瑶平。秋八月癸亥，河复决崔镇。闰月乙酉朔，日食，阴云不见。九月己卯，起复张居正。冬十月乙巳，以论张居正夺情，杖编修吴中行、检讨赵用贤、员外郎艾穆、主事沈思孝，罢黜谪戍有差。丁未，杖进士邹元标，戍边。十一月癸丑，以星变考察百官。是年，琉球入贡。
六年春正月，筑决河堤。二月戊戌，免兗、青、登、莱所属逋赋。庚子，立皇后王氏。三月甲寅，礼部尚书马自强兼文渊阁大学士，吏部侍郎申时行兼东阁大学士，预机务。甲子，张居正葬父归。夏四月乙未，免湖广、四川逋赋。丙午，诏户部岁增金花银二十万两。六月乙未，张居正还京师。秋七月乙卯，吕调阳致仕。丙子，诏江北诸府民，年十五以上无田者，官给牛一头、田五十亩开垦，三年后起科。九月庚午，诏苏州诸府开垦荒田，六年后起科。辛未，停刑。冬十月辛卯，马自强卒。十一月辛酉，礼天于南郊。是年，乌斯藏入贡。
七年春正月戊辰，诏毁天下书院。二月己丑，遣使分阅边防。三月甲子，免淮、扬逋赋。夏五月癸亥，祀地于北郊。六月辛卯，核两畿、山东、陕西勋戚田赋。秋七月壬子，振苏、松水灾，蠲税粮。戊午，京师地震。是年，乌斯藏入贡。
八年春二月辛未朔，日有食之。戊子，耕耤田。戊戌，河工成。三月辛亥，奉两宫皇太后如天寿山谒陵，免所过田租。甲寅，还宫。丁卯，赐张懋修等进士及第、出身有差。夏闰四月庚申，广西八寨贼平。冬十月辛丑，汰内外冗官。乙巳，振苏、松、常、镇饥。十一月丙子，诏度民田。是年，琉球入贡。
九年春正月庚午，敕边臣备警。辛未，裁诸司冗官。癸酉，土蛮犯锦州，游击周之望败没。己卯，命翰林官日四人入直。辛巳，裁南京冗官。甲申，辽东总兵官李成梁袭败土蛮于袄郎兔。三月丙寅，大阅。是月，土蛮犯辽阳，副总兵曹簠御之，败绩。夏四月丁酉，振山西被灾州县。乙卯，振苏、松、淮、凤、徐、宿灾。户部进《万历会计录》。秋八月丁未，扬州大水。九月丁亥，停刑。冬十月己亥，土蛮犯广宁、义州，李成梁御却之。十一月丙戌，振真定、顺德、广平灾，免税粮。是年，裁各省冗官，核徭赋，汰诸司冒滥冗费。琉球、安南、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏入贡。
十年春二月癸巳，顺义王俺答卒。丁酉，免天下积年逋赋。三月庚申，杭州兵变，执巡抚吴善言。丁卯，兵部侍郎张佳胤巡抚浙江，讨定之。丙子，泰宁卫部长速把亥犯义州，李成梁击斩之。己卯，倭寇温州。夏四月戊子朔，谕礼部，令民及时农桑，勿事游惰。甲午，宁夏土军马景杀参将许汝继，巡抚都御史晋应槐讨诛之。庚子，以久旱敕修省。五月庚申，免先师孔子及宋儒硃熹、李侗、罗从彦、蔡沈、胡安国、游酢、真德秀、刘子翚，故大学士杨荣后裔赋役有差。庚辰，振畿内饥。六月丁亥朔，日有食之。壬寅，振太原、平阳、潞安饥。乙巳，前礼部尚书潘晟兼武英殿大学士，吏部侍郎余有丁为礼部尚书兼文渊阁大学士，预机务。晟寻罢。丙午，张居正卒。秋七月庚午，振平、庆、延、临、巩饥。九月丙辰，以皇长子生，诏赦天下。甲子，上两宫皇太后徽号。冬十月丙申，苏、松大水，蠲振有差。十二月壬辰，太监冯保谪奉御，籍其家。壬寅，复建言诸臣职。是年，免畿内、山西被灾税粮。哈密、乌斯藏入贡。
十一年春正月壬戌，敕严边备。闰二月甲子，俺答子乞庆哈袭封顺义王。缅甸寇永昌。乙丑，如天寿山谒九陵，免所过田租。庚午，如西山谒恭让章皇后、景皇帝陵。辛未，还宫。乙酉，振临、巩、平、延、庆五府旱灾，免田租。三月甲申，追夺张居正官阶。庚子，赐硃国祚等进士及第、出身有差。夏四月丁巳，张四维以忧去。己未，吏部侍郎许国为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。甲戌，承天大雨，江溢。是月，广东罗定兵变。五月，我大清太祖高皇帝起兵征尼堪外兰，克图伦城。六月乙丑，振承天、汉阳、郧阳、襄阳灾。秋八月丙辰，免山西被灾税粮。九月甲申，如天寿山谒陵。己丑，还宫。冬十月癸亥，停刑。辛未，河南水灾，蠲振有差。十一月己卯朔，日有食之。十二月庚午，慈宁宫灾，敕修省。是年，琉球入贡。
十二年春二月丁卯，京师地震。己巳，释建文诸臣外亲谪戍者后裔。三月己亥，减江西烧造瓷器。夏四月乙卯，籍张居正家。丁巳，游击将军刘綎讨平陇川贼。五月甲午，京师地震。六月辛亥，以云南用兵，免税粮及逋赋。秋八月丙辰，榜张居正罪于天下，家属戍边。九月丙戌，奉两宫皇太后如天寿山谒陵。己丑，作寿宫。辛卯，还宫。冬十月丁巳，停刑。丙寅，免湖广、山东被灾税粮。十一月己丑，余有丁卒。十二月甲辰，前礼部侍郎王锡爵为礼部尚书兼文渊阁大学士，吏部侍郎王家屏兼东阁大学士，预机务。癸亥，罢开银矿。是年，安南、乌斯藏入贡。
十三年春正月辛卯，四川建武所兵变，击伤总兵沈思学。二月丁未，南京地震。京师自去年八月不雨，至于是月。庚午，大雩。三月甲申，大雩。己丑，李成梁出塞袭把兔儿炒花，大破之。壬辰，减杭州织造及尚衣监料银。尚宝司少卿徐贞明督治京畿水