己卯，逮钱龙锡下狱。冬十月癸亥，停刑。丙寅，巡抚延绥副都御史洪承畴、总兵官杜文焕败贼张献忠于清涧。十一月壬辰，破贼于怀宁。甲午，山西总兵官王国梁追贼于河曲，败绩。十二月乙巳朔，增田赋充饷。戊午，流贼陷宁塞。是年，乌斯藏入贡。
四年春正月己卯，流贼陷保安。丁酉，御史吴甡振延绥饥民。己亥，召对内阁、九卿、科道及入觐两司官于文华殿。命都察院严核巡按御史。二月壬子，流贼围庆阳，分兵陷合水。三月丁丑，副将张应昌等击败之，庆阳围解。癸未，总督陕西三边军务侍郎杨鹤招抚流贼于宁州，群贼伪降，寻复叛。己丑，赐陈于泰等进士及第、出身有差。夏四月庚戌，祷雨。辛酉，诏廷臣条时政。是月，延绥副将曹文诏击贼于河曲，王嘉胤败死。五月甲戌朔，步祷于南郊。庚辰，戍钱龙锡。六月丁未，钱象坤致仕。秋七月甲戌，总兵官王际恩败贼于鄜州，降贼首上天龙。八月癸卯，总兵官贺虎臣击斩贼刘六于庆阳。丁未，大清兵围祖大寿于大凌城。丙辰，何如宠致仕。九月庚辰，内臣王应朝、邓希诏等监视关、宁、蓟镇兵粮及各边抚赏。甲午，逮杨鹤下狱，论戍。洪承畴总督三边军务。丁酉，太监张彝宪总理户、工二部钱粮，给事中宋可久等相继谏，不听。戊戌，山海总兵官宋伟等援大凌，败于长山，监军太仆少卿张春被执。冬十月辛丑朔，日有食之。戊辰，祖大寿杀副将何可纲。己巳，大寿自大凌脱归，入锦州。十一月丙戌，太监李奇茂监视陕西茶马，吴直监视登岛兵粮、海禁，群臣合疏谏，不听。壬辰，孙承宗致仕。癸巳，召对廷臣于文华殿，历询军国诸务。语及内臣，帝曰：“诸臣若实心任事，朕亦何需此辈。”己亥，流贼罗汝才犯山西。闰月乙丑，陕西降贼复叛，陷甘泉，杀参政张允登。丁卯，登州游击孔有德率师援辽，次吴桥反，陷陵县，连陷临邑、商河、齐东，屠新城。十二月丙子，济南官军御贼于阮城店，败绩。丁丑，以大凌筑城招衅夺孙承宗官。是冬，延安、庆阳大雪，民饥，盗贼益炽。
五年春正月辛丑，孔有德陷登州，游击陈良谟战死，总兵官张可大死之。巡抚都御史孙元化、副使宋光兰等被执，寻纵还。辛亥，孔有德陷黄县。丙寅，总兵官杨御蕃、王洪率师讨孔有德，败绩于新城镇。二月己巳朔，孔有德围莱州，巡抚都御史徐从治固守。辛巳，孔有德陷平度。三月壬寅，兵部侍郎刘宇烈督理山东军务，讨孔有德。夏四月甲戌，刘宇烈败绩于沙河。癸未，徐从治中伤卒。是月，总兵官曹文诏、杨嘉谟连破贼于陇安、静宁，贼奔水落城，平凉、庄浪饥民附之，势复炽。五月丙午，参政硃大典为佥都御史，巡抚山东。辛亥，礼部尚书郑以伟、徐光启并兼东阁大学士，预机务。六月，京师大雨水。壬申，河决孟津。秋七月辛丑，太监曹化淳提督京营戎政。癸卯，孔有德伪降，诱执登莱巡抚都御史谢琏，莱州知府硃万年死之。己未，孙元化弃市。逮刘宇烈下狱，论戍。八月甲戌，洪承畴败贼于甘泉，贼首白广恩降。甲申，硃大典督军救莱州，前锋参将祖宽败贼于沙河。乙酉，莱州围解。癸巳，官军大败孔有德于黄县，进围登州。九月丁酉，海贼刘香寇福建。是秋，陕西贼入山西，连陷大宁、泽州、寿阳，分部走河北，犯怀庆，陷修武。冬十一月戊戌，刘香寇浙江。
六年春正月癸卯，曹文诏节制山、陕诸将讨贼。丁未，副将左良玉破贼于涉县，贼走林县山中，饥民争附之。庚申，遣使分督直省逋赋。是月，曹文诏击山西贼，屡败之。二月壬申，削左副都御史王志道籍。癸酉，流贼犯畿南。戊子，总兵官陈洪范等克登州水城。辛卯，孔有德遁入海，山东平。三月癸巳，敕曹文诏诸将限三月平贼。夏四月己巳，免延安、庆阳、平凉新旧辽饷。壬申，总兵官邓巳、左良玉剿河南贼。五月乙巳，太监陈大金等分监曹文诏、张应昌、左良玉、邓巳军。壬子，孔有德及其党耿仲明等航海降于我大清。癸丑，河套部犯宁夏，总兵官贺虎臣战没。六月辛酉朔，太监高起潜监视宁、锦兵饷。乙丑，郑以伟卒。庚辰，周延儒致仕。甲申，延绥副将李卑援剿河南。庚寅，太监张彝宪请催逋赋一千七百余万，给事中范淑泰谏，不听。秋七月甲辰，大清兵取旅顺，总兵官黄龙死之。癸丑，改曹文诏镇大同，山西巡抚都御史许鼎臣请留文诏剿贼，不许。八月己巳，曹文诏败贼于济源，又败之于怀庆。九月庚戌，南京礼部侍郎钱士升为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。冬十月戊辰，徐光启卒。十一月癸巳，礼部侍郎王应熊、何吾驺俱礼部尚书兼东阁大学士，预机务。辛亥，诏保定、河南、山西会兵剿贼。壬子，贼渡河。乙卯，陷渑池。十二月，连陷伊阳、卢氏，分犯南阳、汝宁，遂逼湖广。是年，安南入贡。
七年春正月己丑，广鹿岛副将尚可喜降于我大清。设河南、山、陕、川、湖五省总督，以延绥巡抚陈奇瑜兼兵部侍郎为之。庚寅，总兵官张应昌渡河，败贼于灵宝。壬辰，贼自郧阳渡汉。癸巳，犯襄阳，连陷紫阳、平利、白河，南入四川。二月戊寅，陷夔州，大宁诸县皆失守。甲申，耕耤田。乙酉，张献忠突商、雒，凡十三营流入汉南。是月，振登、莱饥，蠲逋赋。三月丁亥朔，日有