刻，以考中星昏旦之次。漏刻博士定时以漏，换时以牌，报更以鼓，警晨昏以钟鼓。司晨佐之。
明初，即置太史监，设太史令，通判太史监事，佥判太史监事，校事郎，五官正，灵台郎，保章正、副，挈壶正，掌历，管勾等官。以刘基为太史令。吴元年，改监为院，秩正三品。院使，正三品，同知，正四品，院判，正五品，五官正，正六品，典簿、雨旸司、时叙郎、纪候郎，正七品，灵台郎、保章正，正八品，副，从八品，掌历、管勾，从九品。洪武元年，征元太史张佑、张沂等十四人，改太史院为司天监，设监令一人，正三品少监二人，正四品监丞一人，正六品主簿一人，正七品主事一人，正八品五官正五人，正五品五官副五人，正六品灵台郎二人，正七品保章正二人，从七品监候三人，正八品司辰八人，正九品漏刻博士六人。从九品又置回回司天监，设监令一人，正四品少监二人，正五品监丞二人。正六品征元回回司天监郑阿里等议历。三年，改司天监为钦天监。四年，诏监官职专司天，非特旨不得升调。又定监官散官。监令，正仪大夫；少监，分朔大夫；五官司，司玄大夫；监丞，灵台郎；五官保章正，平秩郎；五官灵台郎，司正郎；五官挈壶正，挈壶郎。十四年，改钦天监为正五品，设令一人，丞一人，属官五官正以下，员数如前所列。俱从品级授以文职散官。二十二年，改令为监正，丞为监副。三十一年，罢回回钦天监，以其历法隶本监。明初，又置稽疑司，以掌卜筮，未几罢。洪武十七年，置稽疑司，设司令一人，正六品，左、右丞各一人，从六品，属官司筮，正九品，无定员。寻罢。
太医院。院使一人，正五品院判二人。正六品其属，御医四人，正八品，后增至十八人，隆庆五年定设十人。生药库、惠民药局，各大使一人，副使一人。
太医院掌医疗之法。凡医术十三科，医官、医生、医士，专科肄业：曰大方脉，曰小方脉，曰妇人，曰疮疡，曰针灸，曰眼，曰口齿，曰接骨，曰伤寒，曰咽喉，曰金镞，曰按摩，曰祝由。凡医家子弟，择师而教之。三年、五年一试、再试、三试，乃黜陟之。凡药，辨其土宜，择其良楛，慎其条制而用之。四方解纳药品，院官收贮生药库，时其燥湿，礼部委官一员稽察之。诊视御脉，使、判、御医参看校同，会内臣就内局选药，连名封记药剂，具本开写药性、证治之法以奏。烹调御药，院官与内臣监视。每二剂合为一，候熟，分二器，一御医、内臣先尝，一进御。仍置历簿，用内印钤记，细载年月缘由，以凭考察。王府请医，本院奉旨遣官或医士往。文武大臣及外国君长有疾，亦奉旨往视。其治疗可否，皆具本覆奏。外府州县置惠民药局。边关卫所及人聚处，各设医生、医士或医官，俱由本院试遣。岁终，会察其功过而殿最之，以凭黜陟。
太祖初，置医学提举司，设提举，从五品同提举，从六品副提举，从七品医学教授，正九品学正、官医、提领。从九品寻改为太医监，设少监，正四品监丞。正六品吴元年，改监为院，设院使，秩正三品，同知，正四品，院判，正五品，典簿，正七品。洪武三年，置惠民药局，府设提领，州县设官医。凡军民之贫病者，给之医药。六年，置御药局于内府，始设御医。御医局，秩正六品，设尚药、奉御二人，直长二人，药童十人，俱以内官、内使充之。设御医四人，以太医院医士充之。凡收受四方贡献名药及储蓄药品，奉御一人掌之。凡供御药饵，医官就内局修制,太医院官诊视。十四年，改太医院为正五品，设令一人，丞一人，吏目一人。属官御医四人，俱如文职授散官。二十二年，复改令为院使，丞为院判。嘉靖十五年，改御药房为圣济殿，又设御药库，诏御医轮直供事。
上林苑监。左、右监正各一人，正五品左、右监副各一人，正六品，监正、监副后不常设，以监丞署职。左、右监丞各一人。正七品其属，典簿厅，典簿一人。正九品良牧、蕃育、林衡、嘉蔬四署，各典署一人，正七品署丞一人，正八品录事一人。正九品
监正掌苑囿、园池、牧畜、树种之事。凡禽兽、草木、蔬果，率其属督其养户、栽户，以时经理其养地、栽地而畜植之，以供祭祀、宾客、宫府之膳羞。凡苑地，东至白河，西至西山，南至武清，北至居庸关，西南至浑河，并禁围猎。良牧，牧牛羊豕，蕃育，育鹅鸭鸡，皆籍其牝牡之数，而课孳卵焉。林衡，典果实、花木，嘉蔬，典莳艺瓜菜，皆计其町畦、树植之数，而以时苞进焉。
洪武二十五年，议开上林院，度地城南。自牛首山接方山，西并河涯。比图上，太祖谓有妨民业，遂止。永乐五年，始置上林苑监，设良牧、蕃育、嘉蔬、林衡、川衡、冰鉴及典察左右前后十属署。洪熙中，并为蕃育、嘉蔬二署。以良牧、川衡并蕃育，冰鉴、林衡并嘉蔬，典察四署分并入。宣德十年，始定四署。正德间，增设监督内臣共九十九员。嘉靖元年，裁汰八十员，革蕃育、嘉蔬二署典署，林衡、嘉蔬二署录事。
中、东、西、南、北五城兵马指挥司。各指挥一人，正六品副指挥四人，正七品吏目一人。
指挥，巡捕盗贼，疏理街道沟渠及囚犯、火禁之事