命李景隆帅兵袭执之，词连湘、代诸府。于是废肃及岷王楩为庶人；幽代王桂于大同；囚齐王榑于京师。湘王柏自焚死。下燕议周王罪。燕王上书申救，帝览书恻然，谓事宜且止。子澄与泰争之，未决，出相语曰：“今事势如此，安可不断？”明日又入言曰：“今所虑者独燕王耳，宜因其称病袭之。”帝犹豫曰；“朕即位未久，连黜诸王，若又削燕，何以自解于天下？”子澄对曰：“先人者制人，毋为人制。”帝曰：“燕王智勇，善用兵。虽病，恐猝难图。”乃止。于是命都督宋忠调缘边官军屯开平，选燕府护卫精壮隶忠麾下，召护卫胡骑指挥关童等入京，以弱燕。复调北平永清左、右卫官军分驻彰德、顺德，都督徐凯练兵临清，耿瓛练兵山海关，以控制北平。皆泰、子澄谋也。时燕王忧惧，以三子皆在京师，称病笃，乞三子归。泰欲遂收之，子澄曰：“不若遣归，示彼不疑，乃可袭而取也。”竟遣还。未几，燕师起，王泣誓将吏曰：“陷害诸王，非由天子意，乃奸臣齐泰、黄子澄所为也。”
始帝信任子澄与泰，聚事削籓。两人本书生，兵事非其所长。当耿炳文之败也，子澄谓胜败常事，不足虑。因荐曹国公李景隆可大任，帝遂以景隆代炳文。而景隆益无能为，连败于郑村坝、白沟河，丧失军辎士马数十万。已，又败于济南城下。帝急召景隆还，赦不诛。子澄恸哭，请正其罪。帝不听。子澄拊膺曰：“大事去矣，荐景隆误国，万死不足赎罪！”
及燕兵渐南，与齐泰同谪外，密令募兵。子澄微服由太湖至苏州，与知府姚善倡义勤王。善上言：“子澄才足捍难，不宜弃闲远以快敌人。”帝复召子澄，未至而京城陷。欲与善航海乞兵，善不可。乃就嘉兴杨任谋举事，为人告，俱被执。子澄至，成祖亲诘之。抗辨不屈，磔死。族人无少长皆斩，姻党悉戍边。一子变姓名为田经，遇赦，家湖广咸宁。正德中，进士黄表其后云。
杨任，洪武中由人材起家，历官袁州知府。时致仕，匿子澄于家，亦磔死。二子礼、益俱斩。亲属戍边。
方孝孺，字希直，一字希古，宁海人。父克勤，洪武中循吏，自有传。孝孺幼警敏，双眸炯炯，读书日盈寸，乡人目为“小韩子。”长从宋濂学，濂门下知名士皆出其下。先辈胡翰、苏伯衡亦自谓弗如。孝孺顾末视文艺，恒以明王道、致太平为己任。尝卧病，绝粮，家人以告，笑曰：“古人三旬九食，贫岂独我哉！”父克勤坐“空印”事诛，扶丧归葬，哀动行路。既免丧，复从濂卒业。
洪武十五年，以吴沉、揭枢荐，召见。太祖喜其举止端整，谓皇太子曰：“此庄士，当老其才。”礼遣还。后为仇家所连，逮至京。太祖见其名，释之。二十五年，又以荐召至。太祖曰：“今非用孝孺时。”除汉中教授，日与诸生讲学不倦。蜀献王闻其贤，聘为世子师。每见，陈说道德。王尊以殊礼，名其读书之庐曰“正学。”
及惠帝即位，召为翰林侍讲。明年迁侍讲学士，国家大政事辄咨之。帝好读书，每有疑，即召使讲解。临朝奏事，臣僚面议可否，或命孝孺就扆前批答。时修《太祖实录》及《类要》诸书，孝孺皆为总裁。更定官制，孝孺改文学博士。燕兵起，廷议讨之，诏檄皆出其手。
建文三年，燕兵掠大名。王闻齐、黄已窜，上书请罢盛庸、吴杰、平安兵。孝孺建议曰：“燕兵久顿大名，天暑雨，当不战自疲。急令辽东诸将入山海关攻永平；真定诸将渡卢沟捣北平，彼必归救。我以大兵蹑其后，可成擒也。今其奏事适至，宜且与报书，往返逾月，使其将士心懈。我谋定势合，进而蹴之，不难矣。”帝以为然。命孝孺草诏，遣大理寺少卿薛嵓驰报燕，尽赦燕罪，使罢兵归籓。又为宣谕数千言授嵓，持至燕军中，密散诸将士。比至，嵓匿宣谕不敢出，燕王亦不奉诏。五月，吴杰、平安、盛庸发兵扰燕饷道。燕王复遣指挥武胜上书，伸前请。帝将许之。孝孺曰：“兵罢，不可复聚，愿毋为所惑。”帝乃诛胜以绝燕。未几，燕兵掠沛县，烧粮艘。时河北师老无功，而德州又馈饷道绝，孝孺深以为忧。以燕世子仁厚，其弟高煦狡谲，有宠于燕王，尝欲夺嫡，谋以计间之，使内乱。乃建议白帝：遣锦衣卫千户张安赍玺书往北平，赐世子。世子得书不启封，并安送燕军前。间不得行。
明年五月，燕兵至江北，帝下诏征四方兵。孝孺曰：“事急矣。遣人许以割地，稽延数日，东南募兵渐集。北军不长舟楫，决战江上，胜负未可知也。”帝遣庆成郡主往燕军，陈其说。燕王不听。帝命诸将集舟师江上。而陈瑄以战舰降燕，燕兵遂渡江。时六月乙卯也。帝忧惧，或劝帝他幸，图兴复。孝孺力请守京城以待援兵，即事不济，当死社稷。乙丑，金川门启，燕兵入，帝自焚。是日，孝孺被执下狱。
先是，成祖发北平，姚广孝以孝孺为托，曰：“城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。”成祖颔之。至是欲使草诏。召至，悲恸声彻殿陛。成祖降榻，劳曰：“先生毋自苦，予欲法周公辅成王耳。”孝孺曰：“成王安在？”成祖曰：“彼自焚死。”孝孺曰：“何不立成王之子？”成祖曰：“国赖长君。”孝孺曰：“何不立成王之弟？”成祖曰