等七员，皆正六品。设经历司，掌文移出入；镇抚司，掌本卫刑名，兼理军匠。十七年，改锦衣卫指挥使为正三品。二十年，以治锦衣卫者多非法凌虐，乃焚刑具，出系囚，送刑部审录，诏内外狱咸归三法司，罢锦衣狱。成祖时复置。寻增北镇抚司，专治诏狱。成化间，刻印畀之，狱成得专达，不关白锦衣，锦衣官亦不得干预。而以旧所设为南镇抚司，专理军匠。
旗手卫，本旗手千户所，洪武十八年改置。掌大驾金鼓、旗纛，帅力士随驾宿卫。校尉、力士，佥民间壮丁为之。校尉专职擎执卤簿仪杖，及驾前宣召官员，差遣干办，隶锦衣卫。力士专领金鼓、旗帜，随驾出入，及守卫四门，隶旗手卫。凡岁祭旗头六纛之神，八月于坛，十二月于承天门外，皆卫官莅事，统所五。
府军前卫，掌统领幼军，轮番带刀侍卫。明初，有带刀舍人。洪武时，府军等卫皆有习技幼军。永乐十三年，为皇太孙特选幼军，置府军前卫，设官属，指挥使五人，指挥同知十人，指挥佥事二十人，卫镇抚十人，经历五人。统所二十有五。
金吾、羽林等十九卫，掌守卫巡警，统所凡一百有二。
腾骧等四卫，掌帅力士直驾、随驾，统所三十有二。
南京守备一人，协同守备一人。南京以守备及参赞机务为要职。守备，以公、侯、伯充之，兼领中军都督府事。协同守备，以侯、伯、都督充之，领五府事。参赞机务，以南京兵部尚书领之。其治所在中府，掌南都一切留守、防护之事。永乐十九年迁都北京，命中府掌府事官守备南京，节制南京诸卫所。洪熙元年，始以内臣同守备。景泰三年，增设协同守备一人。
南京五军都督府，左、右都督，都督同知，都督佥事，不全设。其掌印、佥书，皆以勋爵及三等都督为之。分掌南京卫所，以达于南京兵部。凡管领大教场及江上操备等事，各府奉敕分掌之。城门之管钥，中府专掌之。初设城门郎，洪武十八年革，以门禁锁钥铜牌，命中军都督府掌之。其属，经历、都事各一人。
南京卫指挥使司，设官详京卫凡四十有九。分隶五都督府者三十有二。曰留守左卫，曰镇南卫，曰水军左卫，曰骁骑右卫，曰龙虎卫，曰龙虎左卫，曰英武卫，曰龙江右卫，曰沈阳左卫，曰沈阳右卫，隶左府。曰留守右卫，曰虎贲右卫，曰水军右卫，曰武德卫，曰广武卫，隶右府。曰留守中卫，曰神策卫，曰广洋卫，曰广天卫，曰和阳卫，及牧马千户所，隶中府。曰留守前卫，曰龙江左卫，曰龙骧卫，曰飞熊卫，曰天策卫，曰豹韬卫，曰豹韬左卫，隶前府。曰留守后卫，曰横海卫，曰鹰扬卫，曰兴武卫，曰江阴卫，隶后府。又亲军卫指挥使司十有七：曰金吾前卫，曰金吾后卫，曰金吾左卫，曰金吾右卫，曰羽林左卫，曰羽林右卫，曰羽林前卫，曰府军卫，曰府军左卫，曰府军右卫，曰府军后卫，曰虎贲左卫，曰锦衣卫，曰旗手卫，曰江淮卫，曰济州卫，曰孝陵卫。与左府所属十卫，右府所属五卫，前府所属七卫，后府所属五卫，并听中府节制。各卫领所一百一十有八。
王府护卫指挥使司，设官如京卫。
王府仪卫司。仪卫正一人，正五品仪卫副二人，从五品典仗六人。正六品仪卫，掌侍卫仪仗。护卫，掌防御非常，护卫王邸。有征调，则听命于朝。明初，诸王府置护军府。洪武三年，置仪卫司，司设正、副各一人，秩比正、副千户；司仗六人，秩比百户。四年，改司仗为典仗。五年，置亲王护卫指挥使司，每王府设三护卫，卫设左、右、前、后、中五所，所千户二人，百户十人。又设围子手二所，每所千户一人。九年，罢护军府。建文中，改仪卫司为仪仗司，增置吏目一人。成祖初复旧制。
总兵官、副总兵、参将、游击将军、守备、把总，无品级，无定员。总镇一方者为镇守，独镇一路者为分守，各守一城一堡者为守备，与主将同守一城者为协守。又有提督、提调、巡视、备御、领班、备倭等名。
凡总兵、副总兵，率以公、侯、伯、都督充之。其总兵挂印称将军者，云南曰征南将军，大同曰征西前将军，湖广曰平蛮将军，两广曰征蛮将军，辽东曰征虏前将军，宣府曰镇朔将军，甘肃曰平羌将军，宁夏曰征西将军，交阯曰副将军，延绥曰镇西将军。诸印，洪熙元年制颁。其在蓟镇、贵州、湖广、四川及亻赞运淮安者，不得称将军挂印。宣德间，又设山西、陕西二总兵。嘉靖间，分设广东、广西、贵州、湖广二总兵为四，改设福建、保定副总兵为总兵，又添设浙江总兵。万历间，又增设于临洮、山海。天启间，增设登莱。至崇祯时，益纷不可纪，而位权亦非复当日。盖明初，虽参将、游击、把总，亦多有充以勋戚都督等官，至后则杳然矣。
镇守蓟州总兵官一人，旧设。隆庆二年，改为总理练兵事务兼镇守，驻三屯营。协守副总兵三人。东路副总兵，隆庆二年添设，驻建昌营，管理燕河营、台头营、石门寨、山海关四路。中路副总兵，万历四年改设，驻三屯营，带管马兰峪、松棚峪、喜峰口、太平寨四路。西路副总兵，隆庆三年添设，驻石匣营，管理墙子岭、曹家寨、古北口、石塘岭四路。分守参将十一人，曰通州参将，曰山海