，乘间围洪都。太祖曰：“不听君言，几失计。”遂自将救洪都，与友谅大战鄱阳蝴，一日数十接。太祖坐胡床督战，基侍侧，忽跃起大呼，趣太祖更舟。太祖仓卒徙别舸，坐未定，飞礮击旧所御舟立碎。友谅乘高见之，大喜。而太祖舟更进，汉军皆失色。时湖中相持，三日未决，基请移军湖口扼之，以金木相犯日决胜，友谅走死。其后太祖取士诚，北伐中原，遂成帝业，略如基谋。
吴元年以基为太史令，上《戊申大统历》。荧惑守心，请下诏罪己。大旱，请决滞狱。即命基平反，雨随注。因请立法定制，以止滥杀。太祖方欲刑人，基请其故，太祖语之以梦。基曰：“此得土得众之象，宜停刑以待。”后三日，海宁降。太祖喜，悉以囚付基纵之。寻拜御史中丞兼太史令。
太祖即皇帝位，基奏立军卫法，初定处州税粮，视宋制亩加五合，惟青田命毋加，曰：“令伯温乡里世世为美谈也。”帝幸汴梁，基与左丞相善长居守。基谓宋、元宽纵失天下，今宜肃纪纲。令御史纠劾无所避，宿卫宦侍有过者，皆启皇太子置之法，人惮其严。中书省都事李彬坐贪纵抵罪，善长素匿之，请缓其狱。基不听，驰奏。报可。方祈雨，即斩之。由是与善长忤。帝归，愬基僇人坛壝下，不敬。诸怨基者亦交谮之。会以旱求言，基奏：“士卒物故者，其妻悉处别营，凡数万人，阴气郁结。工匠死，胔骸暴露，吴将吏降者皆编军户，足干和气。”帝纳其言，旬日仍不雨，帝怒。会基有妻丧，遂请告归。时帝方营中都，又锐意灭扩廓。基濒行，奏曰：“凤阳虽帝乡，非建都地。王保保未可轻也。”已而定西失利，扩廓竟走沙漠，迄为边患。其冬，帝手诏叙基勋伐，召赴京，赐赉甚厚，追赠基祖、父皆永嘉郡公。累欲进基爵，基固辞不受。
初，太祖以事责丞相李善长，基言：“善长勋旧，能调和诸将。”太祖曰：“是数欲害君，君乃为之地耶？吾行相君矣。”基顿首曰：“是如易柱，须得大木。若束小木为之，且立覆。”及善长罢，帝欲相杨宪。宪素善基，基力言不可，曰：“宪有相才无相器。夫宰相者，持心如水，以义理为权衡，而己无与者也，宪则不然。”帝问汪广洋，曰：“此褊浅殆甚于宪。”又问胡惟庸，曰：“譬之驾，惧其偾辕也。”帝曰：“吾之相，诚无逾先生。”基曰：“臣疾恶太甚，又不耐繁剧，为之且孤上恩。天下何患无才，惟明主悉心求之，目前诸人诚未见其可也。”后宪、广洋、惟庸皆败。三年授弘文馆学士。十一月大封功臣，授基开国翊运守正文臣、资善大夫、上护军，封诚意伯，禄二百四十石。明年赐归老于乡。
帝尝手书问天象。基条答甚悉而焚其草。大要言霜雪之后，必有阳春，今国威已立，宜少济以宽大。基佐定天下，料事如神。性刚嫉恶，与物多忤。至是还隐山中，惟饮酒弈棋，口不言功。邑令求见不得，微服为野人谒基。基方濯足，令从子引入茆舍，炊黍饭令。令告曰：“某青田知县也。”基惊起称民，谢去，终不复见。其韬迹如此，然究为惟庸所中。
初，基言瓯、括间有隙地曰谈洋，南抵闽界，为盐盗薮，方氏所由乳，请设巡检司守之。奸民弗便也。会茗洋逃军反，吏匿不以闻。基令长子琏奏其事，不先白中书省。胡惟庸方以左丞掌省事，挟前憾，使吏讦基，谓谈洋地有王气，基图为墓，民弗与，则请立巡检逐民。帝虽不罪基，然颇为所动，遂夺基禄。基惧入谢，乃留京，不敢归。未几，惟庸相，基大慼曰：“使吾言不验，苍生福也。”忧愤疾作。八年三月，帝亲制文赐之，遣使护归。抵家，疾笃，以《天文书》授子琏曰：“亟上之，毋令后人习也。”又谓次子璟曰：“夫为政，宽猛如循环。当今之务在修德省刑，祈天永命。诸形胜要害之地，宜与京师声势连络。我欲为遗表，惟庸在，无益也。惟庸败后，上必思我，有所问，以是密奏之。”居一月而卒，年六十五。基在京病时，惟庸以医来，饮其药，有物积腹中如拳石。其后中丞涂节首惟庸逆谋，并谓其毒基致死云。
基虬髯，貌修伟，慷慨有大节，论天下安危，义形于色。帝察其至诚，任以心膂。每召基，辄屏人密语移时。基亦自谓不世遇，知无不言。遇急难，勇气奋发，计画立定，人莫能测。暇则敷陈王道。帝每恭己以听，常呼为老先生而不名，曰：“吾子房也。”又曰：“数以孔子之言导予。”顾帷幄语秘莫能详，而世所传为神奇，多阴阳风角之说，非其至也。所为文章，气昌而奇，与宋濂并为一代之宗。所著有《覆瓿集》，《犁眉公集》传于世。子琏、璟。
琏，字孟藻，有文行。洪武十年授考功监丞，试监察御史，出为江西参政。太祖常欲大用之，为惟庸党所胁，堕井死。琏子畾，字士端，洪武二十四年三月嗣伯，食禄五百石。初，基爵止及身，至是帝追念基功，又悯基父子皆为惟庸所厄，命增其禄，予世袭。明年坐事贬秩归里。洪武末，坐事戍甘肃，寻赦还。建文帝及成祖皆欲用之，以奉亲守墓力辞。永乐间卒，子法停袭。景泰三年命录基后，授法曾孙禄世袭《五经》博士。弘治十三年以给事中吴士伟言，乃命禄孙瑜为处州卫指挥使。
正德八年加赠基太师，谥文成。嘉靖十年，