，使淮、泗并力足以敌黄，则淮水之故道可复，高、宝之大患可减。若兴、盐海口堙塞，亦宜大加疏浚。而湖堤多建减水大闸，堤下多开支河。要未有不先黄河而可以治淮，亦未有不疏通淮水而可以固堤者也。”事下河漕诸臣会议。
淮之出清口也，以黄水由老黄河奔注，而老黄河久淤，未几复塞，淮水仍涨溢。给事中刘铉请亟开通海口，而简大臣会同河漕诸臣往治。乃命桂芳为工部尚书兼理河漕，而裁总河都御史官。桂芳甫受命而卒。
六年夏，潘季驯代。时给事中李涞请多浚海口，以导众水之归。给事中王道成则请塞崔镇决口，筑桃、宿长堤，修理高家堰，开复老黄河。并下河臣议。季驯与督漕侍郎江一麟相度水势，言：
“海口自云梯关四套以下，阔七八里至十馀里，深三四丈。欲别议开凿，必须深阔相类，方可注放，工力甚难。且未至海口，乾地犹可施工，其将入海之地，潮汐往来，与旧口等耳。旧口皆系积沙，人力虽不可浚，水力自能冲刷，海无可浚之理。惟当导河归海，则以水治水，即浚海之策也。河亦非可以人力导，惟当缮治堤防，俾无旁决，则水由地中，沙随水去，即导河之策也。
频年以来，日以缮堤为事，顾卑薄而不能支，迫近而不能容，杂以浮沙而不能久。是以河决崔镇，水多北溃，为无堤也。淮决高家堰、黄浦口，水多东溃，堤弗固也。不咎制之未备，而咎筑堤为下策，岂通论哉！上流既旁溃，又岐下流而分之，其趋云梯入海口者，譬犹强弩之末耳。水势益分则力益弱，安能导积沙以注海？
故今日浚海急务，必先塞决以导河，尤当固堤以杜决，而欲堤之不决，必真土而勿杂浮沙，高厚而勿惜钜费，让远而勿与争地，则堤乃可固也。沿河堤固，而崔镇口塞，则黄不旁决而冲漕力专。高家堰筑，硃家口塞，则淮不旁决而会黄力专。淮、黄既合，自有控海之势。又惧其分而力弱也，必暂塞清江浦河，而严司启闭以防其内奔。姑置草湾河，而专复云梯以还其故道。仍接筑淮安新城长堤，以防其末流。使黄、淮力全，涓滴悉趋於海，则力强且专，下流之积沙自去，海不浚而辟，河不挑而深，所谓固堤即以导河，导河即以浚海也。”
又言：“黄水入徐，历邳、宿、桃、清，至清口会淮而东入海。淮水自洛及凤，历盱、泗，至清口会河而东入海。此两河故道也。元漕江南粟，则由扬州直北庙湾入海，未尝溯淮。陈瑄始堤管家诸湖，通淮为运道。虑淮水涨溢，则筑高家堰堤以捍之，起武家墩，经大、小涧至阜宁湖，而淮不东侵。又虑黄河涨溢，则堤新城北以捍之，起清江浦，沿钵池山、柳浦湾迤东，而黄不南侵。
其后，堤岸渐倾，水从高堰决入，淮郡遂同鱼鳖。而当事者未考其故，谓海口壅闭，宜亟穿支渠。讵知草湾一开，西桥以上正河遂至淤阻。夫新河阔二十馀丈，深仅丈许，较故道仅三十之一，岂能受全河之水？下流既壅，上流自溃，此崔镇诸口所由决也。今新河复塞，故河渐已通流，虽深阔未及原河十一，而两河全下，沙随水刷，欲其全复河身不难也。河身既复，阔者七八里，狭亦不下三四百丈，滔滔东下，何水不容？匪惟不必别凿他所，即草湾亦可置勿浚矣。
故为今计，惟修复陈瑄故迹，高筑南北两堤，以断两河之内灌，则淮、扬昏垫可免。塞黄浦口，筑宝应堤，浚东关等浅，修五闸，复五坝，则淮南运道无虞。坚塞桃源以下崔镇口诸决，则全河可归故道。黄、淮既无旁决，并驱入海，则沙随水刷，海口自复，而桃、清浅阻，又不足言。此以水治水之法也。若夫爬捞之说，仅可行诸闸河，前入屡试无功，徒费工料。”
於是条上六议：曰塞决口以挽正河，曰筑堤防以杜溃决，曰复闸坝以防外河，曰创滚水坝以固堤岸，曰止浚海工程以省糜费，曰寝开老黄河之议以仍利涉。帝悉从其请。
七年十月，两河工成，赉季驯、一麟银币，而遣给事中尹瑾勘实。八年春进季驯太子太保工部尚书，廕一子。一麟等迁擢有差。是役也，筑高家堰堤六十馀里，归仁集堤四十馀里，柳浦湾堤东西七十馀里，塞崔镇等决口百三十，筑徐、睢、邳、宿、桃、清两岸遥堤五万六千馀丈，砀、丰大坝各一道，徐、沛、丰、砀缕堤百四十馀里，建崔镇、徐升、季泰、三义减水石坝四座，迁通济闸於甘罗城南，淮、扬间堤坝无不修筑，费帑金五十六万有奇。其秋擢季驯南京兵部尚书。季驯又请复新集至小浮桥故道，给事中王道成、河南巡抚周鉴等不可而止。自桂芳、季驯时罢总河不设，其后但以督漕兼理河道。高堰初筑，清口方畅，流连数年，河道无大患。
至十五年，封丘、偃师、东明、长垣屡被冲决。大学士申时行言：“河所决地在三省，守臣画地分修，易推委。河道未大坏，不必设都御史，宜遣风力老成给事中一人行河。”乃命工科都给事中常居敬往。居敬请修筑大社集东至白茅集长堤百里。从之。
初，黄河由徐州小浮桥入运，其河深且近洪，能刷洪以深河，利於运道。后渐徙沛县飞云桥及徐州大、小溜沟。至嘉靖末，决邵家口，出秦沟，由浊河口入运，河浅，迫茶城，茶城岁淤，运道数害。万历五年冬，河复南趋