人。嘉靖以前，特设都御史。二十六年革，以户部右侍郎加都御史衔领之。
礼部。尚书一人，右侍郎一人，司务一人。仪制、祠祭、主客、精膳四司，各郎中一人。仪制、祠祭二司，各主事一人。所辖，铸印局，副使一人。教坊司，右韶舞一人，左右司乐各一人。
兵部。尚书参赞机务一人，右侍郎一人，司务一人。武选、职方、车驾、武库四司，郎中四人，员外郎二人，武选、武库无员外郎。主事五人。车驾主事二人。所辖，典牧所，提领一人。正八品会同馆、大胜关，各大使一人。按参赞机务，自宣德八年黄福始。成化二十三年，始奉敕谕，专以本部尚书参赞机务，同内外守备官操练军马，抚恤人民，禁戢盗贼，振举庶务，故其职视五部为特重云。
刑部。尚书一人，右侍郎一人，司务、照磨各一人。十三司郎中十三人，员外郎五人，惟浙江、江西、河南、陕西、广东五司设。主事十四人，广东司二人。分掌南京诸司，及公、侯、伯、五府、京卫所刑名之事。司狱二人。
工部。尚书一人，右侍郎一人，司务一人。营缮、虞衡、都水、屯田四司，郎中四人，员外郎二人，营缮司一人，都水司一人，嘉靖三十七年，革都水员外郎。主事八人。营缮司三人，屯田司一人，馀各二人。所辖，营缮所，所正、所副、所丞各一人。龙江、清江二提举司，各提举一人。副提举后革。文思院、宝源局、军器局、织染所、龙江抽分竹木局、瓦屑坝抽分竹木局，各大使一人。嘉靖三十七年，革文思院大使。
都察院。右都御史一人，右副都御史一人，右佥都御史一人，司务、经历、都事、照磨各一人，司狱二人。嘉靖三十七年，革司狱一人。隆庆四年，革都事。浙江、江西、河南、山东、山西、陕西、四川、云南、贵州九道，各御史二人。福建、湖广、广东、广西四道，各御史三人。嘉靖后不全设，恒以一人兼数道。凡刷卷、巡仓、巡江、巡城、屯田、印马、巡视粮储、监收粮斛、点闸军士、管理京营、比验军器，皆叙而差之。清军，则偕兵部、兵科。核后湖黄册，则偕户部、户科。
提督操江一人。以副佥都御史为之，领上、下江防之事。
通政使司。通政使一人，右通政一人，右参议一人，掌收呈状，付刑部审理。经历一人。
大理寺。卿一人，右寺丞一人，司务一人，左、右寺正各一人，左、右评事各三人。隆庆三年，革左、右评事各一人。
詹事府。主簿一人。
翰林院。学士一人，不常置，以翰林坊局官署职。孔目一人。
国子监。祭酒一人，司业一人，监丞一人，典簿一人，博士三人，助教六人，学正五人，学录二人，典籍一人，学馔一人。嘉靖三十七年，革助教二人及掌馔。隆庆四年，革博士一人，学正一人。
太常寺。卿一人，少卿一人，典簿一人，博士一人，协律郎二人，赞礼郎七人，嘉靖中，革赞礼郎一人。司乐二人。各祠祭署合奉祀八人，祀丞七人。天、地坛奉祀一、祀丞一。山川坛、耤田奉祀一。祖陵奉祀、祀丞各一。皇陵奉祀、祀丞各二。孝陵、扬王坟、徐王坟各奉祀一，祀丞一。嘉靖后，革天地坛、祖陵、扬王坟三祠祭署祀丞。
光禄寺。卿一人，少卿一人，隆庆四年，革少卿。典簿一人。大官、珍羞、良酝、掌醢四署，各署正一人，署丞一人。嘉靖中，革良酝、掌醢二署署丞。万历中，革珍羞署丞。
太仆寺。卿一人，少卿二人，寺丞二人，隆庆中，革少卿一人，寺丞一人。主簿一人。
鸿胪寺。卿一人，主簿一人。司仪、司宾二署，各署丞一人，鸣赞四人，序班九人。
尚宝司。卿一人。
吏、户、礼、兵、刑、工六科。给事中六人。又户科给事中一人，管理后湖黄册。
行人司。左司副一人。
钦天监。监正一人，监副一人，主簿一人。五官正一人，五官灵台郎二人，五官监候一人，五官司历一人。
太医院。院判一人，吏目一人。惠民药局、生药库，各大使一人。
五城兵马司。指挥各一人，副指挥各三人，吏目各一人。万历中，革副指挥每城二人。
应天府。府尹一人，府丞一人，治中一人，通判二人，推官一人，经历、知事、照磨、检校各一人。儒学教授一人，训导六人。所辖，上元、江宁二县，各知县一人，县丞一人，主簿一人，典史一人。司狱司，司狱一人。织染局，大使一人，左、右副使各一人。都税司、宣课司，凡四，龙江、江东、聚宝门、太平门。税课局，凡二，龙江、龙潭。各大使一人，副使或一人或二人。龙江递运所，大使、副使各一人。批验所，大使一人。河泊所，官一人。龙江关、石灰山关，各大使一人，副使四人。洪武三年，改应天府知府为府尹，秩正三品，赐银印。十三年，始立儒学。
南京官，自永乐四年成祖往北京，置行部尚书，备行在九卿印以从。是时，皇太子监国，大小庶务悉以委之。惟封爵、大辟、除拜三品以上文武职，则六科都给事中以闻，政本故在南也。十八年，官属悉移而北，南京六部所存惟礼、刑、工三部，各一侍郎