遂寝。时淮水涨溢，自清河至淮安城西淤三十馀里，决礼、信二坝出海，宝应湖堤多坏。山东诸水从直河出邳州。大立以闻。其冬，自淮安板闸至清河西湖嘴开浚垂成，而里口复塞。督漕侍郎赵孔昭言：“清江一带黄河五十里，宜筑堰以防河溢；淮河高良涧一带七十馀里，宜筑堰以防淮涨。”帝令亟浚里口，与大立商筑堰事宜，并议海口筑塞及宝应月河二事。
四年六月，淮河及鸿沟境山疏浚工竣。大立方奏闻，诸水忽骤溢，决仲家浅，与黄河合，茶城复淤。未几，自泰山庙至七里沟，淮河淤十馀里，其水从硃家沟旁出，至清河县河南镇以合於黄河。大立请开新庄闸以通回船，兼浚古睢河，泄二洪水，且分河自鱼沟下草湾，保南北运道。帝命新任总河都御史潘季驯区画。顷之，河大决邳州，睢宁运道淤百馀里。大立请开泇口、萧县二河。会季驯筑塞诸决，河水归正流，漕船获通。大立、孔昭皆以迟误漕粮削籍，开泇之议不果行。
五年四月，河复决邳州王家口，自双沟而下，南北决口十馀，损漕船运军千计，没粮四十万馀石，而匙头湾以下八十里皆淤。於是胶、莱海运之议纷起。会季驯奏邳河功成。帝以漕运迟，遣给事中雒遵往勘。总漕陈炌及季驯俱罢官。
六年，从雒遵言，修筑茶城至清河长堤五百五十里，三里一铺，铺十夫，设官画地而守。又接筑茶城至开封两岸堤。从硃衡言，缮丰、沛大黄堤。衡又言：“漕河起仪真讫张家湾二千八百馀里，河势凡四段，各不相同。清江浦以南，临清以北，皆远隔黄河，不烦用力。惟茶城至临清，则闸诸泉为河，与黄相近。清河至茶城，则黄河即运河也。茶城以北，当防黄河之决而入；茶城以南，当防黄河之决而出。防黄河即所以保运河，故自茶城至邳、迁，高筑两堤，宿迁至清河，尽塞缺口，盖以防黄水之出，则正河必淤，昨岁徐、邳之患是也。自茶城秦沟口至丰、沛、曹、单，创筑增筑以接缕水旧堤，盖以防黄水之入，则正河必决，往年曹、沛之患是也。二处告竣，故河深水束，无旁决中溃之虞。氵市县之窑子头至秦沟口，应筑堤七十里，接古北堤。徐、邳之间，堤逼河身，宜於新堤外别筑遥堤。”诏如其议，以命总河侍郎万恭。
万历元年，恭言：“祖宗时造浅船近万，非不知满载省舟之便，以闸河流浅，故不敢过四百石也。其制底平、仓浅，底平则入水不深，仓浅则负载不满。又限浅船用水不得过六拏，伸大指与食指相距为一拏，六拏不过三尺许，明受水浅也。今不务遵行，而竞雇船搭运。雇船有三害，搭运有五害，皆病河道。请悉遵旧制。”从之。
恭又请复淮南平水诸闸，上言：“高、宝诸湖周遭数百里，西受天长七十馀河，徒恃百里长堤，若障之使无疏泄，是溃堤也。以故祖宗之法，偏置数十小闸於长堤之间，又为令曰：“但许深湖，不许高堤”，故设浅船浅夫取湖之淤以厚堤。夫闸多则水易落而堤坚，浚勤则湖愈深而堤厚，意至深远也。比年畏修闸之劳，每坏一闸即堙一闸，岁月既久，诸闸尽堙，而长堤为死障矣。畏浚浅之苦，每湖浅一尺则加堤一尺，岁月既久，湖水捧起，而高、宝为盂城矣。且湖漕勿堤与无漕同，湖堤勿闸与无堤同。陈瑄大置减水闸数十，湖水溢则泻以利堤，水落则闭以利漕，最为完计。积久而减水故迹不可复得，湖且沉堤。请复建平水闸，闸欲密，密则水疏，无涨懑患；闸欲狭，狭则势缓，无啮决虞。”尚书衡覆奏如其请。於是仪直、江都、高邮、宝应、山阳设闸二十三，浚浅凡五十一处，各设捞浅船二，浅夫十。
恭又言：“清江浦河六十里，陈瑄浚至天妃祠东，注於黄河。运艘出天妃口入黄穿清特半饷耳。后黄涨，逆注入口，清遂多淤。议者不制天妃口而遽塞之，令淮水勿与黄值。开新河以接淮河，曰“接清流勿接浊流，可不淤也”。不知黄河非安流之水，伏秋盛发，则西拥淮流数十里，并灌新开河。彼天妃口，一黄水之淤耳。今淮、黄会於新闸开河口，是二淤也。防一淤，生二淤，又生淮、黄交会之浅。岁役丁夫千百，浚治方毕，水过复合。又使运艘迂八里浅滞而始达於清河，孰与出天妃口者之便且利？请建天妃闸，俾漕船直达清河。运尽而黄水盛发，则闭闸绝黄，水落则启天妃闸以利商船。新河口勿浚可也。”。乃建天妃庙口石闸。
恭又言：“由黄河入闸河为茶城，出临清板闸七百馀里，旧有七十二浅。自创开新河，汶流平衍，地势高下不甚相悬，七十浅悉为通渠。惟茶、黄交会间，运盛之时，正值黄河水落之候，高下不相接，是以有茶城黄家闸之浅，连年患之。祖宗时，尝建境山闸，自新河水平，闸没泥淖且丈馀。其闸上距黄家闸二十里，下接茶城十里，因故基累石为之，可留黄家闸外二十里之上流，接茶城内十里之下流，且挟二十里水势，冲十里之狭流，蔑不胜矣。”乃复境山旧闸。
恭建三议，尚书衡覆行之，为运道永利。而是时，茶城岁淤，恭方报正河安流，回空船速出。给事中硃南雍以回空多阻，劾恭隐蔽溺职。帝切责恭，罢去。
三年二月，总河都御史傅希挚请开泇河以避黄险，不果行。希挚又请浚梁山以下，与茶城互用，淤旧则通新而挑旧，淤