陷襄阳，据之。左良玉奔承天，寻走武昌。贼分兵下德安、彝陵、荆门，遂陷荆州。癸巳，焚献陵。
十六年春正月丁酉，李自成陷承天，巡抚都御史宋一鹤、留守沈寿崇等死之。庚申